More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1817 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  100 
 
 
346 aa  671    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  82.42 
 
 
347 aa  481  1e-135  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  65.9 
 
 
346 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  72.22 
 
 
346 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  64.72 
 
 
345 aa  418  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  64.71 
 
 
371 aa  412  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  60.74 
 
 
358 aa  348  7e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.51 
 
 
368 aa  286  2.9999999999999996e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.37 
 
 
339 aa  189  4e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.2 
 
 
400 aa  184  1.0000000000000001e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.84 
 
 
345 aa  182  1e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.76 
 
 
443 aa  181  2e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50 
 
 
377 aa  176  4e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.14 
 
 
434 aa  167  2.9999999999999998e-40  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.52 
 
 
417 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  43.92 
 
 
430 aa  158  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.93 
 
 
344 aa  157  3e-37  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  53.85 
 
 
342 aa  155  1e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  46.92 
 
 
422 aa  154  2e-36  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  30.62 
 
 
433 aa  154  2.9999999999999998e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  46.48 
 
 
412 aa  152  7e-36  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.39 
 
 
342 aa  152  8e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.48 
 
 
412 aa  151  1e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.82 
 
 
347 aa  147  3e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  47.73 
 
 
462 aa  138  2e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.2 
 
 
409 aa  136  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  33.59 
 
 
431 aa  135  9.999999999999999e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  42.86 
 
 
454 aa  134  3e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.81 
 
 
412 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1222  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.02 
 
 
456 aa  133  5e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.633545  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.93 
 
 
450 aa  132  6e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1692  hypothetical protein  47.28 
 
 
448 aa  130  3e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1636  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.28 
 
 
448 aa  130  3e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.54 
 
 
454 aa  128  1.0000000000000001e-28  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3168  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.43 
 
 
446 aa  127  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.55 
 
 
464 aa  125  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  41.28 
 
 
326 aa  125  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.55 
 
 
464 aa  125  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.5 
 
 
453 aa  119  7e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  37 
 
 
445 aa  119  7e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.37 
 
 
471 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  40.99 
 
 
284 aa  115  1.0000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.331107 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.48 
 
 
476 aa  114  3e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.96 
 
 
491 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.97 
 
 
481 aa  113  5e-24  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  33.78 
 
 
476 aa  113  6e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0228  MesJ/Ycf62 family protein  33.01 
 
 
321 aa  112  8.000000000000001e-24  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.131932  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  33.94 
 
 
476 aa  112  9e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.94 
 
 
476 aa  112  9e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  33.94 
 
 
476 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  33.94 
 
 
476 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  40.72 
 
 
455 aa  112  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.17 
 
 
509 aa  112  1.0000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  33.48 
 
 
476 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.48 
 
 
476 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.34 
 
 
321 aa  110  3e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.01 
 
 
423 aa  110  3e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.8 
 
 
338 aa  109  6e-23  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.98 
 
 
468 aa  109  8.000000000000001e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.58 
 
 
476 aa  108  1e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.58 
 
 
476 aa  108  1e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.1 
 
 
459 aa  107  2e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.58 
 
 
476 aa  107  2e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.23 
 
 
486 aa  107  2e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.36 
 
 
492 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  39.74 
 
 
442 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.38 
 
 
472 aa  107  4e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.1 
 
 
521 aa  106  5e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.81 
 
 
464 aa  106  5e-22  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  38.18 
 
 
444 aa  105  8e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  40.09 
 
 
458 aa  105  1e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.19 
 
 
433 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  40.97 
 
 
471 aa  105  2e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0831  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.79 
 
 
344 aa  104  3e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.209005  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.72 
 
 
456 aa  103  3e-21  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.52 
 
 
524 aa  103  3e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4748  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.09 
 
 
333 aa  103  4e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000165031 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.8 
 
 
442 aa  103  5e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  42.27 
 
 
445 aa  103  6e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0365  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.55 
 
 
390 aa  102  1e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.97 
 
 
442 aa  102  1e-20  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.17 
 
 
241 aa  101  2e-20  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0437  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.11 
 
 
349 aa  101  2e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203685  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.37 
 
 
470 aa  100  3e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35 
 
 
464 aa  100  3e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  34.04 
 
 
449 aa  100  5e-20  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.19 
 
 
427 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.04 
 
 
449 aa  99.4  8e-20  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.07 
 
 
480 aa  99.4  8e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.03 
 
 
462 aa  99.4  9e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  36.11 
 
 
676 aa  99  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.19 
 
 
427 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
470 aa  98.6  1e-19  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1341  hypothetical protein  32.14 
 
 
460 aa  98.2  2e-19  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.181704  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.94 
 
 
358 aa  97.8  2e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0139  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.52 
 
 
492 aa  98.2  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00237598  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.93 
 
 
388 aa  98.2  2e-19  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.32 
 
 
455 aa  98.2  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.74 
 
 
436 aa  97.8  3e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.934648 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.14 
 
 
427 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>