More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_25170 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013159  Svir_25170  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  100 
 
 
480 aa  955    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5800  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  74.84 
 
 
469 aa  662    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.740165  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4262  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  65.81 
 
 
479 aa  602  1.0000000000000001e-171  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.132815  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2807  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  67.08 
 
 
485 aa  600  1e-170  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00000000125377  hitchhiker  0.0000111604 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1354  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  62.4 
 
 
507 aa  589  1e-167  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00027921 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0795  hypothetical protein  64.09 
 
 
483 aa  582  1.0000000000000001e-165  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3306  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  63.22 
 
 
484 aa  578  1e-164  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.434461  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1396  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  62.48 
 
 
507 aa  578  1e-164  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.718016 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2173  RNA modification enzyme, MiaB-family  64.12 
 
 
469 aa  578  1e-164  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1095  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  63.24 
 
 
473 aa  576  1.0000000000000001e-163  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.0866637 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2319  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  64.9 
 
 
480 aa  575  1.0000000000000001e-163  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.200937  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3939  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  64.29 
 
 
475 aa  555  1e-157  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0651  RNA modification enzyme, MiaB family  60.97 
 
 
480 aa  548  1e-155  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.455802  normal  0.358579 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1484  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  62.86 
 
 
486 aa  549  1e-155  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.317235 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_18000  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  56.45 
 
 
526 aa  539  9.999999999999999e-153  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0111281  normal  0.369508 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1499  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  61.29 
 
 
475 aa  536  1e-151  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.549888  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7848  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  58.56 
 
 
529 aa  532  1e-150  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.329972 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0547  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  57.95 
 
 
474 aa  512  1e-144  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.028203  decreased coverage  0.00348537 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3540  hypothetical protein  58.57 
 
 
523 aa  511  1e-143  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.309547  normal  0.223285 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1205  RNA modification protein  53.75 
 
 
595 aa  469  1.0000000000000001e-131  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00267373  normal  0.652733 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2144  hypothetical protein  36.87 
 
 
504 aa  300  3e-80  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1647  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.14 
 
 
445 aa  295  8e-79  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1074  hypothetical protein  40.32 
 
 
432 aa  295  1e-78  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11970  MiaB-like tRNA modifying enzyme  34.99 
 
 
442 aa  295  1e-78  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000060077  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1929  putative tRNA modifying protein  34.92 
 
 
445 aa  294  2e-78  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3205  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.46 
 
 
447 aa  288  1e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.112948  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3199  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.32 
 
 
449 aa  288  2e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02161  Fe-S oxidoreductase  39.03 
 
 
472 aa  287  2.9999999999999996e-76  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0100  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.47 
 
 
469 aa  287  2.9999999999999996e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0256489  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.79 
 
 
450 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000316014  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0353  hypothetical protein  39.49 
 
 
466 aa  286  5e-76  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0111  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.25 
 
 
469 aa  286  7e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0678  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.27 
 
 
446 aa  285  9e-76  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000258003  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0983  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.41 
 
 
440 aa  285  1.0000000000000001e-75  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000730864  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0094  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  40.13 
 
 
470 aa  285  1.0000000000000001e-75  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.199384 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1467  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.91 
 
 
444 aa  283  6.000000000000001e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.369998  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2337  hypothetical protein  39.05 
 
 
458 aa  282  8.000000000000001e-75  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.587976  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0093  hypothetical protein  39.83 
 
 
483 aa  282  9e-75  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.26 
 
 
453 aa  281  1e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.000000162674  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1671  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.5 
 
 
487 aa  281  1e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.813765  normal  0.219751 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1630  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.54 
 
 
436 aa  281  2e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0566409  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0632  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.91 
 
 
448 aa  280  5e-74  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.3058599999999997e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0618  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.7 
 
 
448 aa  278  2e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000754849  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0716  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.18 
 
 
448 aa  278  2e-73  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000599844  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0377  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.46 
 
 
450 aa  277  4e-73  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3231  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  37.66 
 
 
440 aa  276  5e-73  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.12995  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01161  Fe-S oxidoreductase  36.7 
 
 
462 aa  275  1.0000000000000001e-72  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal  0.924562 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3205  hypothetical protein  36.7 
 
 
445 aa  275  1.0000000000000001e-72  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000023464  hitchhiker  3.0015199999999995e-20 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0675  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.39 
 
