More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_0267 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_0267  putative pyruvate formate lyase activating enzyme  100 
 
 		 298 aa  622  1e-177  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0149457 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0270  radical SAM domain-containing protein  68.15 
 
 		 292 aa  436  1e-121  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000473608 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3944  radical SAM domain-containing protein  66.78 
 
 		 292 aa  432  1e-120  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2284  radical SAM domain-containing protein  62.42 
 
 		 298 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00260507  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2061  Radical SAM domain protein  61.74 
 
 		 298 aa  408  1e-113  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000000000288905 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1984  radical SAM domain-containing protein  61.56 
 
 		 320 aa  406  1.0000000000000001e-112  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.450438  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2401  radical SAM domain-containing protein  62.42 
 
 		 298 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.312992  unclonable  0.00000836266 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2065  radical SAM domain-containing protein  61.67 
 
 		 300 aa  402  1e-111  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2408  radical activating enzyme  62.81 
 
 		 286 aa  392  1e-108  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1084  putative 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulfur binding  58.33 
 
 		 303 aa  367  1e-100  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003579  radical activating enzyme  57.09 
 
 		 293 aa  353  1e-96  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4980  pyruvate formate lyase activating enzyme  54.36 
 
 		 287 aa  326  3e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.902486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4921  pyruvate formate lyase activating enzyme  54.36 
 
 		 287 aa  325  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4886  pyruvate formate lyase activating enzyme  54.36 
 
 		 287 aa  325  4.0000000000000003e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0614153  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4819  pyruvate formate lyase activating enzyme  54.03 
 
 		 287 aa  325  8.000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.387597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4973  pyruvate formate lyase activating enzyme  54.03 
 
 		 287 aa  323  2e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.577557  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4923  radical SAM domain protein  53.1 
 
 		 287 aa  318  5e-86  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4977  radical SAM domain-containing protein  53.1 
 
 		 287 aa  316  3e-85  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.258865  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04255  predicted pyruvate formate lyase activating enzyme  52.76 
 
 		 287 aa  315  7e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.542782  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3619  Radical SAM domain protein  52.76 
 
 		 287 aa  315  7e-85  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04221  hypothetical protein  52.76 
 
 		 287 aa  315  7e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.606707  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4614  radical SAM domain-containing protein  53.1 
 
 		 287 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3677  radical SAM domain-containing protein  52.76 
 
 		 287 aa  314  9.999999999999999e-85  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.005025 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4927  radical SAM domain-containing protein  52.41 
 
 		 287 aa  312  2.9999999999999996e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5892  radical SAM domain protein  52.41 
 
 		 287 aa  311  7.999999999999999e-84  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0539  radical SAM domain-containing protein  51.03 
 
 		 286 aa  306  3e-82  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.536382  normal  0.0504206 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02539  hypothetical protein  50.63 
 
 		 236 aa  263  2e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1777  (Formate-C-acetyltransferase)-activating enzyme  40.39 
 
 		 279 aa  206  3e-52  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000493175  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1578  radical SAM family protein  39.02 
 
 		 280 aa  195  7e-49  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0135  (Formate-C-acetyltransferase)-activating enzyme  37.81 
 
 		 294 aa  194  1e-48  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  0.957254 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0637  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  38.04 
 
 		 273 aa  181  2e-44  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.581706  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0641  4Fe-4S ferredoxin iron-sulfur binding domain-containing protein  37.25 
 
 		 273 aa  176  5e-43  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1874  radical SAM domain-containing protein  34.64 
 
 		 241 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2365  glycyl-radical enzyme activating protein family  31.23 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.00000514278  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0207  glycyl-radical activating family protein  29.21 
 
 		 306 aa  112  5e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2477  glycyl-radical enzyme activating protein family  25.72 
 
 		 310 aa  108  8.000000000000001e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.731109  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3258  glycyl-radical enzyme activating protein family  27.34 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.807185  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1176  glycyl-radical activating protein  29.62 
 
 		 306 aa  106  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2192  glycyl-radical activating family protein  31.27 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3054  radical-activating enzyme  30.74 
 
 		 302 aa  104  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.969131  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2752  glycyl-radical activating family protein  27.64 
 
 		 310 aa  102  8e-21  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0916  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  28.57 
 
 		 306 aa  98.2  1e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0858803  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4091  glycyl-radical enzyme activating protein family  27.51 
 
 		 305 aa  97.4  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3715  glycyl-radical enzyme activating protein family  26.91 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1247  glycyl-radical enzyme activating protein family  25.68 
 
 		 299 aa  96.7  4e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2966  glycyl-radical activating family protein  25.94 
 
 		 297 aa  95.9  7e-19  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0506  pyruvate formate-lyase activating enzyme  25.27 
 
 		 238 aa  95.1  1e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0339577  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1049  pyruvate formate lyase activating enzyme  26.69 
 
