177 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3992 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3992  cytochrome C biogenesis protein  100 
 
 
178 aa  353  5.999999999999999e-97  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.37965 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1514  cytochrome C biogenesis protein  57.63 
 
 
143 aa  134  7.000000000000001e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.730771 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1392  cytochrome C biogenesis protein  59.46 
 
 
146 aa  134  9e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0636  cytochrome C biogenesis protein  41.53 
 
 
151 aa  97.4  9e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.141803  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3998  cytochrome C biogenesis protein  44 
 
 
162 aa  96.7  2e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.678852  normal  0.946907 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1657  cytochrome C biogenesis protein  45.71 
 
 
159 aa  94.7  6e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.282242 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4053  cytochrome C biogenesis protein  39.34 
 
 
157 aa  94  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.448271  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3777  cytochrome C biogenesis protein  39.34 
 
 
157 aa  94  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0923  cytochrome C biogenesis protein  44.14 
 
 
153 aa  92.4  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353367  normal  0.0366551 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1376  cytochrome C biogenesis protein  36.3 
 
 
157 aa  91.7  5e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0900  cytochrome C biogenesis protein  41.9 
 
 
153 aa  91.7  5e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.198735  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2854  cytochrome C biogenesis protein  42.16 
 
 
156 aa  91.7  5e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1511  cytochrome C biogenesis protein  40.59 
 
 
160 aa  91.3  7e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2004  cytochrome C biogenesis protein  39.84 
 
 
165 aa  90.9  9e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203517  normal  0.850592 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1072  cytochrome C biogenesis protein  42.34 
 
 
151 aa  90.9  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.777524 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3447  cytochrome C biogenesis protein  39.84 
 
 
166 aa  90.5  1e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.345462  normal  0.0741818 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2668  cytochrome C biogenesis protein  43.62 
 
 
158 aa  90.5  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2448  cytochrome C biogenesis protein  40.71 
 
 
156 aa  89.7  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.629035  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0610  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  36.8 
 
 
158 aa  89  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3890  cytochrome C biogenesis protein  41.35 
 
 
151 aa  89.4  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0293402  normal  0.530155 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4772  cytochrome C biogenesis protein  50 
 
 
163 aa  89  4e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0925  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  40.37 
 
 
133 aa  88.2  6e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0894  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  40.37 
 
 
133 aa  88.2  6e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02121  heme lyase, CcmH subunit  35.71 
 
 
350 aa  87.8  7e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1465  cytochrome C biogenesis protein  35.71 
 
 
350 aa  87.8  7e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.141768  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2342  cytochrome c-type biogenesis family protein  35.71 
 
 
350 aa  87.8  7e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.397636 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3331  cytochrome c-type biogenesis family protein  35.71 
 
 
350 aa  87.8  7e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1456  cytochrome C biogenesis protein  35.71 
 
 
350 aa  87.8  7e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1365  cycL protein  42.99 
 
 
152 aa  87.8  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00486765  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02080  hypothetical protein  35.71 
 
 
350 aa  87.8  7e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2332  cytochrome c-type biogenesis family protein  35.71 
 
 
350 aa  87.8  7e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0033  cytochrome C biogenesis protein  40.95 
 
 
170 aa  87.8  8e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.00807478  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0747  cytochrome c-type biogenesis family protein  35.71 
 
 
350 aa  87.8  8e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.238814  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0942  cytochrome C biogenesis protein  42.86 
 
 
157 aa  87.8  8e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0762441  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2493  cytochrome c-type biogenesis family protein  35.71 
 
 
350 aa  87.8  8e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0609  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  36.8 
 
 
158 aa  87.4  9e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0439  cytochrome C biogenesis protein  37.82 
 
 
158 aa  87  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2392  cytochrome c biogenesis protein  38.83 
 
 
151 aa  86.3  2e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00556293  hitchhiker  0.0000200818 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0433  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  44.32 
 
 
147 aa  86.7  2e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0376  putative cytochrome C biogenesis protein CcmH  39.22 
 
 
164 aa  85.9  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0115761 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2233  cytochrome C biogenesis protein  43.68 
 
 
176 aa  85.5  4e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1207  cytochrome C biogenesis protein  41.18 
 
 
182 aa  85.1  5e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0400  cytochrome c-type biogenesis protein H  34.68 
 
 
156 aa  85.1  5e-16  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2133  cytochrome C biogenesis protein  42.62 
 
 
165 aa  84.7  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.663387  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30380  Cytochrome C biogenesis protein  35.34 
 
 
157 aa  84.7  7e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.404014  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1394  putative cytochrome c-type biogenesis protein  41.24 
 
 
170 aa  84.7  7e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1503  cytochrome C biogenesis protein  41.24 
 
 
170 aa  84.7  7e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.288329  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0804  cytochrome C biogenesis protein  38.52 
 
 
210 aa  84.3  8e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0941  cytochrome C biogenesis protein  43.9 
 
 
153 aa  84.3  9e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0853433  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1170  cytochrome C biogenesis protein  40.86 
 
 
151 aa  84.3  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.63414  normal  0.209917 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1194  cytochrome C biogenesis protein  44.33 
 
