More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_4168 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_4168  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  100 
 
 
400 aa  823    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2714  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  60.35 
 
 
396 aa  509  1e-143  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4084  putative L-carnitine dehydratase/bile acid- inducible protein F  58.84 
 
 
396 aa  474  1e-133  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0616  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  58.33 
 
 
396 aa  468  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0940525 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4190  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  56.53 
 
 
411 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0166968  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0627  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  54.33 
 
 
387 aa  425  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.260972 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2183  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  52.51 
 
 
385 aa  395  1e-109  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0194159  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6624  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  47.73 
 
 
404 aa  354  1e-96  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.951713 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4066  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  46.72 
 
 
409 aa  351  1e-95  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5074  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  44.75 
 
 
403 aa  316  6e-85  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.272365  normal  0.199707 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0206  Formyl-CoA transferase  36.78 
 
 
393 aa  257  2e-67  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.640391 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1835  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.53 
 
 
409 aa  256  7e-67  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1851  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  39.04 
 
 
404 aa  253  5.000000000000001e-66  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.990249  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_0642  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.53 
 
 
395 aa  251  1e-65  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.440176  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0849  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.92 
 
 
433 aa  251  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1814  CAIB/BAIF family protein  36.12 
 
 
544 aa  249  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  decreased coverage  0.00543882  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1386  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.98 
 
 
406 aa  250  4e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.331191  normal  0.197084 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0830  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.67 
 
 
406 aa  249  5e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0441069  normal  0.0516739 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1422  CAIB/BAIF family protein  36.12 
 
 
568 aa  249  6e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.498676  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0894  CAIB/BAIF family protein  36.12 
 
 
577 aa  249  6e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.846716  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3734  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.22 
 
 
411 aa  249  7e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3015  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.22 
 
 
411 aa  249  7e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.472695  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1635  CAIB/BAIF family protein  36.12 
 
 
406 aa  249  7e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0382163  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1658  CAIB/BAIF family protein  36.12 
 
 
406 aa  249  8e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0837995  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0456  CAIB/BAIF family protein  36.12 
 
 
406 aa  249  8e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.367298  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0704  CAIB/BAIF family protein  36.12 
 
 
406 aa  249  8e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.504433  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1907  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.3 
 
 
452 aa  248  1e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.323218 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3860  Formyl-CoA transferase  40.3 
 
 
396 aa  247  2e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0478269 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1408  Formyl-CoA transferase  35.48 
 
 
406 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0926  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.48 
 
 
406 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4552  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.73 
 
 
406 aa  246  4e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0839  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.12 
 
 
402 aa  246  4e-64  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00466449  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2590  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.5 
 
 
402 aa  246  4.9999999999999997e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.323692  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2825  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.14 
 
 
406 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0265401 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6417  Formyl-CoA transferase  35.34 
 
 
418 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.478883  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1285  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.73 
 
 
426 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2662  CAIB/BAIF family protein  35.87 
 
 
406 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.0000146578  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0558  Formyl-CoA transferase  39.2 
 
 
396 aa  244  3e-63  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6129  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.34 
 
 
418 aa  243  3e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1321  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.48 
 
 
406 aa  242  7e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.680046  normal  0.169906 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0057  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.28 
 
 
415 aa  242  7e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1310  Alpha-methylacyl-CoA racemase  34.89 
 
 
406 aa  241  2e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0473  CAIB/BAIF family protein  38.15 
 
 
401 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.471572  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0637  CAIB/BAIF family protein  38.15 
 
 
401 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0453  CAIB/BAIF family protein  38.15 
 
 
401 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2971  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.48 
 
 
419 aa  239  5e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.315436  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1398  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.75 
 
 
418 aa  239  5e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2408  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.19 
 
 
418 aa  239  5.999999999999999e-62  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0743  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.78 
 
 
406 aa  239  6.999999999999999e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.542273  normal  0.492598 
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3530  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.52 
 
 
415 aa  239  6.999999999999999e-62  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3874  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.48 
 
 
416 aa  238  1e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.535763  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2980  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.95 
 
