239 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0941 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0941  permease YjgP/YjgQ family protein  100 
 
 		 352 aa  708    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00480022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1078  permease YjgP/YjgQ family protein  82.95 
 
 		 352 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1016  permease YjgP/YjgQ family protein  81.53 
 
 		 352 aa  600  1e-170  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00281225  normal  0.223874 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3117  permease YjgP/YjgQ family protein  76.99 
 
 		 352 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000809981  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3260  permease YjgP/YjgQ family protein  76.99 
 
 		 352 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000329017  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1259  permease YjgP/YjgQ family protein  76.99 
 
 		 352 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0237317  hitchhiker  0.000314396 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3107  permease YjgP/YjgQ family protein  76.99 
 
 		 352 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000202116  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1180  permease YjgP/YjgQ family protein  77.27 
 
 		 352 aa  558  1e-158  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.182285  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2825  permease YjgP/YjgQ family protein  75.85 
 
 		 352 aa  554  1e-157  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0282438  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1370  hypothetical protein  76.14 
 
 		 352 aa  551  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0873  permease YjgP/YjgQ  74.86 
 
 		 351 aa  552  1e-156  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000147876  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2907  permease YjgP/YjgQ family protein  75.57 
 
 		 352 aa  551  1e-156  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000245216  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3004  permease YjgP/YjgQ family protein  75.85 
 
 		 352 aa  554  1e-156  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000801817  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0926  permease YjgP/YjgQ family protein  73.86 
 
 		 352 aa  543  1e-153  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133536  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0797  hypothetical protein  73.86 
 
 		 352 aa  537  9.999999999999999e-153  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0544635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0912  permease YjgP/YjgQ family protein  73.01 
 
 		 352 aa  526  1e-148  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00097364  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01574  predicted permease  56.98 
 
 		 353 aa  408  1e-113  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0334902  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3560  permease YjgP/YjgQ  53.98 
 
 		 353 aa  408  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0179004  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002430  hypothetical protein  55.81 
 
 		 356 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00895033  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0743  putative permease  52.56 
 
 		 355 aa  395  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0528  putative permease  54.36 
 
 		 358 aa  392  1e-108  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.0041624  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03633  hypothetical protein  55.52 
 
 		 356 aa  394  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2081  hypothetical protein  51.56 
 
 		 356 aa  377  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000262997  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0518  permease  45.32 
 
 		 356 aa  338  5.9999999999999996e-92  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.29406  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4765  inner membrane protein YjgQ  48.4 
 
 		 360 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000537326  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4735  inner membrane protein YjgQ  48.4 
 
 		 360 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0130058  normal  0.215527 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4865  inner membrane protein YjgQ  48.4 
 
 		 360 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000705517  normal  0.203916 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4828  inner membrane protein YjgQ  48.4 
 
 		 360 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.105801  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4884  hypothetical protein  48.4 
 
 		 360 aa  323  3e-87  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04128  conserved inner membrane protein  47.03 
 
 		 360 aa  322  6e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00895829  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3735  permease YjgP/YjgQ family protein  47.03 
 
 		 360 aa  322  6e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00436584  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4835  putative permease  47.03 
 
 		 360 aa  322  6e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000478457  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4518  putative permease  47.03 
 
 		 360 aa  322  6e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000136034  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3750  permease YjgP/YjgQ family protein  47.03 
 
 		 360 aa  322  6e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000963246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4743  putative permease  47.03 
 
 		 360 aa  322  6e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000687106  normal  0.744445 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5784  putative permease  47.03 
 
 		 360 aa  322  6e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000901519  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04092  hypothetical protein  47.03 
 
 		 360 aa  322  6e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00829119  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4818  putative permease  47.03 
 
 		 360 aa  322  8e-87  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000339649  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3555  permease YjgP/YjgQ family protein  47.37 
 
 		 356 aa  321  9.000000000000001e-87  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3677  permease YjgP/YjgQ family protein  48.4 
 
 		 358 aa  321  9.999999999999999e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00250895  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3541  putative permease  48.4 
 
 		 358 aa  321  9.999999999999999e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000398482  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4049  hypothetical protein  48.4 
 
 		 358 aa  321  9.999999999999999e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000497834  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3646  permease YjgP/YjgQ family protein  47.81 
 
 		 360 aa  318  7e-86  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000255423  normal  0.498711 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3718  permease YjgP/YjgQ family protein  47.08 
 
 		 356 aa  317  2e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0564  permease YjgP/YjgQ family protein  46.69 
 
 		 356 aa  314  9.999999999999999e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000725936  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0390  permease YjgP/YjgQ family protein  46.36 
 
 		 358 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0209469  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0446  permease YjgP/YjgQ family protein  46.76 
 
 		 358 aa  312  4.999999999999999e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0397  permease YjgP/YjgQ family protein  41.18 
 
 		 354 aa  296  3e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0180892  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2682  hypothetical protein  37.32 
 
