More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_0365 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_0365  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 
390 aa  730    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1208  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.68 
 
 
438 aa  183  5.0000000000000004e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.429523  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.19 
 
 
417 aa  158  2e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.79 
 
 
409 aa  132  7.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  31.98 
 
 
430 aa  125  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  40.89 
 
 
326 aa  120  4.9999999999999996e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  44.81 
 
 
462 aa  119  7e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.78 
 
 
368 aa  116  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  32.48 
 
 
422 aa  114  2.0000000000000002e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.25 
 
 
345 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.23 
 
 
491 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.33 
 
 
492 aa  113  5e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.16 
 
 
450 aa  113  5e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.88 
 
 
412 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  43.96 
 
 
371 aa  112  9e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  35.62 
 
 
412 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  34.94 
 
 
454 aa  110  4.0000000000000004e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.42 
 
 
443 aa  109  7.000000000000001e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  24.87 
 
 
434 aa  108  1e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  23.64 
 
 
433 aa  107  4e-22  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.99 
 
 
400 aa  105  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  28.92 
 
 
431 aa  102  1e-20  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.53 
 
 
412 aa  102  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.69 
 
 
453 aa  100  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.55 
 
 
346 aa  99.4  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  43.33 
 
 
346 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3168  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.28 
 
 
446 aa  97.1  5e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.37 
 
 
377 aa  96.7  7e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  43.62 
 
 
346 aa  93.2  7e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  41.88 
 
 
358 aa  92.8  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  41.94 
 
 
347 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  35.03 
 
 
445 aa  90.1  6e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.26 
 
 
427 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1222  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
456 aa  89  1e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.633545  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.74 
 
 
427 aa  88.6  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2410  tRNA(Ile)-lysidine synthase  32.78 
 
 
443 aa  88.6  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.92 
 
 
326 aa  88.2  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1692  hypothetical protein  32.2 
 
 
448 aa  87.8  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.78 
 
 
345 aa  87.8  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4424  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.33 
 
 
455 aa  87.8  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.706573 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.75 
 
 
464 aa  86.3  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.75 
 
 
464 aa  86.3  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1636  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.03 
 
 
448 aa  85.5  0.000000000000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.63 
 
 
509 aa  85.9  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  37.89 
 
 
487 aa  85.5  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.68 
 
 
427 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4065  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.65 
 
 
426 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000422892 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1834  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32 
 
 
440 aa  84.3  0.000000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.93 
 
 
388 aa  84.3  0.000000000000004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31371  predicted protein  22.57 
 
 
484 aa  83.6  0.000000000000006  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2510  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.75 
 
 
319 aa  83.2  0.000000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336339  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1645  cell cycle protein MesJ  29.06 
 
 
464 aa  82.8  0.000000000000008  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1134  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.29 
 
 
372 aa  82.8  0.000000000000009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002764  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.65 
 
 
436 aa  82  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01389  cell cycle protein MesJ  29.53 
 
 
441 aa  82  0.00000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.683525  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1673  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35 
 
 
457 aa  82  0.00000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  29.35 
 
 
427 aa  81.6  0.00000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.97 
 
 
325 aa  81.6  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  38.46 
 
 
434 aa  81.3  0.00000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.42 
 
 
442 aa  81.3  0.00000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  32.35 
 
 
442 aa  80.9  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1155  cell cycle protein MesJ  33.33 
 
 
497 aa  79.7  0.00000000000007  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4939  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.16 
 
 
308 aa  79  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.457595 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  34.59 
 
 
458 aa  79.3  0.0000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000144135  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0294  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.46 
 
 
433 aa  79.3  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.212762 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1286  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.66 
 
 
488 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.170507  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2027  ketose-bisphosphate aldolase, class-II  36.31 
 
 
357 aa  78.2  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.481135  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.09 
 
 
438 aa  78.6  0.0000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2339  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.64 
 
 
436 aa  77.8  0.0000000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.934648 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.18 
 
 
436 aa  77.8  0.0000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.78 
 
 
524 aa  78.2  0.0000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.4 
 
 
442 aa  77.8  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3036  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.7 
 
 
440 aa  77.8  0.0000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0244601 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1429  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.6 
 
 
334 aa  77.4  0.0000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.41369 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1620  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.98 
 
 
390 aa  77.4  0.0000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.91 
 
 
481 aa  75.5  0.000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.55 
 
 
454 aa  76.3  0.000000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2890  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.09 
 
 
328 aa  74.7  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.454337  normal  0.0327552 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.23 
 
 
321 aa  75.5  0.000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.02 
 
 
462 aa  74.7  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_12780  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.06 
 
 
364 aa  74.3  0.000000000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1352  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  32.86 
 
 
320 aa  73.9  0.000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.150129  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3417  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30 
 
 
460 aa  73.9  0.000000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25 
 
 
241 aa  73.6  0.000000000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0581  ATP/GTP hydrolase  23.75 
 
 
330 aa  73.6  0.000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1031  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30 
 
 
451 aa  73.6  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1084  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30 
 
 
460 aa  73.9  0.000000000005  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  34.41 
 
 
484 aa  73.6  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  37.42 
 
 
284 aa  73.6  0.000000000006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.331107 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2799  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.27 
 
 
465 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.772923 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  26.94 
 
 
449 aa  72.8  0.000000000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.43 
 
 
476 aa  72.8  0.00000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1467  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.23 
 
 
338 aa  72.8  0.00000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.0235653 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  26.94 
 
 
449 aa  72.4  0.00000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.98 
 
 
448 aa  72.4  0.00000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4968  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.45 
 
 
334 aa  72  0.00000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.295349 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.43 
 
 
476 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2692  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.13 
 
 
465 aa  72  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  unclonable  0.0000485637 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.43 
 
 
476 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1570  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  28.12 
 
 
476 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>