57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_2063 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_2063  rhomboid family protein  100 
 
 		 194 aa  385  1e-106  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2060  rhomboid family protein  60.53 
 
 		 204 aa  227  1e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00283359  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2504  hypothetical protein  60.21 
 
 		 204 aa  224  7e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2350  rhomboid family protein  63.74 
 
 		 200 aa  224  9e-58  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0538538  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2553  rhomboid family protein  59.16 
 
 		 202 aa  222  3e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0621154  normal  0.0170558 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2165  rhomboid family protein  59.47 
 
 		 201 aa  221  4e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0257176  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1915  rhomboid family protein  60.75 
 
 		 205 aa  221  4e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.135917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2114  rhomboid family protein  61.67 
 
 		 198 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00343017  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4542  hypothetical protein  61.67 
 
 		 198 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2270  Rhomboid family protein  61.67 
 
 		 198 aa  213  9.999999999999999e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00653341  normal  0.491355 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1853  rhomboid family protein  63.37 
 
 		 188 aa  211  7e-54  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.124866  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2160  rhomboid family protein  61.11 
 
 		 198 aa  210  1e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0175034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2256  rhomboid family protein  62.21 
 
 		 187 aa  206  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.18089  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2047  rhomboid family protein  64.24 
 
 		 171 aa  203  2e-51  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.285623  normal  0.248889 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1875  rhomboid family protein  54.77 
 
 		 209 aa  184  5e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.413109  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2016  rhomboid-like protein  60.93 
 
 		 218 aa  178  4e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1827  hypothetical protein  56.97 
 
 		 205 aa  161  5.0000000000000005e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.545159  normal  0.567455 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02194  membrane protein, Rhomboid family  51.19 
 
 		 194 aa  157  7e-38  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.411202  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004038  membrane protein  44.25 
 
 		 183 aa  136  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.03896  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2148  rhomboid family membrane protein  43.75 
 
 		 206 aa  131  5e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01423  hypothetical protein  48.34 
 
 		 162 aa  129  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2522  rhomboid family membrane protein  40.91 
 
 		 195 aa  121  5e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1088  integral membrane protein  44 
 
 		 186 aa  112  3e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0888  rhomboid family protein  40.51 
 
 		 186 aa  111  7.000000000000001e-24  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.86404 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1567  hypothetical protein  49.25 
 
 		 183 aa  108  5e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.018833  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0169  Rhomboid family protein  32.98 
 
 		 187 aa  83.6  0.000000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.406273  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0230  membrane protein, rhomboid family  38.1 
 
 		 193 aa  77  0.0000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3112  rhomboid family protein  32.73 
 
 		 199 aa  57.8  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1033  rhomboid-like protein  32.89 
 
 		 198 aa  52.8  0.000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2892  putative transmembrane protein  28.18 
 
 		 204 aa  51.6  0.000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2486  hypothetical protein  26.63 
 
 		 204 aa  51.2  0.000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4990  peptidase S54-type, rhomboid-like protein  39.08 
 
 		 220 aa  50.4  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.25145  normal  0.208438 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1438  rhomboid family protein  26.58 
 
 		 342 aa  50.1  0.00002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1085  Rhomboid family protein  28.76 
 
 		 204 aa  48.9  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2655  hypothetical protein  29.35 
 
 		 206 aa  48.9  0.00005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1705  rhomboid family protein  26.58 
 
 		 342 aa  47.8  0.0001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.745116  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0207  Rhomboid family protein  30.36 
 
 		 205 aa  45.8  0.0004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0269044  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1467  hypothetical protein  25.83 
 
 		 211 aa  45.8  0.0004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4995  rhomboid family protein  30.97 
 
 		 303 aa  45.4  0.0005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.295556  decreased coverage  0.00000450745 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0044  Rhomboid family protein  23.53 
 
 		 356 aa  44.7  0.0008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5148  rhomboid-like protein  31.63 
 
 		 289 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0058  Rhomboid family protein  36.36 
 
 		 302 aa  43.9  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5237  rhomboid family protein  31.63 
 
 		 289 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00959103  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0056  Rhomboid family protein  25.32 
 
 		 225 aa  43.5  0.002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3691  hypothetical protein  27.27 
 
 		 237 aa  43.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.265806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5529  rhomboid family protein  34.94 
 
 		 289 aa  43.5  0.002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.360648 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2492  Rhomboid family protein  32.04 
 
 		 579 aa  43.1  0.003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0058  rhomboid family protein  34.15 
 
 		 286 aa  42.7  0.003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4481  rhomboid family protein  29.73 
 
 		 303 aa  42.7  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  0.0126709 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3467  membrane serine peptidase  25.27 
 
 		 280 aa  42.4  0.004  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.97939 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1093  Rhomboid family protein  30.06 
 
 		 198 aa  42.4  0.004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00275  peptidase  29.23 
 
 		 280 aa  42  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0165  Rhomboid family protein  26.8 
 
 		 292 aa  42  0.006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.335904 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0014  Rhomboid family protein  34.15 
 
 		 298 aa  41.6  0.008  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_13471  hypothetical protein  29.68 
 
 		 200 aa  41.2  0.009  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2385  rhomboid-like protein  35.58 
 
 		 358 aa  41.2  0.01  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0227  rhomboid family protein  32.18 
 
 		 182 aa  41.2  0.01  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>