 		 246 aa  94  3e-18  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0367  glycyl-radical enzyme activating protein family  26.85 
 
 		 310 aa  94  3e-18  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23160  pyruvate formate-lyase activating enzyme  26.67 
 
 		 247 aa  92.4  7e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3544  glycyl-radical enzyme activating protein family  26.51 
 
 		 316 aa  92  9e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2102  pyruvate formate-lyase-activating enzyme, putative  27.65 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.510382  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0482  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  30.55 
 
 		 243 aa  91.7  1e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3704  glycyl-radical enzyme activating protein family  26.14 
 
 		 304 aa  92  1e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1396  glycerol dehydratase activating enzyme  26.72 
 
 		 322 aa  92  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.214688  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0510  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  30.55 
 
 		 243 aa  91.7  1e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0491  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  30.55 
 
 		 243 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3391  pyruvate formate-lyase activating enzyme  27.31 
 
 		 249 aa  91.3  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0943  pyruvate-formate lyase-activating enzyme  29.07 
 
 		 318 aa  91.3  2e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0115559  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1272  radical-activating enzyme  28.63 
 
 		 309 aa  90.5  3e-17  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0513  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  29.77 
 
 		 243 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2581  pyruvate formate-lyase activating enzyme  26.45 
 
 		 240 aa  89.4  7e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0425  formate acetyltransferase activating enzyme (pyruvate formate-lyase activating enzyme)  29.82 
 
 		 243 aa  89.4  7e-17  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0421  formate acetyltransferase activating enzyme (pyruvate formate-lyase activating enzyme)  29.82 
 
 		 243 aa  89  8e-17  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2500  glycyl-radical enzyme activating protein family  27.92 
 
 		 294 aa  89  8e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1999  pyruvate-formate lyase activating enzyme  25.9 
 
 		 263 aa  88.2  1e-16  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.637211  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0980  glycyl-radical activating family protein  28.29 
 
 		 297 aa  89  1e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.131362 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0564  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  29.39 
 
 		 243 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0566  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  29.39 
 
 		 243 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4810  pyruvate formate-lyase-activating enzyme  29.39 
 
 		 243 aa  88.2  2e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1586  glycyl-radical enzyme activating protein family  28.31 
 
 		 314 aa  87.8  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0487316  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0432  pyruvate formate-lyase activating enzyme  27.11 
 
 		 243 aa  87.4  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0168  glycyl-radical enzyme activating protein family  24.34 
 
 		 303 aa  87  4e-16  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.465492  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1418  glycyl-radical activating family protein  27.09 
 
 		 315 aa  85.9  7e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4904  glycyl-radical enzyme activating protein family  26.98 
 
 		 327 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1605  pyruvate-formate lyase activating enzyme  26.49 
 
 		 266 aa  85.1  0.000000000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0427  pyruvate formate-lyase activating enzyme  26.91 
 
 		 243 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2820  pyruvate formate-lyase activating enzyme  27.27 
 
 		 250 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000272816  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1073  glycyl-radical enzyme activating protein family  25.1 
 
 		 298 aa  83.6  0.000000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.949815  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1435  glycyl-radical enzyme activating protein family  26.77 
 
 		 312 aa  81.6  0.00000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2913  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  25.1 
 
 		 246 aa  82  0.00000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3277  glycyl-radical activating family protein  26.09 
 
 		 318 aa  82  0.00000000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2379  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  25.1 
 
 		 246 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0648375  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1493  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  25.48 
 
 		 246 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0621061  normal  0.601453 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1560  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  25.1 
 
 		 246 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0861855  normal  0.127939 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1554  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  25.1 
 
 		 246 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.202343 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3460  glycyl-radical enzyme activating protein family  31.13 
 
 		 330 aa  80.1  0.00000000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2144  glycyl-radical enzyme activating protein family  26.18 
 
 		 298 aa  80.5  0.00000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17450  glycyl-radical enzyme activator family protein  26.14 
 
 		 311 aa  80.1  0.00000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.478583  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1438  glycyl-radical enzyme activating protein family  26.61 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1953  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  26.46 
 
 		 245 aa  79  0.00000000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1460  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  25.83 
 
 		 246 aa  79  0.00000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2474  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  28.74 
 
 		 245 aa  79  0.00000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3281  radical-activating enzyme  26.03 
 
 		 320 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1497  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  24.32 
 
 		 246 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003978  pyruvate formate-lyase activating enzyme  24.32 
 
 		 246 aa  77  0.0000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1722  pyruvate formate-lyase activating enzyme  24.11 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.461343  normal  0.162758 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2391  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  25.48 
 
 		 246 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.227753  normal  0.208715 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2672  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  24.71 
 
 		 246 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.209524  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2346  pyruvate formate lyase-activating enzyme 1  25.39 
 
 		 246 aa  76.3  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>