More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_4508 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_4508  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  100 
 
 		 319 aa  598  1e-170  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.493535  normal  0.0950687 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  50.17 
 
 		 326 aa  211  2e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  47.2 
 
 		 412 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  46.85 
 
 		 412 aa  175  7e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.81 
 
 		 412 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.19 
 
 		 417 aa  163  4.0000000000000004e-39  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  45.8 
 
 		 284 aa  162  8.000000000000001e-39  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.331107 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  40.51 
 
 		 346 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  44.49 
 
 		 422 aa  143  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.71 
 
 		 409 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  52.4 
 
 		 368 aa  137  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  39.01 
 
 		 371 aa  136  4e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.87 
 
 		 434 aa  135  8e-31  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  33.88 
 
 		 433 aa  135  9.999999999999999e-31  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.69 
 
 		 345 aa  133  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  34.65 
 
 		 431 aa  132  6e-30  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.99 
 
 		 430 aa  129  5.0000000000000004e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0437  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.37 
 
 		 349 aa  129  8.000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000203685  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.35 
 
 		 443 aa  122  6e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.96 
 
 		 345 aa  122  8e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  50 
 
 		 346 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.52 
 
 		 342 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  48.54 
 
 		 400 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  46.34 
 
 		 377 aa  120  3e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  48.02 
 
 		 442 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  39.52 
 
 		 358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  44.02 
 
 		 342 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.38 
 
 		 469 aa  114  3e-24  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  49.45 
 
 		 347 aa  112  8.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0158  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.82 
 
 		 457 aa  112  1.0000000000000001e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0865096  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.41 
 
 		 339 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.57 
 
 		 469 aa  112  1.0000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.09 
 
 		 347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0062  hypothetical protein  30.8 
 
 		 476 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0058  cell cycle protein  30.8 
 
 		 476 aa  110  3e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0058  cell cycle protein  30.8 
 
 		 476 aa  110  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0071  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.8 
 
 		 476 aa  110  3e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0062  hypothetical protein  30.8 
 
 		 476 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.223025  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0058  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.8 
 
 		 476 aa  110  3e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01899  tRNA(Ile)-lysidine synthase (tRNA(Ile)-lysidinesynthetase) (tRNA(Ile)-2-lysyl-cytidine synthase)  48.04 
 
 		 434 aa  109  5e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0934  cell-cycle protein  32.05 
 
 		 427 aa  109  5e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.504247  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0061  hypothetical protein  31.22 
 
 		 476 aa  109  6e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.625972  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0074  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.22 
 
 		 476 aa  109  6e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0125987  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0918  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.87 
 
 		 445 aa  109  7.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  33.9 
 
 		 449 aa  108  9.000000000000001e-23  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.89 
 
 		 325 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.9 
 
 		 449 aa  108  1e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5246  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.62 
 
 		 476 aa  107  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.320432  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  48.07 
 
 		 346 aa  107  3e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0070  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.62 
 
 		 476 aa  106  4e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.278443  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  43.93 
 
 		 462 aa  107  4e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1163  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.23 
 
 		 427 aa  106  5e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.114234  normal  0.932043 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  41.41 
 
 		 487 aa  106  5e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  41.2 
 
 		 326 aa  106  6e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.89 
 
 		 468 aa  105  8e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.76 
 
 		 480 aa  105  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.82 
 
 		 241 aa  104  2e-21  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000725449 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  28.94 
 
 		 462 aa  104  2e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0340332  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0579  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.04 
 
 		 325 aa  104  2e-21  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.391449  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1608  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.25 
 
 		 427 aa  103  3e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  38.76 
 
 		 445 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.38 
 
 		 311 aa  103  3e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1249  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  38.65 
 
 		 425 aa  103  3e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.686873 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4169  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.79 
 
 		 427 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.911807 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2138  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.04 
 
 		 436 aa  103  4e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.87877  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0207  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.23 
 
 		 423 aa  103  4e-21  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.716943  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.27 
 
 		 524 aa  102  6e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0704  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30 
 
 		 328 aa  102  7e-21  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1118  hypothetical protein  43.1 
 
 		 442 aa  102  9e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2255  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.83 
 
 		 470 aa  102  1e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000164425  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.17 
 
 		 454 aa  102  1e-20  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1551  cell cycle protein mesJ, putative  42.38 
 
 		 455 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  42.78 
 
 		 484 aa  100  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  41.54 
 
 		 454 aa  101  2e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.86 
 
 		 464 aa  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.86 
 
 		 464 aa  101  2e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1980  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.35 
 
 		 468 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1289  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.85 
 
 		 436 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.7067 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2110  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.35 
 
 		 473 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  40.43 
 
 		 471 aa  100  4e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.44 
 
 		 459 aa  100  5e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000920326  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1609  MesJ protein  35.74 
 
 		 332 aa  99.8  6e-20  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.368084 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1501  hypothetical protein  49.66 
 
 		 439 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2960  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.61 
 
 		 460 aa  99.4  7e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0827717 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2962  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.9 
 
 		 448 aa  99.4  8e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.16 
 
 		 481 aa  99  9e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.33 
 
 		 462 aa  98.6  1e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 		 464 aa  99  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1627  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.38 
 
 		 335 aa  99  1e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.91 
 
 		 335 aa  98.6  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.379803  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0365  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  45.56 
 
 		 390 aa  98.6  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  34.56 
 
 		 455 aa  98.2  1e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1842  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.7 
 
 		 445 aa  99  1e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.2555  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8428  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.68 
 
 		 358 aa  98.6  1e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4939  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.27 
 
 		 308 aa  97.4  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.457595 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  51.83 
 
 		 344 aa  97.8  2e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.93 
 
 		 471 aa  97.8  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0266  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.24 
 
 		 464 aa  97.4  2e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.97 
 
 		 414 aa  98.2  2e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1556  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.07 
 
 		 306 aa  97.8  2e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>