175 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_R0045 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008554  Sfum_R0045  tRNA-Ser  100 
 
 		 93 bp  184  2.0000000000000003e-45  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.331692  normal  0.842415 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  97.83 
 
 		 86 bp  83.8  0.000000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE_tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  95.74 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.232156  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0004  tRNA-Ser  95.56 
 
 		 90 bp  73.8  0.000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_R0005  tRNA-Ser  97.5 
 
 		 86 bp  71.9  0.00000000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  1.87296e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_R0056  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_R0057  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.570603  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0055  tRNA-Ser  100 
 
 		 90 bp  71.9  0.00000000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0709169  normal  0.617884 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0058  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 86 bp  69.9  0.0000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.337917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0027  tRNA-Ser  95.35 
 
 		 90 bp  69.9  0.0000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_R0003  tRNA-Ser  97.44 
 
 		 86 bp  69.9  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000261436  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_R0001  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 91 bp  67.9  0.0000000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_R0006  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 90 bp  67.9  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.121639  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_R0001  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000012386 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0003  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000000308763  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0005  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 87 bp  67.9  0.0000000004  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.179049 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_R0001  tRNA-Ser  93.48 
 
 		 86 bp  67.9  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0051  tRNA-Ser  97.22 
 
 		 90 bp  63.9  0.000000006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.7492  normal  0.229095 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0033  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna25  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  hitchhiker  0.0000226123  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_R0061  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0815  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0378889  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_rna26  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.540451  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_R0004  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 96 bp  61.9  0.00000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.489896  normal  0.220427 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0061  tRNA-Ser  93.02 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.388434  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_R0055  tRNA-Ser  91.49 
 
 		 90 bp  61.9  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.953649  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_R0101  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.174048  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_R0048  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 88 bp  60  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0001  tRNA-Ser  91.3 
 
 		 90 bp  60  0.0000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00401168  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0003  tRNA-Ser  92.68 
 
 		 88 bp  58  0.0000004  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt03  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.038347  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_R0027  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0024  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.771773  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_AR0035  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 85 bp  56  0.000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.181882  normal  0.666229 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_R0014  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 91 bp  56  0.000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00196818  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0062  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.2408  normal  0.378741 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0043  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0031  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.52176  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0060  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.276036  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0038  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0040  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.386167  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0012  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.591659  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_R0085  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0078  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.412983 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_R0027  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0851644  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0020  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0294133 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1445  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000299602  normal  0.74415 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0006  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 88 bp  56  0.000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0291328  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0072  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.789725  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0068  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.639898  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60250  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 87 bp  56  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0006  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0526  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 92 bp  56  0.000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0008  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.109766  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0021  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.846979  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4245  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000123139  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0055  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.983952 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_R0065  tRNA-Ser  94.44 
 
 		 90 bp  56  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0073  tRNA-Ser  92.5 
 
 		 88 bp  56  0.000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000673451  normal  0.952088 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0063  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 88 bp  54  0.000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.874124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0058  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 92 bp  54  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_R0058  tRNA-Ser  90.7 
 
 		 91 bp  54  0.000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0000481148  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_R0009  tRNA-Ser  82.8 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0020  tRNA-Ser  96.77 
 
 		 90 bp  54  0.000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.437466  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET_tRNA-Ser-1  tRNA-Ser  88 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.44549  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_R0009  tRNA-Ser  84.88 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12770  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 88 bp  52  0.00002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00471501  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_513  tRNA-Ser  88 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_R0038  tRNA-Ser  94.12 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0001  tRNA-Ser  89.13 
 
 		 90 bp  52  0.00002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_t60  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 85 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0110134 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0051  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.794594  normal  0.436423 
 
 
-
 
NC_002978  tRNA-Ser-2  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0074  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.982484  normal  0.493947 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_t40  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA47  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.276282 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R47  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00483032  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0165  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1368  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_tSer01  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.454319  normal  0.359191 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_R0013  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30420  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 87 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_R0050  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000005871  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0046  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.52557  normal  0.0292878 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_28090  tRNA-Ser  96.55 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0049  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 88 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00123385 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2605  tRNA-Ser  91.89 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.164026  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1653  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 90 bp  50.1  0.00009  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_2241  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1188  tRNA-Ser  93.94 
 
 		 93 bp  50.1  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_2328  tRNA-Ser  90.24 
 
 		 92 bp  50.1  0.00009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.0176305  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0052  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000218477  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_AR0040  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 88 bp  48.1  0.0004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000505544  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0026  tRNA-Ser  86.57 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.369996  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0030  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.849468  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1045  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.395551  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1206  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1162  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.520358 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4663  tRNA-Ser  91.67 
 
 		 90 bp  48.1  0.0004  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000383735  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>