More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0207 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0207  HxlR family transcriptional regulator  100 
 
 		 123 aa  252  1.0000000000000001e-66  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06336  hypothetical protein  60.87 
 
 		 122 aa  163  5.9999999999999996e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0882  transcriptional regulator, HxlR family protein  58.77 
 
 		 118 aa  159  2e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02523  hypothetical transcriptional regulator  55.65 
 
 		 119 aa  154  3e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.479975  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1319  transcriptional regulator  56.52 
 
 		 118 aa  149  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9338  transcriptional regulator, HxlR family  40.95 
 
 		 132 aa  90.9  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.785405 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1564  HxlR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 119 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0663317  normal  0.0831873 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0703  transcriptional regulator, HxlR family  42.86 
 
 		 134 aa  87  7e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.383651  normal  0.144185 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0313  HxlR family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 121 aa  87  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.250935  normal  0.451658 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2974  transcriptional regulator, HxlR family  41.05 
 
 		 160 aa  86.3  1e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.607542 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1081  HxlR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 125 aa  85.9  2e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.124143  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0013  HxlR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 126 aa  85.1  3e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1143  MarR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 120 aa  84.7  3e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.553828  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5518  putative transcriptional regulatory protein  42.57 
 
 		 124 aa  84.3  5e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01970  transcriptional regulator  44.44 
 
 		 140 aa  84.3  5e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1377  MarR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 122 aa  84.3  5e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4746  HxlR family transcriptional regulator  41.49 
 
 		 116 aa  84.3  5e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1489  transcriptional regulator, HxlR family  41.11 
 
 		 130 aa  84  7e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.657133  normal  0.735424 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3638  transcriptional regulator, HxlR family  39.18 
 
 		 129 aa  84  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.386135  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0948  transcriptional regulator, HxlR family  38.61 
 
 		 151 aa  82.8  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2523  transcriptional regulator  47.78 
 
 		 135 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0808  HxlR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 159 aa  83.2  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.40472  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0178  hypothetical protein  38.46 
 
 		 114 aa  82.8  0.000000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3895  HxlR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 120 aa  82.4  0.000000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.0000755308  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1997  transcriptional regulator, HxlR family  48.86 
 
 		 135 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2036  helix-turn-helix HxlR type  48.86 
 
 		 135 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5039  putative transcriptional regulatory protein  38.38 
 
 		 125 aa  81.6  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2311  transcriptional regulator, HxlR family  48.86 
 
 		 135 aa  81.6  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.255383  normal  0.225568 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1097  transcriptional regulator, HxlR family  37.62 
 
 		 134 aa  81.3  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.199182  normal  0.222478 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2243  putative transcriptional regulator  46.59 
 
 		 150 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.58782  normal  0.248871 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3418  putative transcriptional regulator  36.54 
 
 		 132 aa  80.9  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.190487 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0042  transcriptional regulator, HxlR family  39.6 
 
 		 132 aa  81.3  0.000000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5356  HxlR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 112 aa  80.9  0.000000000000006  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3513  HxlR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 125 aa  80.9  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000897234  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4975  HxlR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 112 aa  80.9  0.000000000000006  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5063  HxlR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 112 aa  80.9  0.000000000000006  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4999  transcriptional regulator, HxlR family  41.84 
 
 		 132 aa  80.5  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.138614  normal  0.0407837 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1971  HxlR family transcriptional regulator  39.36 
 
 		 134 aa  80.5  0.000000000000008  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6402  HxlR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 121 aa  80.1  0.000000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.299726 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3133  hypothetical protein  39.56 
 
 		 126 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.441436  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1819  hypothetical protein  38.95 
 
 		 107 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.100816 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3120  transcriptional regulator  39.56 
 
 		 126 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.118143  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3119  HxlR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 107 aa  80.1  0.00000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0144533  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1918  HxlR family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 125 aa  79.7  0.00000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.53463  hitchhiker  0.00000467082 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3027  transcriptional regulator  39.56 
 
 		 126 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.710275  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3332  hypothetical protein  39.56 
 
 		 126 aa  79.3  0.00000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3357  hypothetical protein  39.56 
 
 		 129 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.221434  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3379  hypothetical protein  39.56 
 
 		 126 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3354  hypothetical protein  39.56 
 
 		 126 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2765  transcriptional regulator, HxlR family  43.01 
 
