More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_4142 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  100 
 
 
347 aa  671    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  82.42 
 
 
346 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  75.29 
 
 
346 aa  437  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  66.95 
 
 
346 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  65.98 
 
 
371 aa  419  1e-116  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  65.41 
 
 
345 aa  418  1e-116  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  60.11 
 
 
358 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  52.92 
 
 
368 aa  278  1e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.47 
 
 
339 aa  192  6e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.81 
 
 
345 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.7 
 
 
400 aa  178  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.3 
 
 
443 aa  174  1.9999999999999998e-42  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.8 
 
 
377 aa  168  1e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.7 
 
 
344 aa  164  3e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.36 
 
 
434 aa  162  1e-38  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.59 
 
 
430 aa  158  1e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.6 
 
 
417 aa  154  2.9999999999999998e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  52.27 
 
 
342 aa  153  5e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  30.31 
 
 
433 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  46.95 
 
 
412 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.95 
 
 
412 aa  150  4e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  46.45 
 
 
422 aa  146  6e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50.45 
 
 
347 aa  144  2e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.07 
 
 
409 aa  140  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.53 
 
 
342 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  47.16 
 
 
462 aa  136  5e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.99 
 
 
450 aa  133  5e-30  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.81 
 
 
412 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1222  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.5 
 
 
456 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.633545  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  39.78 
 
 
326 aa  127  2.0000000000000002e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  32.08 
 
 
431 aa  127  3e-28  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1692  hypothetical protein  47.28 
 
 
448 aa  125  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1636  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.28 
 
 
448 aa  125  1e-27  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  42.93 
 
 
454 aa  125  2e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.41 
 
 
454 aa  123  4e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3168  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49 
 
 
446 aa  122  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.06 
 
 
509 aa  118  9.999999999999999e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.58 
 
 
464 aa  116  5e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.59 
 
 
423 aa  116  5e-25  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.58 
 
 
464 aa  116  5e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.93 
 
 
491 aa  116  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.46 
 
 
476 aa  116  6.9999999999999995e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  31.85 
 
 
476 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.05 
 
 
321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.09 
 
 
476 aa  114  3e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.09 
 
 
476 aa  114  3e-24  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  31.58 
 
 
476 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.58 
 
 
476 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.58 
 
 
476 aa  113  4.0000000000000004e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.71 
 
 
453 aa  113  5e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  31.58 
 
 
476 aa  113  5e-24  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.42 
 
 
524 aa  113  5e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.69 
 
 
521 aa  112  1.0000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  31.2 
 
 
476 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  31.2 
 
 
476 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.45 
 
 
481 aa  111  2.0000000000000002e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  38.95 
 
 
445 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.55 
 
 
492 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal 
 
 
-
 
NC_002620  TC0228  MesJ/Ycf62 family protein  33.67 
 
 
321 aa  107  4e-22  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.131932  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.58 
 
 
338 aa  107  4e-22  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  41.55 
 
 
445 aa  106  5e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.2 
 
 
476 aa  106  5e-22  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0437  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.2 
 
 
349 aa  106  5e-22  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203685  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  38.29 
 
 
458 aa  106  7e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4748  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.41 
 
 
333 aa  105  8e-22  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000165031 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.1 
 
 
486 aa  105  8e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0831  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.86 
 
 
344 aa  105  9e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.209005  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  39.69 
 
 
455 aa  105  9e-22  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  40 
 
 
444 aa  104  3e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  38.46 
 
 
442 aa  104  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.3 
 
 
442 aa  103  6e-21  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
464 aa  102  8e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.38 
 
 
472 aa  102  8e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  43.86 
 
 
284 aa  102  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.331107 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.42 
 
 
470 aa  102  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.82 
 
 
388 aa  102  1e-20  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31371  predicted protein  29.95 
 
 
484 aa  102  1e-20  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.5 
 
 
425 aa  101  2e-20  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.88 
 
 
470 aa  101  2e-20  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.28 
 
 
468 aa  101  2e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.27 
 
 
433 aa  100  3e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0622  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.29 
 
 
456 aa  100  3e-20  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.336141  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.15 
 
 
457 aa  100  3e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.3 
 
 
457 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.16 
 
 
471 aa  99.4  7e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0631  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.94 
 
 
397 aa  99.4  7e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.58 
 
 
459 aa  99.4  7e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.86 
 
 
427 aa  99  1e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.38 
 
 
462 aa  98.6  2e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0257  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  26.82 
 
 
318 aa  97.8  2e-19  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9177  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  39.51 
 
 
337 aa  97.8  2e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113469  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4968  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.18 
 
 
334 aa  97.8  3e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.295349 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.74 
 
 
480 aa  97.4  3e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0014  hypothetical protein  27.81 
 
 
401 aa  97.1  4e-19  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.709368  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38.4 
 
 
326 aa  97.1  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0865  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  42.86 
 
 
676 aa  97.1  4e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000888188 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.62 
 
 
358 aa  97.4  4e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.11 
 
 
460 aa  96.7  5e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2897  helix-turn-helix, Fis-type  44.62 
 
 
324 aa  96.7  6e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.09 
 
 
455 aa  96.3  7e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>