More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_1951 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_1951  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  100 
 
 		 362 aa  720    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0550135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3453  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  70.03 
 
 		 346 aa  473  1e-132  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.33798  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2155  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  68.26 
 
 		 346 aa  473  1e-132  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00348508  normal  0.317222 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29350  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  70.83 
 
 		 344 aa  469  1.0000000000000001e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3613  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  70.76 
 
 		 352 aa  468  1.0000000000000001e-131  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0340867 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40730  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  70.48 
 
 		 346 aa  468  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1157  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  67.46 
 
 		 357 aa  464  9.999999999999999e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6024  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  65.81 
 
 		 351 aa  462  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0838291  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2507  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.79 
 
 		 347 aa  461  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000368816 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1386  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  69.6 
 
 		 347 aa  437  1e-121  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.530912  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1012  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.5 
 
 		 359 aa  191  1e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_18821  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.2 
 
 		 359 aa  190  2.9999999999999997e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1385  radical SAM protein  33.77 
 
 		 351 aa  187  3e-46  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2022  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.96 
 
 		 371 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0210  radical SAM enzyme, Cfr family  38.32 
 
 		 367 aa  182  1e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.128689 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2804  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  37.36 
 
 		 355 aa  181  2e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.745253 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0906  radical SAM enzyme, Cfr family  36.9 
 
 		 356 aa  180  2.9999999999999997e-44  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1758  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.19 
 
 		 361 aa  178  1e-43  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_16031  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.19 
 
 		 356 aa  178  2e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.43 
 
 		 355 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00249025 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.64 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1011  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.33 
 
 		 343 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1043  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  30.38 
 
 		 341 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1436  radical SAM enzyme, Cfr family  35.06 
 
 		 348 aa  175  9.999999999999999e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_12087  predicted protein  38.83 
 
 		 340 aa  172  5.999999999999999e-42  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0665  radical SAM enzyme, Cfr family  32.1 
 
 		 341 aa  171  1e-41  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1442  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.63 
 
 		 340 aa  172  1e-41  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1721  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  30.4 
 
 		 354 aa  171  2e-41  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.428537  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2783  radical SAM enzyme, Cfr family  34.93 
 
 		 408 aa  171  2e-41  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09940  radical SAM enzyme, Cfr family  34.67 
 
 		 349 aa  171  3e-41  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0461  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.55 
 
 		 364 aa  170  3e-41  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.745055  normal  0.162604 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1993  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  28.06 
 
 		 347 aa  170  4e-41  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1431  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.61 
 
 		 367 aa  169  5e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3906  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.26 
 
 		 362 aa  169  6e-41  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3715  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.26 
 
 		 362 aa  169  6e-41  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3623  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.26 
 
 		 362 aa  169  6e-41  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0609  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  34.21 
 
 		 351 aa  169  6e-41  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.164087  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2063  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.88 
 
 		 351 aa  169  6e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.029616  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4002  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.26 
 
 		 362 aa  169  6e-41  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3912  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.26 
 
 		 362 aa  169  6e-41  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00181542  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1468  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.63 
 
 		 340 aa  169  6e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3878  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.26 
 
 		 362 aa  169  6e-41  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.42646e-19 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3687  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.4 
 
 		 362 aa  169  6e-41  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2956  radical SAM enzyme, Cfr family  37.45 
 
 		 342 aa  169  7e-41  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1711  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  27.76 
 
 		 347 aa  169  7e-41  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.294696  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1743  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.75 
 
 		 358 aa  169  7e-41  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.499617  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3605  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.26 
 
 		 362 aa  169  8e-41  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1782  radical SAM protein  34.3 
 
 		 349 aa  169  8e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_16721  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  30.3 
 
 		 347 aa  169  9e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0427  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.91 
 
 		 347 aa  169  9e-41  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.273579  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3503  radical SAM protein  32.19 
 
 		 382 aa  168  1e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3963  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.96 
 
 		 362 aa  168  1e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2516  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.78 
 
