43 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1428 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1428  putative transport protein  100 
 
 		 339 aa  691    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0714  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  61.63 
 
 		 362 aa  435  1e-121  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.774309  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3408  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  57.59 
 
 		 360 aa  402  1e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2743  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  57.93 
 
 		 360 aa  403  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3488  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  60.06 
 
 		 352 aa  387  1e-106  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.162088  normal  0.490615 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1994  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  49.17 
 
 		 360 aa  298  1e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.316858  normal  0.644393 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1732  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  36.08 
 
 		 359 aa  231  1e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.21925 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0607  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.06 
 
 		 360 aa  171  1e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.866976 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4619  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  28.53 
 
 		 347 aa  154  2e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.491509  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0114  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.69 
 
 		 360 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.290706  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2569  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  30.89 
 
 		 341 aa  149  6e-35  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.504865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3153  TRAP transporter - DctP subunit  28.92 
 
 		 344 aa  147  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0556  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.56 
 
 		 351 aa  144  3e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2044  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.18 
 
 		 327 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.289699 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3427  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.59 
 
 		 328 aa  78.6  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.884957  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3098  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.17 
 
 		 327 aa  74.3  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.528068 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3453  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  24.17 
 
 		 327 aa  74.3  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.645275  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4928  hypothetical protein  21.72 
 
 		 333 aa  67.4  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.242757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5333  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  27.43 
 
 		 332 aa  63.2  0.000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2337  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  26.53 
 
 		 324 aa  61.6  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.981861 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0609  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.21 
 
 		 341 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.691763  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0050  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.01 
 
 		 333 aa  54.7  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.199103  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0034  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.36 
 
 		 341 aa  54.3  0.000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0570  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  22.94 
 
 		 338 aa  52.4  0.00001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1333  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  24.88 
 
 		 343 aa  52  0.00001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5036  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  21.94 
 
 		 341 aa  48.9  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1480  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.75 
 
 		 347 aa  47.8  0.0003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0992802  normal  0.257408 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2121  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  21.09 
 
 		 350 aa  47  0.0005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.536453  normal  0.433175 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3571  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  21.8 
 
 		 326 aa  47  0.0005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.303866 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3540  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25.22 
 
 		 372 aa  46.6  0.0006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.151055  normal  0.821812 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1026  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.4 
 
 		 329 aa  46.2  0.0007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.608774  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1883  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  27.07 
 
 		 315 aa  46.2  0.0008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6518  TRAP dicarboxylate transporter, DctP subunit  23.77 
 
 		 328 aa  45.8  0.001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.431737  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1774  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.66 
 
 		 317 aa  45.8  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0636175 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0116  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  23.33 
 
 		 350 aa  44.7  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0512  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  29.38 
 
 		 326 aa  45.1  0.002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3715  twin-arginine translocation pathway signal  19.68 
 
 		 337 aa  44.7  0.002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.000597887  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1377  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  21.21 
 
 		 325 aa  44.3  0.003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3157  TRAP transporter - DctP subunit  22.66 
 
 		 336 aa  43.5  0.005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0636  TRAP dicarboxylate family transporter DctP subunit  25.95 
 
 		 374 aa  43.5  0.005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0391566  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2483  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  21.21 
 
 		 325 aa  43.5  0.005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.0131179 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0356  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  19.31 
 
 		 325 aa  43.1  0.007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.547222  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0332  TRAP dicarboxylate transporter- DctP subunit  25 
 
 		 331 aa  42.7  0.01  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>