 
430 aa  275  1.0000000000000001e-72  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00122823  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3110  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.54 
 
 
446 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000143108  normal  0.954122 
 
 
-
 
NC_009366  OSTLU_26767  predicted protein  36.19 
 
 
450 aa  274  3e-72  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.071035 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0641  hypothetical protein  35.31 
 
 
440 aa  271  2e-71  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.170936 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0935  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.51 
 
 
430 aa  271  2e-71  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.00000000136513  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2455  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.61 
 
 
440 aa  270  2.9999999999999997e-71  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000298883  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1926  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.56 
 
 
444 aa  270  4e-71  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.587814  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0470  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.24 
 
 
438 aa  270  5e-71  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0443  MiaB family RNA modification protein  35.4 
 
 
440 aa  269  7e-71  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0957  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.71 
 
 
430 aa  269  8e-71  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00162656  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07500  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG, TIGR01125  35.89 
 
 
477 aa  268  1e-70  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0247514  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1262  2-methylthioadenine synthetase  32.4 
 
 
439 aa  267  2.9999999999999995e-70  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.467346  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3124  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.97 
 
 
442 aa  267  4e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000009336  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0865  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.7 
 
 
440 aa  266  8e-70  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.0318613  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1592  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.9 
 
 
429 aa  263  4e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.000486202  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1025  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.49 
 
 
433 aa  263  6.999999999999999e-69  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.813856  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2498  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.34 
 
 
486 aa  262  8e-69  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.620801  normal  0.98842 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3733  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.21 
 
 
441 aa  262  1e-68  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0655484 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3605  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.27 
 
 
436 aa  261  3e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.757621 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2512  hypothetical protein  35.59 
 
 
452 aa  259  5.0000000000000005e-68  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.0314686 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.25 
 
 
470 aa  259  1e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0653  2-methylthioadenine synthetase  32.41 
 
 
437 aa  256  5e-67  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.835098  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4942  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.12 
 
 
437 aa  256  7e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0588845  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13538  putative Fe-S oxidoreductase  32.14 
 
 
435 aa  256  7e-67  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.505425  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0034  2-methylthioadenine synthetase  34.39 
 
 
455 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01141  Fe-S oxidoreductase  31.71 
 
 
454 aa  253  6e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5359  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  33.4 
 
 
437 aa  253  7e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1288  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.62 
 
 
431 aa  252  1e-65  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0783  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.92 
 
 
468 aa  251  2e-65  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00978925  normal  0.109874 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1405  hypothetical protein  34.76 
 
 
440 aa  251  2e-65  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.248691 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0839  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.69 
 
 
450 aa  250  4e-65  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1155  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.95 
 
 
427 aa  250  5e-65  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0078  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  31.32 
 
 
435 aa  249  9e-65  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.68199  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2751  hypothetical protein  34.06 
 
 
440 aa  248  1e-64  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.639812 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0531  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.65 
 
 
472 aa  248  1e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.680198  normal  0.538373 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1722  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.86 
 
 
453 aa  249  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0150  hypothetical protein  32.7 
 
 
434 aa  248  2e-64  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3092  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  32.42 
 
 
435 aa  248  2e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.949904  normal  0.038543 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0106  hypothetical protein  31.48 
 
 
471 aa  248  2e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3120  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  36.03 
 
 
443 aa  248  2e-64  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1645  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  35.62 
 
 
463 aa  248  2e-64  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0599  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.75 
 
 
472 aa  247  3e-64  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1197  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.11 
 
 
470 aa  246  4e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0517  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  33.19 
 
 
472 aa  247  4e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2259  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.92 
 
 
463 aa  246  4e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.017952  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3568  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.22 
 
 
471 aa  247  4e-64  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1695  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.66 
 
 
453 aa  246  4.9999999999999997e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.184719  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1284  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  36.49 
 
 
482 aa  246  4.9999999999999997e-64  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.323089 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1228  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  34.11 
 
 
443 aa  246  6e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.243595  normal  0.945155 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4276  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  35.93 
 
 
449 aa  246  6e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1606  MiaB-like tRNA modifying enzyme YliG  34.7 
 
 
456 aa  246  6e-64  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.132217 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3627  ribosomal protein S12 methylthiotransferase  32.92 
 
 
480 aa  246  6e-64  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>