More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_2285 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_2285  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  622  1e-177  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0617  transcriptional regulator, LysR family  80 
 
 		 306 aa  491  9.999999999999999e-139  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2570  LysR family transcriptional regulator  73.72 
 
 		 295 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.271517 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2782  LysR family transcriptional regulator  76.21 
 
 		 304 aa  454  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7372  LysR family transcriptional regulator  73.04 
 
 		 296 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.732989  normal  0.278583 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0361  LysR family transcriptional regulator  71.58 
 
 		 322 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.353114  normal  0.67829 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3433  LysR family transcriptional regulator  71.92 
 
 		 322 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0160695  normal  0.459982 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03759  transcriptional regulator, LysR family  71.72 
 
 		 304 aa  442  1e-123  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4647  LysR family transcriptional regulator  71.38 
 
 		 302 aa  441  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.71207 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4981  LysR family transcriptional regulator  71.38 
 
 		 302 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5287  LysR family transcriptional regulator  71.03 
 
 		 302 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2039  transcriptional regulator, LysR family  71.48 
 
 		 304 aa  441  9.999999999999999e-123  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5176  LysR family transcriptional regulator  71.03 
 
 		 302 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.55626  normal  0.248949 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3080  LysR family transcriptional regulator  71.03 
 
 		 302 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5471  LysR family transcriptional regulator  71.38 
 
 		 302 aa  437  1e-121  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390315  normal  0.0214131 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5860  LysR family transcriptional regulator  70.69 
 
 		 304 aa  420  1e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.885917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0810  LysR family transcriptional regulator  68.73 
 
 		 304 aa  418  1e-116  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.174247  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3916  LysR family transcriptional regulator  58.62 
 
 		 297 aa  370  1e-101  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02856  Transcriptional regulator  51.71 
 
 		 295 aa  323  2e-87  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0637  metal dependent phosphohydrolase  50 
 
 		 293 aa  317  1e-85  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.191049  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3385  transcriptional regulator, substrate-binding, LysR family protein  42.71 
 
 		 294 aa  275  1.0000000000000001e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2173  transcriptional regulator, LysR family  43.24 
 
 		 306 aa  248  1e-64  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13970  transcriptional regulatory protein, MetR (LysR family)  43.14 
 
 		 332 aa  248  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3056  LysR family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 309 aa  247  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.750518  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2696  transcriptional activator MetR  41.86 
 
 		 309 aa  246  3e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2318  LysR family transcriptional regulator  41.14 
 
 		 305 aa  246  4.9999999999999997e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.174321  normal  0.376521 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3092  LysR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 309 aa  244  9e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4180  transcriptional activator MetR  40.79 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.439628  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3917  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.07 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.217683 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17900  transcriptional regulator MetR  41.97 
 
 		 306 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1093  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0248158  normal  0.836665 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0671  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 304 aa  241  7.999999999999999e-63  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.649912  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1063  transcriptional activator MetR  42.41 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1104  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.471047  normal  0.331452 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1682  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.860091 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1555  transcriptional regulator MetR  41.31 
 
 		 306 aa  240  2e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.99555  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4349  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 305 aa  239  4e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.322044  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1837  LysR family transcriptional regulator  40.8 
 
 		 316 aa  232  5e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2079  HTH-type transcriptional regulator  38.82 
 
 		 318 aa  232  5e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.676959  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3390  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 308 aa  231  1e-59  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.15793  normal  0.26126 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4546  LysR family transcriptional regulator  39.14 
 
 		 305 aa  231  2e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.616108  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1027  LysR family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 302 aa  230  2e-59  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.851404 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2104  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 308 aa  231  2e-59  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.136552 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2185  LysR family transcriptional regulator  38.59 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0843  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.494273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2171  LysR family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1476  transcriptional regulator MetR, substrate-binding, LysR family protein  38.46 
 