 		 356 aa  264  2e-69  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2554  hypothetical protein  37.32 
 
 		 356 aa  263  3e-69  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0988  permease YjgP/YjgQ family protein  38.35 
 
 		 353 aa  254  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127526  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0983  permease YjgP/YjgQ family protein  38.35 
 
 		 353 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1020  permease YjgP/YjgQ family protein  38.35 
 
 		 353 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.362766  normal  0.829125 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4235  permease YjgP/YjgQ family protein  38.11 
 
 		 353 aa  252  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1909  permease YjgP/YjgQ  36.36 
 
 		 354 aa  245  9.999999999999999e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0991  permease YjgP/YjgQ  36.39 
 
 		 353 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215925  normal  0.744864 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1273  hypothetical protein  35.82 
 
 		 353 aa  240  2.9999999999999997e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0963  permease YjgP/YjgQ family protein  38.12 
 
 		 353 aa  238  1e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.670481  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_14510  hypothetical protein  35.61 
 
 		 355 aa  235  7e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3525  permease YjgP/YjgQ family protein  37.81 
 
 		 354 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.246904 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1284  hypothetical protein  35.33 
 
 		 355 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1141  putative permease  33.33 
 
 		 355 aa  231  1e-59  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0876  hypothetical membrane spanning protein  33.33 
 
 		 355 aa  229  4e-59  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1093  permease YjgP/YjgQ  35.89 
 
 		 353 aa  224  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0659293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2138  permease YjgP/YjgQ  34.66 
 
 		 353 aa  210  4e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_11680  permease YjgP/YjgQ family  34.69 
 
 		 353 aa  208  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.623053  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0560  permease YjgP/YjgQ family protein  32.39 
 
 		 360 aa  205  8e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0147721  hitchhiker  0.00000329056 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1374  SecD export membrane protein  30.68 
 
 		 352 aa  198  9e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2785  permease YjgP/YjgQ family protein  32.66 
 
 		 358 aa  194  2e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.661197  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2916  permease YjgP/YjgQ  31.52 
 
 		 354 aa  187  2e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2101  hypothetical protein  31.75 
 
 		 356 aa  186  7e-46  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0220  permease YjgP/YjgQ  28.57 
 
 		 356 aa  184  3e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.633981 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1746  permease YjgP/YjgQ  28.73 
 
 		 370 aa  181  2e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.108168  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4009  permease YjgP/YjgQ family protein  33.13 
 
 		 353 aa  180  2.9999999999999997e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.137902  normal  0.604815 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2113  permease YjgP/YjgQ family protein  29.38 
 
 		 357 aa  178  1e-43  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.741512 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0679  permease YjgP/YjgQ family protein  32.47 
 
 		 350 aa  178  1e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5799  YjgP/YjgQ like transporter  31.94 
 
 		 382 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0825514 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2473  permease YjgP/YjgQ family protein  31.94 
 
 		 382 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1857  permease YjgP/YjgQ  31.94 
 
 		 382 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.693669  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2468  permease YjgP/YjgQ family protein  31.94 
 
 		 382 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0826  permease YjgP/YjgQ family protein  31.94 
 
 		 382 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.792817  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2685  permease YjgP/YjgQ  31.52 
 
 		 383 aa  172  6.999999999999999e-42  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.283535  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2385  permease YjgP/YjgQ family protein  31.15 
 
 		 382 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2517  permease YjgP/YjgQ family protein  31.15 
 
 		 382 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2809  permease YjgP/YjgQ  31.47 
 
 		 387 aa  172  9e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.652763  normal  0.723942 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0982  permease YjgP/YjgQ family protein  31.1 
 
 		 382 aa  168  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02662  putative permease, YjgP/YjgQ family  29.17 
 
 		 368 aa  168  2e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3640  membrane protein, YjgP/YjgQ like  31.1 
 
 		 382 aa  168  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0582  hypothetical protein  33.44 
 
 		 356 aa  166  6.9999999999999995e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.878195  normal  0.534189 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1235  permease YjgP/YjgQ family protein  29.67 
 
 		 386 aa  166  8e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.104582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0621  permease YjgP/YjgQ family protein  30.46 
 
 		 384 aa  165  9e-40  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0185223  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2227  permease YjgP/YjgQ family protein  31.1 
 
 		 382 aa  161  1e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.483945  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0670  hypothetical protein  28.87 
 
 		 383 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.144259  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1173  hypothetical protein  28.87 
 
 		 383 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.200928  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1013  hypothetical protein  28.87 
 
 		 383 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.17557  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1020  hypothetical protein  28.87 
 
 		 383 aa  162  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1655  hypothetical protein  28.87 
 
 		 383 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.408147  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2341  hypothetical protein  28.87 
 
 		 383 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2944  hypothetical protein  28.87 
 
 		 383 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2417  hypothetical protein  28.93 
 
 		 401 aa  160  4e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>