 
418 aa  238  1e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0224  CAIB/BAIF family protein  34.15 
 
 
413 aa  238  2e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1614  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.4 
 
 
406 aa  238  2e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.553519 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0207  CAIB/BAIF family protein  34.15 
 
 
413 aa  238  2e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_10503  conserved hypothetical protein  34.13 
 
 
442 aa  236  4e-61  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0354311  normal  0.124736 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4310  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.98 
 
 
424 aa  236  4e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.201554 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3231  CAIB/BAIF family protein  37.91 
 
 
401 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1673  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.66 
 
 
406 aa  236  5.0000000000000005e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.147245  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0207  CAIB/BAIF family protein  37.91 
 
 
401 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.515803  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1385  CAIB/BAIF family protein  37.91 
 
 
401 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.408143  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2211  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.43 
 
 
426 aa  236  5.0000000000000005e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.859864 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2812  CAIB/BAIF family protein  37.91 
 
 
401 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0796  putative transmembrane protein  36.3 
 
 
420 aa  236  7e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006684  CNB03190  expressed protein  33.5 
 
 
450 aa  235  9e-61  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.0170398  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0813  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.03 
 
 
406 aa  235  9e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.279858  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1329  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.25 
 
 
423 aa  235  9e-61  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.94269  normal  0.646992 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0119  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.47 
 
 
413 aa  235  1.0000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391223  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2908  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.18 
 
 
411 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35571  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3546  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.2 
 
 
411 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.906288  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2142  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.28 
 
 
446 aa  235  1.0000000000000001e-60  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3187  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.09 
 
 
395 aa  234  2.0000000000000002e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5625  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.41 
 
 
415 aa  234  2.0000000000000002e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.344287  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1756  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  37.5 
 
 
403 aa  233  3e-60  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0218449 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2154  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.23 
 
 
413 aa  234  3e-60  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.575353  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7130  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.04 
 
 
434 aa  233  5e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0047  Formyl-CoA transferase  37.16 
 
 
412 aa  233  5e-60  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.386629  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0683  Formyl-CoA transferase  36.02 
 
 
416 aa  233  6e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.521571  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24920  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.63 
 
 
407 aa  233  7.000000000000001e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.534139  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0260  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.25 
 
 
392 aa  232  8.000000000000001e-60  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0702247 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0396  CAIB/BAIF family protein  36.68 
 
 
401 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2948  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.98 
 
 
416 aa  231  1e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5950  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.97 
 
 
386 aa  231  2e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.12278  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0289  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.12 
 
 
409 aa  231  2e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.158157  normal  0.780487 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5013  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.14 
 
 
406 aa  229  4e-59  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0417063  normal  0.0551154 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0176  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.4 
 
 
406 aa  230  4e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000247826  normal  0.235552 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1535  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.33 
 
 
412 aa  229  5e-59  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2914  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  36.05 
 
 
406 aa  229  7e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.508097  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5067  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.15 
 
 
406 aa  229  9e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000000803065  hitchhiker  0.00823437 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5106  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.55 
 
 
407 aa  228  1e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.912284  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0204  Alpha-methylacyl-CoA racemase  34.63 
 
 
435 aa  228  1e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0491396  normal  0.983612 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2751  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.18 
 
 
416 aa  228  2e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31729 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6256  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.68 
 
 
406 aa  227  3e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.326861  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4428  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  34.15 
 
 
407 aa  227  3e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000000922953  normal  0.414571 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0118  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  33.66 
 
 
406 aa  227  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000440239  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4099  acyl-CoA transferase/L-carnitine dehydratase CaiB  35.25 
 
 
411 aa  227  3e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0342589  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0039  Formyl-CoA transferase  36.41 
 
 
406 aa  226  4e-58  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2399  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  38.06 
 
 
389 aa  226  4e-58  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3791  L-carnitine dehydratase/bile acid-inducible protein F  35.05 
 
 
407 aa  226  4e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5109  putative L-carnitine dehydrogenase  34.72 
 
 
408 aa  226  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367445  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>