More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spro_3600 on replicon NC_009832
Organism: Serratia proteamaculans 568



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_3600  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 360 aa  741    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0280148  normal  0.188315 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0979  LacI family transcription regulator  71.39 
 
 		 360 aa  531  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3362  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  71.39 
 
 		 360 aa  531  1e-150  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0927  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  71.67 
 
 		 360 aa  533  1e-150  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2628  transcriptional regulator, LacI family  59.89 
 
 		 356 aa  440  9.999999999999999e-123  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2354  transcriptional regulator, LacI family  59.61 
 
 		 356 aa  439  9.999999999999999e-123  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03519  putative transcriptional regulator  56.81 
 
 		 364 aa  430  1e-119  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1314  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  57.1 
 
 		 357 aa  428  1e-119  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.499254  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03470  hypothetical protein  56.81 
 
 		 356 aa  430  1e-119  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1641  transcriptional regulator, LacI family  58.22 
 
 		 357 aa  426  1e-118  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.236948  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1610  transcriptional regulator, LacI family  57.94 
 
 		 356 aa  406  1.0000000000000001e-112  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.42043  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1883  transcriptional regulator, LacI family  32.35 
 
 		 350 aa  148  2.0000000000000003e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.275447 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1697  transcriptional regulator, LacI family  31.99 
 
 		 351 aa  147  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3669  transcriptional regulator, LacI family  29.65 
 
 		 349 aa  127  3e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.555961  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0717  transcriptional regulator, LacI family  29.33 
 
 		 344 aa  125  1e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3520  transcriptional regulator, LacI family  29.19 
 
 		 349 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0665  transcriptional regulator, LacI family  29.71 
 
 		 343 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0509948  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5365  transcriptional regulator, LacI family  25.36 
 
 		 345 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000864241  normal  0.850622 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5085  transcriptional regulator, LacI family  25 
 
 		 359 aa  113  6e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.127627 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3579  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.71 
 
 		 344 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0892  LacI family transcription regulator  28.17 
 
 		 346 aa  107  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00803151  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1067  transcriptional regulator, LacI family  25.71 
 
 		 349 aa  107  4e-22  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0326258  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4007  transcriptional regulator, LacI family  28.26 
 
 		 343 aa  106  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1559  alanine racemase  29.6 
 
 		 333 aa  106  7e-22  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000066632  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  29.57 
 
 		 330 aa  105  8e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5764  transcriptional regulator LacI family  27.22 
 
 		 337 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.73775  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4336  transcriptional regulator, LacI family  27.85 
 
 		 339 aa  105  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.563264  hitchhiker  0.000141472 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  26.74 
 
 		 347 aa  103  5e-21  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13150  transcriptional regulator, LacI family  27.09 
 
 		 344 aa  103  5e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  25.66 
 
 		 346 aa  102  7e-21  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.52 
 
 		 333 aa  100  3e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.01 
 
 		 328 aa  100  4e-20  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  25.22 
 
 		 333 aa  99.4  8e-20  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  27.57 
 
 		 332 aa  99.4  8e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  26.18 
 
 		 338 aa  99  1e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  26.55 
 
 		 328 aa  99  1e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  24.93 
 
 		 348 aa  97.8  2e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.66 
 
 		 336 aa  98.2  2e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  27.08 
 
 		 333 aa  98.2  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  25.3 
 
 		 328 aa  97.4  3e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  27.62 
 
 		 335 aa  97.8  3e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.88 
 
 		 330 aa  97.1  4e-19  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2204  transcriptional regulator, LacI family  28.48 
 
 		 337 aa  97.1  5e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  27.27 
 
 		 332 aa  96.3  7e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  23.68 
 
 		 334 aa  96.3  7e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  27.27 
 
 		 332 aa  96.3  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  29.23 
 
 		 342 aa  96.3  8e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  26.33 
 
 		 338 aa  95.9  9e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  27.27 
 
 		 332 aa  95.9  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3324  LacI family transcription regulator  30.25 
 
 		 347 aa  95.5  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370251  normal  0.267565 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1873  LacI family response repressor  26.54 
 
 		 368 aa  95.5  1e-18  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.845568  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  24.7 
 
 		 331 aa  95.1  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  23.99 
 
 		 336 aa  95.5  1e-18  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  26.55 
 
 		 342 aa  94.7  2e-18  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  26.99 
 
 		 344 aa  94.7  2e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  26.98 
 
 		 332 aa  94.7  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2353  LacI family transcription regulator  27.27 
 
 		 330 aa  95.1  2e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000399478  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.55 
 
 		 330 aa  94  3e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.55 
 
 		 341 aa  94  4e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.55 
 
 		 341 aa  94  4e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  26.55 
 
 		 341 aa  94  4e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  24.93 
 
 		 335 aa  93.6  4e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  22.51 
 
 		 334 aa  94  4e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.55 
 
 		 341 aa  94  4e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5456  alanine racemase  25.6 
 
 		 368 aa  93.6  4e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.000537083  normal  0.747323 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  26.55 
 
 		 341 aa  94  4e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.55 
 
 		 343 aa  94  4e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.55 
 
 		 343 aa  94  4e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.55 
 
 		 341 aa  94  4e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  25.14 
 
 		 339 aa  93.6  5e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  25.95 
 
 		 333 aa  93.6  5e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  24.63 
 
 		 336 aa  93.6  5e-18  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.7 
 
 		 335 aa  93.6  5e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  29.55 
 
 		 353 aa  93.6  5e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  26.55 
 
 		 333 aa  93.2  6e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  24.56 
 
 		 334 aa  93.2  6e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0285  alanine racemase  29.17 
 
 		 337 aa  93.2  6e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  26.18 
 
 		 330 aa  93.2  6e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.82 
 
 		 338 aa  92.8  7e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1601  alanine racemase  26.86 
 
 		 337 aa  92.8  9e-18  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.520299  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  26.02 
 
 		 335 aa  92.8  9e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  26.18 
 
 		 330 aa  92  1e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0382  transcriptional regulator, LacI family  29.38 
 
 		 360 aa  92  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0150  transcriptional regulator, LacI family  26.2 
 
 		 336 aa  92  1e-17  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  26.18 
 
 		 330 aa  92  1e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0499  LacI family transcription regulator  25.57 
 
 		 330 aa  92.4  1e-17  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  26.18 
 
 		 330 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  24.43 
 
 		 336 aa  91.7  2e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  26.18 
 
 		 330 aa  91.3  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.17 
 
 		 342 aa  92  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  26.67 
 
 		 333 aa  91.7  2e-17  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  27.17 
 
 		 342 aa  92  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  26.18 
 
 		 330 aa  91.7  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  28.81 
 
 		 337 aa  90.9  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  25 
 
 		 332 aa  91.3  3e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  25.87 
 
 		 330 aa  90.9  3e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  25.22 
 
 		 332 aa  90.9  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  24.85 
 
 		 340 aa  90.5  4e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1528  transcriptional regulator, LacI family  27.07 
 
 		 356 aa  90.5  4e-17  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.126847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4790  catabolite control protein A  25 
 
 		 332 aa  90.5  4e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>