More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4571 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_4571  hydrogenase 4 subunit F  100 
 
 		 512 aa  1016    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2712  hydrogenase 4 subunit F  58.27 
 
 		 553 aa  538  9.999999999999999e-153  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1281  hydrogenase 4 subunit F  56.45 
 
 		 538 aa  524  1e-147  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0834276  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2188  hydrogenase 4 subunit F  55.3 
 
 		 495 aa  523  1e-147  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.593328 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00980  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  54.36 
 
 		 533 aa  524  1e-147  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.558351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3708  hydrogenase 4 subunit F  55.02 
 
 		 521 aa  519  1e-146  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.332962  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02378  NADH dehydrogenase subunit N  55.25 
 
 		 526 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1183  NADH dehydrogenase (quinone)  55.25 
 
 		 526 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02340  hypothetical protein  55.25 
 
 		 526 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2620  hydrogenase 4 subunit F  55.25 
 
 		 526 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1190  hydrogenase 4 subunit F  55.25 
 
 		 526 aa  516  1.0000000000000001e-145  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.647759 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2633  hydrogenase 4 subunit F  54.81 
 
 		 526 aa  509  1e-143  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2858  hydrogenase 4 subunit F  53.77 
 
 		 517 aa  498  1e-139  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1038  hydrogenase-4 component F  42.12 
 
 		 491 aa  361  2e-98  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000418597  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1865  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.67 
 
 		 489 aa  359  8e-98  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1911  hypothetical protein  40.44 
 
 		 493 aa  346  7e-94  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.262508  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1688  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  40.09 
 
 		 495 aa  333  4e-90  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.565022  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0128  hydrogenase-4 component F  37.88 
 
 		 491 aa  332  1e-89  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.223921  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0185  NADH dehydrogenase (quinone)  37.58 
 
 		 491 aa  320  3e-86  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0794  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  44.06 
 
 		 489 aa  320  3e-86  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4285  NADH dehydrogenase (quinone)  37.53 
 
 		 499 aa  315  1.9999999999999998e-84  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.14859  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1304  NADH dehydrogenase (quinone)  38.12 
 
 		 480 aa  311  2e-83  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4668  hydrogenase 4 subunit F  38.07 
 
 		 484 aa  308  1.0000000000000001e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.423781  normal  0.195535 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0326  hydrogenase 4 subunit F  41.62 
 
 		 486 aa  302  9e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0919  hydrogenase 4 subunit F  36.97 
 
 		 487 aa  302  1e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6068  hydrogenase 4 subunit F  39.46 
 
 		 486 aa  302  1e-80  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0822285  hitchhiker  0.00325517 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0176  hydrogenase 4 subunit F  41.42 
 
 		 486 aa  300  3e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.399009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2463  NADH dehydrogenase (quinone)  38.8 
 
 		 493 aa  299  7e-80  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.873938  normal  0.528975 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1264  hydrogenase 4 subunit F  41.57 
 
 		 463 aa  299  8e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.218764  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0932  hydrogenase 4 subunit F  37.89 
 
 		 483 aa  299  8e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.187708  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0108  hydrogenase 4 subunit F  41.57 
 
 		 486 aa  299  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1529  hydrogenase 4 subunit F  41.57 
 
 		 486 aa  299  1e-79  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1614  hydrogenase 4 subunit F  41.57 
 
 		 486 aa  299  1e-79  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3289  hydrogenase 4 subunit F  40 
 
 		 484 aa  298  2e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.612532  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1263  hydrogenase 4 subunit F  38.28 
 
 		 483 aa  293  4e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0336263 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1139  hydrogenase 4 subunit F  36.09 
 
 		 488 aa  291  1e-77  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0485021  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3852  hydrogenase 4 subunit F  35.95 
 
 		 483 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0294681  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0169  hydrogenase 4 subunit F  36.21 
 
 		 486 aa  284  3.0000000000000004e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.20751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2477  hydrogenase 4 subunit F  37.14 
 
 		 481 aa  276  9e-73  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.638656 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1399  hydrogenase 4 subunit F  37.23 
 
 		 482 aa  274  2.0000000000000002e-72  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0700  NADH dehydrogenase (quinone)  38.4 
 
 		 484 aa  275  2.0000000000000002e-72  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.452975  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1810  hydrogenase 4 subunit F  37.27 
 
 		 484 aa  270  7e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.727571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2152  hydrogenase 4 subunit F  37.27 
 
 		 484 aa  270  7e-71  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.915264  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0775  NADH dehydrogenase (quinone)  37.53 
 
 		 497 aa  263  4e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.485892  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0889  NADH dehydrogenase (quinone)  34.15 
 
 		 477 aa  261  2e-68  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0320  NADH dehydrogenase (quinone)  39.72 
 
 		 531 aa  260  4e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2988  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.7 
 
 		 537 aa  259  8e-68  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0307877  hitchhiker  0.00569852 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0940  NADH dehydrogenase (quinone)  32.14 
 
 		 470 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0548909  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1072  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.72 
 
 		 477 aa  244  1.9999999999999999e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  3.41725e-34 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3189  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.72 
 
 		 477 aa  244  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.176155  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10087  hydrogenase hycQ  40.53 
 
 		 488 aa  234  3e-60  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000000498381  normal  0.186315 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0605  NADH dehydrogenase (quinone)  35.18 
 