 		 313 aa  224  2e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1699  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.311486  normal  0.750741 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2322  LysR family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1309  transcriptional activator MetR  38.97 
 
 		 305 aa  222  4.9999999999999996e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00130868  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0860  transcriptional activator MetR  36.52 
 
 		 303 aa  218  8.999999999999998e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0305  transcriptional regulator MetR  39.72 
 
 		 296 aa  217  2e-55  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.879498  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2990  LysR family transcriptional regulator  69.28 
 
 		 166 aa  216  5e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2671  LysR family transcriptional regulator  69.28 
 
 		 166 aa  216  5e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.149958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0236  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 296 aa  215  9e-55  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.861594  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02773  transcriptional regulator  36.86 
 
 		 303 aa  215  9e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0216  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 296 aa  211  1e-53  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.277896  hitchhiker  0.00746879 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0135  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 310 aa  211  2e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0188343  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0306  transcriptional regulator, LysR family  41.75 
 
 		 310 aa  211  2e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0196114  decreased coverage  0.0000263412 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03707  DNA-binding transcriptional activator, homocysteine-binding  39.8 
 
 		 317 aa  208  1e-52  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4151  transcriptional regulator, LysR family  39.8 
 
 		 317 aa  208  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4052  transcriptional regulator MetR  39.8 
 
 		 317 aa  208  1e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4180  LysR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 317 aa  208  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0851648 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4348  transcriptional regulator MetR  39.8 
 
 		 317 aa  208  1e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03656  hypothetical protein  39.8 
 
 		 317 aa  208  1e-52  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5269  transcriptional regulator MetR  39.8 
 
 		 317 aa  208  1e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.213002 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3968  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 317 aa  207  2e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4350  transcriptional regulator MetR  39.12 
 
 		 317 aa  206  3e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0365  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 319 aa  206  5e-52  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000326728  hitchhiker  0.000627592 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4171  transcriptional regulator MetR  39.12 
 
 		 317 aa  205  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4243  transcriptional regulator MetR  39.12 
 
 		 317 aa  205  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4290  transcriptional regulator MetR  39.12 
 
 		 317 aa  205  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.305049  normal  0.326803 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4193  transcriptional regulator MetR  39.12 
 
 		 317 aa  205  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1054  transcriptional regulator  35.62 
 
 		 308 aa  204  2e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000193494  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3173  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0079235  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3556  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 301 aa  202  6e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3764  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3641  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3573  transcriptional regulator, LysR family  35.07 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0666  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 301 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3470  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 301 aa  200  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3300  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.403823  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0653  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 301 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.114009  normal  0.954509 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0817  transcriptional activator protein MetR  35.07 
 
 		 301 aa  199  5e-50  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3935  transcriptional regulator, LysR family  39.12 
 
 		 312 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2083  transcriptional regulator, LysR family  38.28 
 
 		 309 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.100684  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0241  LysR family transcriptional regulator  38.64 
 
 		 316 aa  197  1.0000000000000001e-49  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.218111 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2628  transcriptional activator protein MetR  34.9 
 
 		 299 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.00235565  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3649  lysR-family transcriptional regulatory protein  38.1 
 
 		 317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.533286 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1631  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 309 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.132041  normal  0.262008 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0826  transcriptional regulator, LysR family protein  34.03 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0262  transcriptional regulator MetR  38.1 
 
 		 317 aa  197  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3953  LysR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 317 aa  197  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2261  transcriptional regulator MetR  35.79 
 
 		 313 aa  195  1e-48  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0184  transcriptional regulator, LysR family  38.78 
 
 		 312 aa  194  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0731  LysR, substrate-binding  35.54 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0767201  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2635  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 311 aa  194  2e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000430494  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4357  transcriptional regulator, LysR family  38.1 
 
 		 311 aa  193  4e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.966548  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4541  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 305 aa  191  9e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.191603  normal  0.532762 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3469  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 305 aa  191  9e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0811329 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>