275 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0525 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0525  hydrogenase regulation HoxX  100 
 
 		 565 aa  1173    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3348  formyl transferase-like protein  46.54 
 
 		 588 aa  535  1e-151  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4101  formyl transferase-like  45.24 
 
 		 565 aa  468  9.999999999999999e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1541  formyl transferase-like protein  48.48 
 
 		 579 aa  462  1e-129  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00137712  normal  0.223229 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3963  formyl transferase  45.45 
 
 		 558 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2013  formyl transferase domain-containing protein  43.19 
 
 		 575 aa  441  9.999999999999999e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1425  NiFe-hydrogenase maturation factor, HypX/HoxX type  39.13 
 
 		 546 aa  413  1e-114  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.494812  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2809  putative sensor protein  42.66 
 
 		 591 aa  405  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.247424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1957  formyl transferase domain-containing protein  40.14 
 
 		 602 aa  373  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2450  formyl transferase domain-containing protein  41.45 
 
 		 590 aa  362  1e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.015137 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3127  enoyl-CoA hydratase/isomerase  38.5 
 
 		 572 aa  352  1e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141075 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4501  formyl transferase domain-containing protein  37.3 
 
 		 564 aa  340  5e-92  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0099906 
 
 
-
 
NC_006687  CNE00720  conserved hypothetical protein  29.12 
 
 		 955 aa  228  2e-58  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.107944  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1209  formyl transferase domain-containing protein  33.08 
 
 		 284 aa  141  3e-32  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.111228 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1208  enoyl-CoA hydratase/isomerase  28.79 
 
 		 286 aa  130  9.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.10718 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2232  methionyl-tRNA formyltransferase  27.12 
 
 		 313 aa  78.6  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3225  methionyl-tRNA formyltransferase  27.38 
 
 		 313 aa  65.9  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0188786 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1488  enoyl-CoA hydratase  25 
 
 		 254 aa  65.1  0.000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0513  methionyl-tRNA formyltransferase  26.25 
 
 		 319 aa  64.7  0.000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.690355  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0316  methionyl-tRNA formyltransferase  25.45 
 
 		 311 aa  63.5  0.000000009  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0907  methionyl-tRNA formyltransferase  30.56 
 
 		 310 aa  62  0.00000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000822843  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1655  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.17 
 
 		 255 aa  62  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3217  methionyl-tRNA formyltransferase  25.23 
 
 		 316 aa  60.8  0.00000006  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.163749  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0649  methionyl-tRNA formyltransferase  23.66 
 
 		 318 aa  60.8  0.00000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95229e-24 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0050  methionyl-tRNA formyltransferase  25 
 
 		 319 aa  60.8  0.00000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.977686  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3339  methionyl-tRNA formyltransferase  21.92 
 
 		 311 aa  60.5  0.00000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.376602  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2750  enoyl-CoA hydratase  26.35 
 
 		 254 aa  60.8  0.00000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1395  methionyl-tRNA formyltransferase  24.11 
 
 		 305 aa  60.5  0.00000009  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0635  methionyl-tRNA formyltransferase  23.66 
 
 		 318 aa  59.7  0.0000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0157901  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3920  methionyl-tRNA formyltransferase  27.59 
 
 		 325 aa  60.1  0.0000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4228  methionyl-tRNA formyltransferase  26.37 
 
 		 312 aa  58.9  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.47776 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0393  methionyl-tRNA formyltransferase  24.55 
 
 		 313 aa  59.3  0.0000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.691189  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0036  methionyl-tRNA formyltransferase  25.69 
 
 		 327 aa  57.8  0.0000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0409  methionyl-tRNA formyltransferase  23.61 
 
 		 313 aa  57.4  0.0000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  24.3 
 
 		 312 aa  57  0.0000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0449  methionyl-tRNA formyltransferase  26.87 
 
 		 342 aa  57  0.0000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.353128  normal  0.364478 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1755  methionyl-tRNA formyltransferase  23.84 
 
 		 310 aa  57  0.000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0393  methionyl-tRNA formyltransferase  23.89 
 
 		 312 aa  56.6  0.000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.894516  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0130  methionyl-tRNA formyltransferase  20.09 
 
 		 317 aa  55.8  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0164  methionyl-tRNA formyltransferase  25.79 
 
 		 313 aa  56.2  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.534579  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1779  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.93 
 
 		 257 aa  56.2  0.000002  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1114  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  29.41 
 
 		 258 aa  55.8  0.000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.258792  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2371  enoyl-CoA hydratase/isomerase  28.08 
 
 		 254 aa  56.2  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.60618  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1063  methionyl-tRNA formyltransferase  22.9 
 
 		 318 aa  56.2  0.000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0030  methionyl-tRNA formyltransferase  24.67 
 
 		 321 aa  55.8  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0787  methionyl-tRNA formyltransferase  22.37 
 
 		 316 aa  56.2  0.000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0284  methionyl-tRNA formyltransferase  28.19 
 
 		 315 aa  55.8  0.000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0176978 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0935  enoyl-CoA hydratase  24.53 
 
 		 262 aa  55.5  0.000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.220694  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  23.08 
 
 		 318 aa  55.1  0.000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0020  methionyl-tRNA formyltransferase  24.32 
 
 		 322 aa  55.5  0.000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4396  enoyl-CoA hydratase  24.53 
 
 		 262 aa  55.5  0.000003  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000474445  hitchhiker  2.81205e-17 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0312  enoyl-CoA hydratase/isomerase  23.9 
 