 
187 aa  84  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.140998  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4994  cytochrome C biogenesis protein  41.41 
 
 
154 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00039683 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3017  cytochrome C biogenesis protein  33.33 
 
 
180 aa  83.6  0.000000000000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1128  cytochrome C biogenesis protein  40.21 
 
 
161 aa  83.2  0.000000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3409  cytochrome c-type biogenesis protein CycL  38.58 
 
 
161 aa  83.2  0.000000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0284727  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3889  cytochrome C biogenesis protein  36.8 
 
 
158 aa  82.4  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.200092  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2274  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH precursor  40.21 
 
 
168 aa  82.4  0.000000000000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.331882  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1440  cytochrome C biogenesis protein  41.84 
 
 
195 aa  82  0.000000000000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2706  cytochrome C biogenesis protein  38.83 
 
 
149 aa  82  0.000000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.572968  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1547  cytochrome C biogenesis protein  36.8 
 
 
158 aa  82  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.89149  normal  0.744537 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3997  transcriptional regulator, XRE family  43.62 
 
 
201 aa  81.6  0.000000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0583  cytochrome C biogenesis protein  40.48 
 
 
133 aa  80.9  0.000000000000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.176741  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0416  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  43.59 
 
 
153 aa  80.1  0.00000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0403  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH, putative  33.02 
 
 
132 aa  80.5  0.00000000000001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.216277  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1837  cytochrome C biogenesis protein  41.75 
 
 
166 aa  80.5  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0302505  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4054  cytochrome c biogenesis protein  44.87 
 
 
344 aa  80.5  0.00000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2382  cytochrome c-type biogenesis protein H1  37.1 
 
 
347 aa  80.9  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4202  cytochrome c-type biogenesis protein H2  39.78 
 
 
347 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4095  cytochrome c-type biogenesis protein H2  39.78 
 
 
347 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4040  cytochrome c-type biogenesis protein H1  37.4 
 
 
347 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2431  cytochrome c-type biogenesis protein H2  39.78 
 
 
347 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.684186 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4023  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.29 
 
 
347 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2590  cytochrome c-type biogenesis protein H2  39.78 
 
 
347 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.124545 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2487  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.29 
 
 
347 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.276809  hitchhiker  0.00973673 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4144  cytochrome c-type biogenesis protein H2  36.29 
 
 
347 aa  79.7  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0636  cytochrome c biogenesis family protein  30.97 
 
 
134 aa  79  0.00000000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.0517419  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1508  cytochrome C biogenesis protein  30.23 
 
 
174 aa  78.6  0.00000000000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3978  cytochrome C biogenesis protein  40.57 
 
 
150 aa  78.6  0.00000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.297703  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3074  cytochrome c-type biogenesis protein cycL precursor  45 
 
 
162 aa  78.6  0.00000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180458  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2473  cytochrome c-type biogenesis protein H2  40.22 
 
 
347 aa  79  0.00000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.677618  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2784  cytochrome C biogenesis protein  39.42 
 
 
162 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.951803 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2153  cytochrome C biogenesis protein  43.75 
 
 
158 aa  77.8  0.00000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.181702  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1953  cytochrome C biogenesis protein  34.88 
 
 
160 aa  78.2  0.00000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.570726  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00220  C-type cytochrome biogenesis protein  35.71 
 
 
164 aa  77.4  0.00000000000009  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1400  cytochrome C biogenesis protein  42.45 
 
 
153 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.287486  normal  0.0562024 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0038  cytochrome C biogenesis protein  33.83 
 
 
155 aa  77  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1638  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  34.71 
 
 
158 aa  77.4  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00720006  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3408  cytochrome C biogenesis protein  31.21 
 
 
136 aa  77  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.572276  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2930  cytochrome C biogenesis protein  39.05 
 
 
157 aa  75.5  0.0000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.344333 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45290  cytochrome C-type biogenesis protein CcmH  34.29 
 
 
155 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0250  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  30.08 
 
 
167 aa  75.1  0.0000000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000345398  normal  0.0777875 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3845  cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  34.29 
 
 
155 aa  75.1  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1658  cytochrome C biogenesis protein  41.51 
 
 
162 aa  75.1  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.242206  normal  0.600328 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1584  diaminohydroxyphosphoribosylaminopyrimidine deaminase, 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino) uracil reductase  33.33 
 
 
156 aa  74.7  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.550615  normal  0.730703 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4165  cytochrome C biogenesis protein  40.23 
 
 
156 aa  74.7  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.204136  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2634  cytochrome c maturation protein, CcmH  35.19 
 
 
151 aa  74.3  0.0000000000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.175978  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3249  cytochrome C biogenesis protein  29.85 
 
 
149 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1680  cytochrome C biogenesis protein  40.57 
 
 
153 aa  74.3  0.0000000000009  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.158424  normal  0.456751 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3386  cytochrome C biogenesis protein  35.92 
 
 
156 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.255579  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03067  Cytochrome c-type biogenesis protein CcmH  31.33 
 
 
176 aa  73.9  0.000000000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>