More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_2711 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  100 
 
 
371 aa  731    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  78.27 
 
 
345 aa  513  1e-144  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  64.12 
 
 
346 aa  411  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  65.67 
 
 
346 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  65.98 
 
 
347 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  59.3 
 
 
358 aa  336  3.9999999999999995e-91  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  64.41 
 
 
346 aa  335  7e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.78 
 
 
368 aa  281  2e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.85 
 
 
339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.15 
 
 
345 aa  194  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.48 
 
 
400 aa  177  2e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.01 
 
 
443 aa  176  7e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.36 
 
 
377 aa  167  2e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.73 
 
 
344 aa  153  4e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  45.07 
 
 
430 aa  150  2e-35  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.48 
 
 
342 aa  151  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50 
 
 
342 aa  150  5e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.21 
 
 
417 aa  149  5e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.95 
 
 
347 aa  149  6e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  40.07 
 
 
412 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.32 
 
 
412 aa  143  6e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  44.08 
 
 
422 aa  140  1.9999999999999998e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  31.09 
 
 
433 aa  138  1e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.58 
 
 
409 aa  137  3.0000000000000003e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.97 
 
 
434 aa  136  6.0000000000000005e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1222  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.15 
 
 
456 aa  135  8e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.633545  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1692  hypothetical protein  41.37 
 
 
448 aa  135  9.999999999999999e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1636  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.86 
 
 
448 aa  135  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.46 
 
 
412 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  44.77 
 
 
462 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.09 
 
 
491 aa  127  3e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  32.87 
 
 
431 aa  124  2e-27  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.43 
 
 
450 aa  122  7e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3168  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.57 
 
 
446 aa  122  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  37.5 
 
 
454 aa  121  1.9999999999999998e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.32 
 
 
326 aa  117  3e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0228  MesJ/Ycf62 family protein  33.33 
 
 
321 aa  117  5e-25  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.131932  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  35.53 
 
 
476 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.01 
 
 
492 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.12 
 
 
453 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.53 
 
 
476 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  35.09 
 
 
476 aa  114  3e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33 
 
 
509 aa  114  3e-24  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.75 
 
 
476 aa  113  5e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.3 
 
 
454 aa  113  6e-24  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.43 
 
 
464 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  34.65 
 
 
476 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  35.09 
 
 
476 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.43 
 
 
464 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  34.65 
 
 
476 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.09 
 
 
476 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.25 
 
 
476 aa  109  6e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0437  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.81 
 
 
349 aa  109  8.000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203685  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.25 
 
 
476 aa  108  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.02 
 
 
321 aa  108  2e-22  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.78 
 
 
476 aa  107  3e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.28 
 
 
524 aa  107  4e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.75 
 
 
462 aa  105  1e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.25 
 
 
423 aa  105  1e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0831  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.83 
 
 
344 aa  105  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.209005  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.23 
 
 
472 aa  105  1e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.34 
 
 
338 aa  104  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.15 
 
 
468 aa  105  2e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.53 
 
 
464 aa  104  3e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.43 
 
 
486 aa  103  3e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.83 
 
 
326 aa  104  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0275  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  29.65 
 
 
431 aa  102  9e-21  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.538522 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.57 
 
 
442 aa  102  1e-20  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.63 
 
 
521 aa  101  2e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.47 
 
 
470 aa  101  2e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.77 
 
 
456 aa  101  3e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.66 
 
 
471 aa  100  4e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31371  predicted protein  28.06 
 
 
484 aa  100  4e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  37.34 
 
 
442 aa  99.4  8e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.75 
 
 
460 aa  99.4  8e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0365  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.96 
 
 
390 aa  99.4  9e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.44 
 
 
325 aa  99.4  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.27 
 
 
442 aa  97.8  2e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.63 
 
 
455 aa  98.2  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.11 
 
 
455 aa  97.8  3e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1446  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.6 
 
 
321 aa  96.7  5e-19  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.78 
 
 
358 aa  96.7  5e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4968  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.08 
 
 
334 aa  96.7  6e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.295349 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  37.11 
 
 
357 aa  96.3  7e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  38.24 
 
 
444 aa  96.3  8e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.24 
 
 
470 aa  95.5  1e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1626  PP-loop family protein  30.6 
 
 
321 aa  95.9  1e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  32.78 
 
 
445 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.01 
 
 
481 aa  95.5  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1786  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.61 
 
 
321 aa  95.5  1e-18  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  37.68 
 
 
284 aa  95.5  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.331107 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0167  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.55 
 
 
660 aa  95.9  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.35 
 
 
241 aa  94.7  2e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.72 
 
 
433 aa  94.7  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1138  hypothetical protein  35.4 
 
 
336 aa  95.1  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.743192  normal  0.140512 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.19 
 
 
426 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.07 
 
 
480 aa  94  3e-18  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2890  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.9 
 
 
328 aa  93.6  4e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  0.0327552 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.2 
 
 
427 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  34.9 
 
 
449 aa  93.6  5e-18  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>