 		 264 aa  55.5  0.000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.305978  normal  0.0108987 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0205  methionyl-tRNA formyltransferase  25.15 
 
 		 303 aa  54.7  0.000004  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1592  methionyl-tRNA formyltransferase  25 
 
 		 359 aa  55.1  0.000004  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0244  methionyl-tRNA formyltransferase  21.54 
 
 		 315 aa  54.7  0.000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  22.76 
 
 		 307 aa  54.3  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0410  methionyl-tRNA formyltransferase  27.92 
 
 		 301 aa  54.3  0.000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1176  methionyl-tRNA formyltransferase  20.59 
 
 		 309 aa  53.9  0.000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0139658  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2582  methionyl-tRNA formyltransferase  23.5 
 
 		 328 aa  53.9  0.000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.0097642  normal  0.0138205 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0678  methionyl-tRNA formyltransferase  23.11 
 
 		 302 aa  53.9  0.000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0663  methionyl-tRNA formyltransferase  22.65 
 
 		 312 aa  53.5  0.000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0072  methionyl-tRNA formyltransferase  23 
 
 		 327 aa  53.1  0.00001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.603691  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0979  enoyl-CoA hydratase  25 
 
 		 262 aa  53.1  0.00001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0848  enoyl-CoA hydratase  25 
 
 		 262 aa  53.1  0.00001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0791  enoyl-CoA hydratase  25 
 
 		 262 aa  53.1  0.00001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0796  enoyl-CoA hydratase  25 
 
 		 262 aa  53.1  0.00001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0894  enoyl-CoA hydratase  25 
 
 		 262 aa  53.1  0.00001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.975576  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2084  methionyl-tRNA formyltransferase  20.17 
 
 		 311 aa  53.1  0.00001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.198796  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  26.52 
 
 		 309 aa  53.1  0.00001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.0547193  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0979  enoyl-CoA hydratase  25 
 
 		 262 aa  53.1  0.00001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.02824e-22 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0143  methionyl-tRNA formyltransferase  25.33 
 
 		 312 aa  53.1  0.00001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0856282  normal  0.608581 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3398  methionyl-tRNA formyltransferase  27.22 
 
 		 323 aa  52.4  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.726388  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3677  methionyl-tRNA formyltransferase  23.47 
 
 		 327 aa  52.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2291  methionyl-tRNA formyltransferase  24.55 
 
 		 319 aa  52.4  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2402  amino acid adenylation  27.54 
 
 		 1519 aa  52.4  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3354  methionyl-tRNA formyltransferase  23.39 
 
 		 327 aa  52.8  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0786  enoyl-CoA hydratase  24.29 
 
 		 262 aa  52.8  0.00002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4053  methionyl-tRNA formyltransferase  27.22 
 
 		 323 aa  52.4  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3852  methionyl-tRNA formyltransferase  26.83 
 
 		 320 aa  52  0.00003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3123  methionyl-tRNA formyltransferase  26.98 
 
 		 327 aa  52  0.00003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.760657  normal  0.204185 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2540  Enoyl-CoA hydratase/isomerase  25.9 
 
 		 263 aa  52.4  0.00003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.893236  normal  0.33655 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0094  methionyl-tRNA formyltransferase  27.31 
 
 		 320 aa  52  0.00003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0897  methionyl-tRNA formyltransferase  27.87 
 
 		 303 aa  52  0.00003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.861385  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5891  formyl transferase domain-containing protein  26.61 
 
 		 284 aa  52  0.00003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.487641  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0858  methionyl-tRNA formyltransferase  25.7 
 
 		 311 aa  52.4  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05310  enoyl-CoA hydratase/isomerase PhaB  26.79 
 
 		 261 aa  52  0.00003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.344632  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6043  enoyl-CoA hydratase/isomerase  26.67 
 
 		 258 aa  52  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0819  methionyl-tRNA formyltransferase  21.56 
 
 		 313 aa  51.6  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1953  methionyl-tRNA formyltransferase  27.21 
 
 		 319 aa  51.6  0.00004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1836  enoyl-CoA hydratase  23.27 
 
 		 270 aa  51.2  0.00004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.395714  normal  0.321075 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0721  enoyl-CoA hydratase  23.98 
 
 		 262 aa  51.2  0.00005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.834071  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0633  formyl transferase domain protein  31.25 
 
 		 312 aa  51.2  0.00005  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.353643  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1071  enoyl-CoA hydratase  23.11 
 
 		 262 aa  51.2  0.00005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1490  methionyl-tRNA formyltransferase  24.51 
 
 		 316 aa  51.2  0.00005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0972  methionyl-tRNA formyltransferase  25.14 
 
 		 314 aa  51.2  0.00005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.319816  normal  0.276171 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1505  methionyl-tRNA formyltransferase  26.19 
 
 		 302 aa  51.2  0.00005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.337969  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0351  methionyl-tRNA formyltransferase  26.18 
 
 		 322 aa  51.2  0.00005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.227981 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6485  methionyl-tRNA formyltransferase  24.43 
 
 		 315 aa  51.2  0.00005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.53373  normal  0.520037 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0831  methionyl-tRNA formyltransferase  27.45 
 
 		 327 aa  50.8  0.00006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0347  methionyl-tRNA formyltransferase  32.39 
 
 		 305 aa  50.8  0.00006  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.342124  normal  0.0280325 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>