 		 138 aa  80.1  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340614  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1899  hypothetical protein  39.56 
 
 		 126 aa  79.7  0.00000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2802  transcriptional regulator, HxlR family  35.05 
 
 		 127 aa  79.3  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3059  HxlR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 124 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.23135  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5264  transcriptional regulator, HxlR family  38.71 
 
 		 130 aa  79  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000676248 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5256  HxlR family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 135 aa  79  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.86161  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1617  transcriptional regulator, HxlR family  36.79 
 
 		 117 aa  79  0.00000000000002  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.19292 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2005  putative transcriptional regulator  41.49 
 
 		 134 aa  79.3  0.00000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.684543 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6178  transcriptional regulator, HxlR family  40.66 
 
 		 135 aa  79  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0462511 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1097  transcriptional regulator, HxlR family  37.23 
 
 		 112 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0026  transcriptional regulator, HxlR family  37.5 
 
 		 153 aa  78.6  0.00000000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3438  hypothetical protein  37.89 
 
 		 107 aa  78.2  0.00000000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.166485  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3223  hypothetical protein  39.13 
 
 		 107 aa  78.2  0.00000000000003  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.246071  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3200  MarR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 107 aa  78.2  0.00000000000003  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.0287258  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3455  hypothetical protein  38.71 
 
 		 107 aa  78.2  0.00000000000003  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.365377  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3428  hypothetical protein  38.89 
 
 		 107 aa  78.2  0.00000000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.157748  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3391  transcriptional regulator, HxlR family  41 
 
 		 125 aa  78.2  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1684  transcriptional regulator, HxlR family  40 
 
 		 119 aa  78.2  0.00000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4151  HxlR family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 134 aa  78.6  0.00000000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3441  hypothetical protein  39.13 
 
 		 107 aa  78.2  0.00000000000003  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3100  HxlR family transcriptional regulator  48.05 
 
 		 107 aa  77.8  0.00000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2474  transcriptional regulator, HxlR family  37.63 
 
 		 115 aa  77.8  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3129  MarR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 115 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.576671  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1702  transcriptional regulator, HxlR family  40 
 
 		 115 aa  78.2  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.371682  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0373  putative transcriptional regulator  38.04 
 
 		 123 aa  77.8  0.00000000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0376009  normal  0.449269 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0280  HxlR family transcriptional regulator  39.56 
 
 		 116 aa  77.8  0.00000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.900551 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4370  HxlR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 117 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3527  HxlR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 117 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.502253 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3996  HxlR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 117 aa  78.2  0.00000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.208473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1109  HxlR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 116 aa  77.8  0.00000000000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.116925  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2255  transcriptional regulator, HxlR family  36.08 
 
 		 159 aa  77.4  0.00000000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.395748  normal  0.27377 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3157  helix-turn-helix, HxlR type  36.08 
 
 		 130 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.38389  normal  0.468508 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1088  MarR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 116 aa  77  0.00000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6381  HxlR family transcriptional regulator  38.71 
 
 		 139 aa  77  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.06337  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1541  putative transcriptional regulator  36.67 
 
 		 121 aa  77  0.00000000000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.0000091847  normal  0.207791 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0015  transcriptional regulator, HxlR family  39.56 
 
 		 107 aa  77  0.00000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3110  MarR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 114 aa  77  0.00000000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0952  HxlR family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 117 aa  77  0.00000000000008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.473433  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4812  HxlR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 180 aa  77  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.14161 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3435  hypothetical protein  37.62 
 
 		 114 aa  77  0.00000000000009  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0163  HxlR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 144 aa  76.3  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379253  hitchhiker  0.00857335 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3203  hypothetical protein  37.62 
 
 		 114 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.135519  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2224  transcriptional regulator, HxlR family  35.87 
 
 		 124 aa  76.3  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.647927  normal  0.782754 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0348  HxlR family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 107 aa  76.3  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1661  HxlR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 114 aa  76.3  0.0000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000438417  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3189  transcriptional regulator, putative  42.42 
 
 		 146 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0929776  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3457  hypothetical protein  37.62 
 
 		 114 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1430  transcriptional regulatory protein  41.41 
 
 		 154 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240046  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0618  HxlR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 157 aa  76.6  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.953045  hitchhiker  0.00866972 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2595  transcriptional regulator  35.87 
 
 		 124 aa  76.3  0.0000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3135  PadR family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 148 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>