53 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1757 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1757  DNA polymerase, beta-like region  100 
 
 		 104 aa  206  9e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.511346  normal  0.1342 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3539  DNA polymerase, beta-like region  59.62 
 
 		 104 aa  124  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.418484  normal  0.469828 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1926  DNA polymerase, beta-like region  47.12 
 
 		 104 aa  86.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.327788  normal  0.570166 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1733  DNA polymerase beta domain protein region  36.67 
 
 		 98 aa  55.8  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.3433 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0845  DNA polymerase beta subunit  37.78 
 
 		 96 aa  53.9  0.0000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.406591  normal  0.358781 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2017  DNA polymerase beta domain protein region  41.33 
 
 		 103 aa  52.4  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.538218  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0279  DNA polymerase beta domain protein region  34.78 
 
 		 115 aa  50.8  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.155068  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0273  DNA polymerase, beta-like region  33.33 
 
 		 98 aa  49.7  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.288603 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0547  DNA polymerase beta subunit  31.11 
 
 		 100 aa  47.8  0.00005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.790238  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3786  DNA polymerase beta domain protein region  38.78 
 
 		 97 aa  47.4  0.00007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.123289  normal  0.700807 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1148  DNA polymerase beta subunit  31.07 
 
 		 115 aa  46.2  0.0001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3117  DNA polymerase beta subunit  31.31 
 
 		 110 aa  46.2  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0444  nucleotidyltransferase  26.32 
 
 		 98 aa  45.8  0.0002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.190147  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1803  DNA polymerase beta domain protein region  30.95 
 
 		 96 aa  46.2  0.0002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2704  DNA polymerase beta domain-containing protein region  33.68 
 
 		 95 aa  45.4  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.272306 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1178  DNA polymerase beta subunit  44.68 
 
 		 98 aa  45.4  0.0003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.448012  normal  0.179286 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0410  DNA polymerase beta domain protein region  34.65 
 
 		 99 aa  44.7  0.0004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0377934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0943  DNA polymerase beta subunit  31.51 
 
 		 97 aa  45.1  0.0004  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.744259 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0357  DNA polymerase beta subunit  35.44 
 
 		 101 aa  44.3  0.0005  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0316504 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2757  nucleotidyltransferase family protein  25.64 
 
 		 102 aa  44.7  0.0005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0374  DNA polymerase beta subunit  28.26 
 
 		 108 aa  44.3  0.0005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.509035  normal  0.373075 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0900  DNA polymerase beta subunit  32.56 
 
 		 103 aa  43.9  0.0008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000013918 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1228  DNA polymerase beta subunit  34.67 
 
 		 97 aa  43.9  0.0008  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0374  DNA polymerase, beta-like region  55.26 
 
 		 121 aa  43.9  0.0008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2209  DNA polymerase beta domain protein region  33.33 
 
 		 113 aa  43.5  0.001  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0548  DNA polymerase beta domain protein region  41.89 
 
 		 102 aa  43.5  0.001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0506  DNA polymerase beta subunit  28.05 
 
 		 96 aa  43.1  0.001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0844  DNA polymerase beta subunit  31.87 
 
 		 116 aa  43.5  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.909458  normal  0.0926269 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0927  hypothetical protein  32.63 
 
 		 109 aa  43.1  0.001  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  0.430224  normal  0.445553 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3147  DNA polymerase beta domain protein region  37.84 
 
 		 96 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.949814 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3039  DNA polymerase beta domain protein region  36.25 
 
 		 99 aa  43.1  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011738  PCC7424_5818  DNA polymerase beta domain protein region  27.37 
 
 		 96 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1295  DNA polymerase beta domain protein region  31.94 
 
 		 99 aa  41.6  0.003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.599396  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1241  DNA polymerase beta domain-containing protein region  42 
 
 		 101 aa  42  0.003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.282265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2359  DNA polymerase beta domain protein region  34.07 
 
 		 100 aa  41.6  0.003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3618  DNA polymerase beta domain protein region  34.21 
 
 		 96 aa  41.6  0.003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2672  DNA polymerase, beta-like region  29.59 
 
 		 96 aa  41.6  0.003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.836328  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0587  DNA polymerase, beta-like region  43.18 
 
 		 76 aa  41.6  0.003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.204552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3303  DNA polymerase beta domain protein region  48.08 
 
 		 114 aa  42  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.433068 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2529  DNA polymerase beta subunit  34.78 
 
 		 104 aa  42  0.003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0400211 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1784  nucleotidyltransferase  47.5 
 
 		 97 aa  41.2  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0867  DNA polymerase beta domain protein region  25.61 
 
 		 96 aa  41.6  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0088  DNA polymerase beta subunit  33.72 
 
 		 103 aa  41.6  0.004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0340868 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2453  DNA polymerase beta subunit  62.96 
 
 		 100 aa  41.6  0.004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00090311  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1203  DNA polymerase, beta-like region  44.23 
 
 		 96 aa  41.6  0.004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.229672  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2705  DNA polymerase, beta-like region  28.09 
 
 		 102 aa  41.2  0.005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.569902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3538  DNA polymerase beta subunit  31.46 
 
 		 98 aa  41.2  0.005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.114192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3041  DNA polymerase beta subunit  34.62 
 
 		 116 aa  40.8  0.006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2025  DNA polymerase beta domain protein region  33.85 
 
 		 82 aa  40.4  0.009  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0505934  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0348  DNA polymerase beta subunit  42.59 
 
 		 94 aa  40.4  0.009  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1851  DNA polymerase beta domain protein region  31.33 
 
 		 96 aa  40  0.01  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0506  DNA polymerase beta subunit  40.28 
 
 		 121 aa  40  0.01  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  hitchhiker  0.00399144 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1877  DNA polymerase beta domain protein region  31.33 
 
 		 96 aa  40  0.01  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>