More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3046 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3046  histidine triad (HIT) protein  100 
 
 		 142 aa  289  7e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.422459 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2405  histidine triad (HIT) protein  89.93 
 
 		 142 aa  260  4.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.112602  normal  0.457991 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3549  histidine triad (HIT) protein  88.55 
 
 		 142 aa  243  9e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.276085  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3316  histidine triad (HIT) protein  82.86 
 
 		 142 aa  240  6e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.33287  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2451  histidine triad (HIT) protein  75.54 
 
 		 142 aa  224  3e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.94056  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4754  hypothetical protein  74.29 
 
 		 141 aa  202  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.419636  normal  0.737034 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2807  histidine triad (HIT) protein  71.53 
 
 		 145 aa  197  3e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2416  histidine triad (HIT) protein  66.9 
 
 		 146 aa  194  4.0000000000000005e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0525465  normal  0.0378675 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3136  histidine triad (HIT) protein  63.12 
 
 		 145 aa  177  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.186474  normal  0.519956 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1574  histidine triad (HIT) protein  55.8 
 
 		 141 aa  164  2.9999999999999998e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.650242  normal  0.227098 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3536  histidine triad (HIT) protein  67.15 
 
 		 144 aa  164  2.9999999999999998e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.806394 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1771  histidine triad (HIT) protein  56.2 
 
 		 143 aa  164  4e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0123943  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1168  HIT family protein  56.2 
 
 		 140 aa  164  5e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.247304  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1125  HIT family protein  55.47 
 
 		 140 aa  163  6.9999999999999995e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.20711  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2290  histidine triad (HIT) protein  56.83 
 
 		 139 aa  160  4.0000000000000004e-39  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.777464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2024  histidine triad (HIT) protein  55.88 
 
 		 140 aa  160  5.0000000000000005e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4689  histidine triad (HIT) protein  53.96 
 
 		 142 aa  156  8e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0956525  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4320  histidine triad (HIT) protein  53.96 
 
 		 142 aa  156  1e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0862778  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2926  histidine triad (HIT) protein  52.14 
 
 		 149 aa  155  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3753  histidine triad (HIT) protein  52.9 
 
 		 145 aa  155  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.052098 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4837  histidine triad (HIT) protein  52.52 
 
 		 140 aa  154  6e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0161096  normal  0.332557 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2534  HIT family protein  57.48 
 
 		 141 aa  148  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.91947  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2801  histidine triad (HIT) protein  53.62 
 
 		 139 aa  146  9e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.106273  normal  0.788809 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1120  histidine triad (HIT) protein  54.81 
 
 		 139 aa  145  2.0000000000000003e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.636565  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0579  histidine triad domain-containing protein  48.53 
 
 		 140 aa  144  4.0000000000000006e-34  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0235717  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4665  histidine triad (HIT) protein  53.28 
 
 		 146 aa  142  2e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0394805  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1376  histidine triad (HIT) protein  50.38 
 
 		 145 aa  142  2e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1666  histidine triad (HIT) protein  56.2 
 
 		 142 aa  142  2e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.225024  normal  0.108561 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0254  histidine triad (HIT) protein  49.64 
 
 		 145 aa  141  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4702  histidine triad (HIT) protein  52.55 
 
 		 144 aa  139  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00557305 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0746  histidine triad (HIT) protein  48.2 
 
 		 145 aa  136  8.999999999999999e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00337572 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1292  histidine triad (HIT) protein  47.79 
 
 		 145 aa  134  3.0000000000000003e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.268815  normal  0.885199 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0494  putative HIT-like protein  51.45 
 
 		 144 aa  134  5e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0211  histidine triad (HIT) protein  47.79 
 
 		 145 aa  132  9.999999999999999e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21440  putative HIT family protein  47.83 
 
 		 145 aa  129  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.117632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1829  putative HIT family protein  47.1 
 
 		 145 aa  128  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3139  histidine triad (HIT) protein  44.93 
 
 		 143 aa  124  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0448341 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1532  histidine triad (HIT) protein  47.1 
 
 		 145 aa  120  4e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.77898  normal  0.453293 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4014  histidine triad (HIT) protein  54.72 
 
 		 137 aa  121  4e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3327  histidine triad (HIT) protein  47.37 
 
 		 139 aa  119  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.036152 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3968  histidine triad (HIT) protein  45.45 
 
 		 141 aa  114  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4476  putative histidine triad (HIT) protein  44.7 
 
 		 141 aa  114  5e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000626279 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3878  histidine triad (HIT) protein  41.73 
 
 		 142 aa  111  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00000287053  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1302  histidine triad (HIT) protein  49.53 
 
 		 146 aa  110  6e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0206  histidine triad (HIT) protein  45.93 
 
 		 143 aa  109  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.577034 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5333  histidine triad (HIT) protein  45.86 
 
 		 139 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4791  histidine triad (HIT) protein  45.86 
 
