More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0779 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
377 aa  729    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  55.95 
 
 
400 aa  322  8e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.2 
 
 
368 aa  211  2e-53  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.1 
 
 
342 aa  194  2e-48  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.22 
 
 
347 aa  191  2e-47  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.65 
 
 
345 aa  191  2e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  41.54 
 
 
346 aa  189  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.34 
 
 
342 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  41.14 
 
 
371 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  40.66 
 
 
345 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  52.13 
 
 
346 aa  176  9e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.09 
 
 
339 aa  168  1e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  50.24 
 
 
346 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  49.76 
 
 
347 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  43 
 
 
358 aa  152  8.999999999999999e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.11 
 
 
344 aa  149  9e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  39.31 
 
 
430 aa  145  1e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  40.24 
 
 
454 aa  144  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  34.08 
 
 
431 aa  138  1e-31  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  40.84 
 
 
422 aa  133  5e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.94 
 
 
443 aa  130  3e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.49 
 
 
434 aa  129  7.000000000000001e-29  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  28.3 
 
 
433 aa  128  2.0000000000000002e-28  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.52 
 
 
412 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  38.15 
 
 
412 aa  128  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.34 
 
 
417 aa  124  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40 
 
 
491 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.77 
 
 
326 aa  115  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.17 
 
 
450 aa  114  2.0000000000000002e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.93 
 
 
409 aa  114  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3168  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.5 
 
 
446 aa  114  4.0000000000000004e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.29 
 
 
470 aa  113  7.000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.3 
 
 
412 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.2 
 
 
471 aa  108  2e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.59 
 
 
454 aa  106  6e-22  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  38 
 
 
455 aa  105  1e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.71 
 
 
492 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  37.6 
 
 
444 aa  105  2e-21  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0144  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.2 
 
 
472 aa  104  3e-21  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000175887  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.32 
 
 
476 aa  103  4e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.5 
 
 
453 aa  103  4e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  40.64 
 
 
462 aa  103  7e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.54 
 
 
509 aa  103  7e-21  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  36 
 
 
476 aa  102  9e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36 
 
 
476 aa  102  9e-21  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  36 
 
 
476 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  36 
 
 
476 aa  102  1e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  36 
 
 
476 aa  102  1e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36 
 
 
476 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  36 
 
 
476 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0831  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.3 
 
 
344 aa  102  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.209005  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1222  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.37 
 
 
456 aa  100  4e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.633545  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  39.59 
 
 
442 aa  100  4e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0631  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.25 
 
 
397 aa  100  5e-20  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.89 
 
 
480 aa  99.4  1e-19  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1594  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.95 
 
 
457 aa  99  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.23 
 
 
476 aa  99  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.23 
 
 
476 aa  98.2  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  36.51 
 
 
284 aa  98.6  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.331107 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.95 
 
 
427 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.07 
 
 
455 aa  98.6  2e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.5 
 
 
414 aa  96.7  6e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4748  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38 
 
 
333 aa  95.9  1e-18  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000165031 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.95 
 
 
473 aa  95.9  1e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.06 
 
 
358 aa  95.5  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.95 
 
 
476 aa  94.7  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0365  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.37 
 
 
390 aa  95.1  2e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0164  hypothetical protein  36.31 
 
 
525 aa  94.7  2e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.156481  unclonable  0.00000174204 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9177  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  36.4 
 
 
337 aa  94.4  3e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.113469  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.24 
 
 
306 aa  94.4  3e-18  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0175  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  35.91 
 
 
535 aa  93.2  7e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.53 
 
 
468 aa  92.8  9e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.91 
 
 
388 aa  92.4  1e-17  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.48 
 
 
469 aa  91.7  2e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00012547  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.45 
 
 
464 aa  91.3  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.57 
 
 
423 aa  91.3  2e-17  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.45 
 
 
464 aa  91.3  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.59 
 
 
321 aa  91.7  2e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4508  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.34 
 
 
319 aa  90.9  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.493535  normal  0.0950687 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.75 
 
 
426 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.31 
 
 
419 aa  91.3  3e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0228  MesJ/Ycf62 family protein  34.87 
 
 
321 aa  90.5  4e-17  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.131932  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.98 
 
 
459 aa  90.1  5e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1636  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.13 
 
 
448 aa  90.1  6e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1692  hypothetical protein  37.13 
 
 
448 aa  90.1  6e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2640  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.02 
 
 
457 aa  90.1  6e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.18 
 
 
486 aa  90.1  6e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0402  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  30.49 
 
 
430 aa  90.1  6e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0260657  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.88 
 
 
457 aa  89.7  7e-17  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.9 
 
 
427 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0014  MesJ/Ycf62 family protein  32.11 
 
 
424 aa  89.4  1e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.41 
 
 
427 aa  89  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1891  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  34.04 
 
 
468 aa  88.2  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000460009  hitchhiker  0.0000000000638883 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.57 
 
 
521 aa  87.8  3e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  35.18 
 
 
357 aa  87.8  3e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.55 
 
 
338 aa  87.8  3e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  35.15 
 
 
471 aa  87  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2018  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.31 
 
 
375 aa  87.4  4e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.08 
 
 
442 aa  87  4e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31371  predicted protein  31.46 
 
 
484 aa  87  5e-16  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>