 		 506 aa  233  9e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  35.47 
 
 		 492 aa  231  3e-59  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0374875  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0729  NADH dehydrogenase (quinone)  35.87 
 
 		 512 aa  229  1e-58  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0359188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0339  NADH dehydrogenase (quinone)  33.87 
 
 		 477 aa  228  1e-58  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.466096  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2598  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  33.02 
 
 		 478 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3658  NADH dehydrogenase (quinone)  33.81 
 
 		 476 aa  221  1.9999999999999999e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3799  NADH dehydrogenase (quinone)  33.57 
 
 		 476 aa  221  3e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.495272  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3716  NADH dehydrogenase (quinone)  33.57 
 
 		 476 aa  221  3e-56  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0275464  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0742  NAD-dependent dehydrogenase subunit  33.79 
 
 		 478 aa  220  5e-56  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3431  hypothetical protein  38.94 
 
 		 483 aa  218  2e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.677661  normal  1 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3216  Hydrogenase 4 membrane component (E)  38.94 
 
 		 483 aa  218  2e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.492531  normal  0.0423716 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4466  NADH dehydrogenase (quinone)  34.98 
 
 		 428 aa  217  4e-55  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0372  NADH/ubiquinone/plastoquinone (complex I)  32.79 
 
 		 477 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.330111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2555  NADH dehydrogenase (quinone)  30.86 
 
 		 479 aa  204  4e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3784  NADH dehydrogenase (quinone)  35.56 
 
 		 477 aa  203  6e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.688785  normal  0.510826 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4706  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  45.55 
 
 		 572 aa  197  5.000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1994  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.97 
 
 		 440 aa  195  1e-48  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1124  hydrogenase membrane subunit  33.43 
 
 		 494 aa  189  9e-47  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.113605  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0135  putative monovalent cation/H+ antiporter subunit D  31.22 
 
 		 513 aa  187  3e-46  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.501467  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1572  hydrogenase membrane subunit  29.58 
 
 		 460 aa  187  5e-46  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1450  hydrogenase subunit, NADH dehydrogenase subunit N-like protein  31.66 
 
 		 499 aa  184  3e-45  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1318  hydrogenase membrane subunit  31.95 
 
 		 493 aa  183  7e-45  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0734  NAD-dependent dehydrogenase subunit  33.78 
 
 		 668 aa  182  2e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0393018  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3712  NADH dehydrogenase (quinone)  37.05 
 
 		 666 aa  181  2e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.753561  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3795  NADH dehydrogenase (quinone)  36.49 
 
 		 666 aa  181  4e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.789396  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4575  hydrogenase 4 subunit B  34.6 
 
 		 671 aa  181  4e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0791  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  34.16 
 
 		 661 aa  179  1e-43  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2456  NADH dehydrogenase (quinone)  35.67 
 
 		 662 aa  178  2e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192367  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3781  NADH dehydrogenase (quinone)  35.31 
 
 		 654 aa  175  9.999999999999999e-43  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0217094  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0107  NADH dehydrogenase (quinone)  29.18 
 
 		 500 aa  176  9.999999999999999e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000000249004 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1428  hydrogenase 4 subunit F  33.25 
 
 		 431 aa  175  1.9999999999999998e-42  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.289915  normal  0.541686 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0703  NADH dehydrogenase (quinone)  30.34 
 
 		 662 aa  175  1.9999999999999998e-42  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.20305  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4066  NADH dehydrogenase (quinone)  32.06 
 
 		 669 aa  174  2.9999999999999996e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0619804  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2621  NADH dehydrogenase (quinone)  30.17 
 
 		 478 aa  174  3.9999999999999995e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.773397  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0188  NADH dehydrogenase (quinone)  32.75 
 
 		 737 aa  173  5.999999999999999e-42  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0132  hydrogenase 4 membrane subunit  32.51 
 
 		 650 aa  171  2e-41  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.167866  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0315  NADH dehydrogenase (quinone)  32.95 
 
 		 674 aa  170  4e-41  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.39787  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1142  hydrogenase 4 subunit B  34.99 
 
 		 748 aa  169  1e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.239539  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3654  NADH dehydrogenase (quinone)  35.38 
 
 		 665 aa  169  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2616  NADH dehydrogenase (quinone)  32.96 
 
 		 577 aa  168  2e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00940  formate hydrogenlyase subunit 3/multisubunit Na+/H+ antiporter, MnhD subunit  34.16 
 
 		 672 aa  168  2e-40  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1819  hydrogenase membrane subunit  31.33 
 
 		 489 aa  168  2e-40  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00530932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0179  hydrogenase 4 subunit B  35.04 
 
 		 669 aa  167  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.987712  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3197  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  39.15 
 
 		 666 aa  166  6.9999999999999995e-40  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0589  NADH dehydrogenase (quinone)  30.56 
 
 		 473 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1065  NADH/Ubiquinone/plastoquinone (complex I)  38.79 
 
 		 666 aa  166  1.0000000000000001e-39  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.82932e-25 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0892  NADH dehydrogenase (quinone)  29.53 
 
 		 669 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0739  NAD-dependent dehydrogenase subunit  35.47 
 
 		 661 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188084  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0929  hydrogenase 4 subunit B  31.34 
 
 		 687 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>