 		 139 aa  108  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5415  histidine triad (HIT) protein  45.19 
 
 		 139 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.269942  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4823  histidine triad (HIT) protein  45.19 
 
 		 139 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.784878 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5446  histidine triad (HIT) protein  45.19 
 
 		 139 aa  108  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.311796 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1076  histidine triad (HIT) protein  49.53 
 
 		 146 aa  107  7.000000000000001e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.179252 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1579  HIT family protein  44.35 
 
 		 139 aa  103  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.380866  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0952  histidine triad (HIT) protein  46.73 
 
 		 143 aa  103  7e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000117681  hitchhiker  0.00115812 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1573  diadenosine tetraphosphate (Ap4A) hydrolase and other HIT family hydrolase  51.82 
 
 		 139 aa  103  7e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0788  histidine triad (HIT) protein  40.58 
 
 		 455 aa  102  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.864692  normal  0.369294 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1382  HIT family protein  44.25 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0207  HIT family protein  44.25 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2703  HIT family protein  44.25 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0979  HIT family protein  44.25 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.721312  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0238  HIT family protein  44.25 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0492  HIT family protein  44.25 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2559  HIT family protein  44.25 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.609142  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2539  histidine triad (HIT) protein  40.32 
 
 		 139 aa  97.1  7e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4498  histidine triad (HIT) protein  43.31 
 
 		 140 aa  97.1  8e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0781  histidine triad (HIT) protein  41.18 
 
 		 135 aa  96.7  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1561  histidine triad (HIT) protein  43.27 
 
 		 139 aa  96.3  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2145  histidine triad (HIT) protein  41.04 
 
 		 146 aa  95.5  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.538577  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2280  diadenosine tetraphosphate (Ap4A) hydrolase and other HIT family hydrolases  46.6 
 
 		 132 aa  95.9  2e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1925  histidine triad (HIT) protein  44.23 
 
 		 140 aa  95.1  3e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1891  histidine triad (HIT) protein  44.23 
 
 		 140 aa  95.1  3e-19  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.472953  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1373  HIT family protein  41.35 
 
 		 141 aa  94.4  4e-19  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00295303  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0814  histidine triad (HIT) protein  40.83 
 
 		 144 aa  94  6e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0370  HIT family protein  45.71 
 
 		 139 aa  94  7e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1461  histidine triad (HIT) protein  46.08 
 
 		 143 aa  94  7e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1212  HIT family protein  40.98 
 
 		 144 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1151  HIT family protein  40.98 
 
 		 165 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0978  HIT family protein  40.98 
 
 		 144 aa  92.8  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0966  HIT family protein  40.98 
 
 		 144 aa  92.8  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0957  HIT family protein  40.98 
 
 		 144 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1124  HIT family protein  40.98 
 
 		 144 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0006  histidine triad (HIT) protein  45.13 
 
 		 142 aa  93.2  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0070148  unclonable  0.000000000279381 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4221  HIT family protein  40.98 
 
 		 144 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.071329  normal  0.0179678 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1047  HIT family protein  40.98 
 
 		 144 aa  92.8  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1083  HIT family protein  40.98 
 
 		 144 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3642  histidine triad (HIT) protein  40.3 
 
 		 145 aa  91.7  3e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0807517  normal  0.0488836 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0075  histidine triad (HIT) protein  44.25 
 
 		 138 aa  91.3  4e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.850691  normal  0.167835 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0962  histidine triad (HIT) protein  40.98 
 
 		 144 aa  91.3  4e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1891  histidine triad (HIT) protein  37.31 
 
 		 137 aa  90.9  6e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3726  histidine triad (HIT) protein  40.71 
 
 		 138 aa  90.1  8e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0004  histidine triad (HIT) protein  37.04 
 
 		 149 aa  89.4  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0275782 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1376  histidine triad (HIT) protein  44.23 
 
 		 151 aa  88.2  3e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.341423  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1228  diadenosine tetraphosphate (Ap4A) hydrolase and other HIT family hydrolases  46.67 
 
 		 140 aa  88.2  4e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0892724  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2848  histidine triad (HIT) protein  40.38 
 
 		 136 aa  87.8  4e-17  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0644  histidine triad (HIT) protein  44.12 
 
 		 140 aa  87.8  5e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3592  histidine triad (HIT) protein  47.83 
 
 		 120 aa  86.3  1e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3108  histidine triad (HIT) protein  40 
 
 		 143 aa  86.7  1e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2454  histidine triad (HIT) protein  40 
 
 		 145 aa  86.3  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.832288  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2890  histidine triad (HIT) protein  36.15 
 
 		 139 aa  84.7  4e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2237  histidine triad (HIT) protein  37.5 
 
 		 138 aa  84.7  4e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3451  histidine triad (HIT) protein  36.96 
 
 		 149 aa  84.3  6e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.923698  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>