 		 362 aa  168  2e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00628508  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3850  radical SAM enzyme, Cfr family  36.92 
 
 		 357 aa  167  2e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2967  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.62 
 
 		 358 aa  167  2e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0788473  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1574  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  29.39 
 
 		 348 aa  167  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1280  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.67 
 
 		 362 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0793601 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_16851  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  30.3 
 
 		 348 aa  167  2.9999999999999998e-40  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2928  radical SAM protein  34.57 
 
 		 345 aa  166  5e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.333944  normal  0.253326 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0372  radical SAM protein  36.18 
 
 		 355 aa  166  5e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.187269 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0331  radical SAM enzyme, Cfr family  38.11 
 
 		 344 aa  166  8e-40  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.81414 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0445  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  33.92 
 
 		 386 aa  166  8e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1227  hypothetical protein  31.23 
 
 		 357 aa  166  8e-40  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.75541  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1816  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.49 
 
 		 354 aa  166  8e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1124  radical SAM protein  32.15 
 
 		 369 aa  166  8e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.371918  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0483  radical SAM enzyme, Cfr family  31.96 
 
 		 350 aa  164  2.0000000000000002e-39  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0926837  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0059  radical SAM enzyme, Cfr family  31.38 
 
 		 358 aa  164  3e-39  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.955574  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_16611  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  29.45 
 
 		 348 aa  164  3e-39  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.785393  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1308  hypothetical protein  32.24 
 
 		 378 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.141756  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1708  radical SAM protein  32.84 
 
 		 350 aa  162  6e-39  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3610  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.4 
 
 		 351 aa  162  7e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1955  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.4 
 
 		 365 aa  162  7e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2093  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  29.58 
 
 		 356 aa  162  8.000000000000001e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0732  radical SAM enzyme, Cfr family  34.97 
 
 		 377 aa  162  9e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07736  hypothetical protein  34.32 
 
 		 346 aa  162  1e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.161739  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4182  radical SAM protein  32.69 
 
 		 374 aa  162  1e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_04411  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.2 
 
 		 356 aa  162  1e-38  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0928  radical SAM enzyme, Cfr family  35.86 
 
 		 364 aa  161  2e-38  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.947592  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4604  hypothetical protein  32 
 
 		 382 aa  161  2e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1249  radical SAM protein  33.43 
 
 		 360 aa  160  2e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1581  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  36.7 
 
 		 343 aa  160  2e-38  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000011547  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1277  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  29.71 
 
 		 364 aa  160  3e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1111  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  38.35 
 
 		 360 aa  160  3e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.000337587  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2317  radical SAM enzyme, Cfr family  37.79 
 
 		 372 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.144753  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0021  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.95 
 
 		 356 aa  160  3e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1699  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  31.35 
 
 		 348 aa  160  3e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1361  radical SAM enzyme, Cfr family  37.4 
 
 		 372 aa  160  3e-38  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2191  radical SAM enzyme, Cfr family  33.52 
 
 		 392 aa  160  3e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1302  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  29.71 
 
 		 364 aa  160  3e-38  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.902149  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1791  radical SAM protein  34.6 
 
 		 359 aa  160  3e-38  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2229  radical SAM enzyme, Cfr family  38.13 
 
 		 372 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.225702  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2180  radical SAM protein  37.42 
 
 		 377 aa  159  5e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1119  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  30.36 
 
 		 371 aa  160  5e-38  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14830  hypothetical protein  31 
 
 		 379 aa  159  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0007  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  32.15 
 
 		 356 aa  160  5e-38  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0937459  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0784  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  29.71 
 
 		 364 aa  159  7e-38  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2243  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  35.55 
 
 		 359 aa  159  7e-38  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.726084 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1065  ribosomal RNA large subunit methyltransferase N  30.06 
 
 		 364 aa  159  8e-38  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1631  hypothetical protein  38.99 
 
 		 372 aa  159  8e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.212269  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2311  radical SAM protein  33.73 
 
 		 371 aa  159  8e-38  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>