45 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1581 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1581  hypothetical protein  100 
 
 		 94 aa  189  1e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.89904  normal  0.044481 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3970  transcriptional regulator  81.94 
 
 		 72 aa  119  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1109  transcriptional regulator, XRE family  58.06 
 
 		 93 aa  111  4.0000000000000004e-24  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2102  hypothetical protein  53.76 
 
 		 93 aa  107  6e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4348  hypothetical protein  53.76 
 
 		 93 aa  105  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.229274  normal  0.60758 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0182  transcriptional regulator, XRE family  55.81 
 
 		 89 aa  103  6e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1199  XRE family transcriptional regulator  56.18 
 
 		 93 aa  103  6e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0441621  normal  0.644581 
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3517  XRE family transcriptional regulator  52.69 
 
 		 93 aa  103  7e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0745  XRE family transcriptional regulator  55.06 
 
 		 93 aa  103  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.442536  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1226  XRE family transcriptional regulator  55.06 
 
 		 93 aa  103  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.665684  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3840  hypothetical protein  52.81 
 
 		 93 aa  102  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.12776  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4335  XRE family transcriptional regulator  53.93 
 
 		 93 aa  102  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.827532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3475  hypothetical protein  56.63 
 
 		 103 aa  102  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0241764  normal  0.020416 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0118  XRE family transcriptional regulator  51.06 
 
 		 94 aa  101  3e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1109  XRE family transcriptional regulator  51.61 
 
 		 93 aa  100  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.814199  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1039  hypothetical protein  49.46 
 
 		 93 aa  100  7e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004632  PSPTO_B0026  hypothetical protein  54.95 
 
 		 95 aa  97.8  4e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.0000862843  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1024  XRE family transcriptional regulator  51.81 
 
 		 93 aa  90.5  7e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27820  hypothetical protein  52.33 
 
 		 95 aa  88.2  3e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0997  putative DNA-binding protein  43.02 
 
 		 96 aa  81.3  0.000000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3000  putative DNA-binding protein  43.02 
 
 		 96 aa  81.6  0.000000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.214867 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0549  transcriptional regulator, XRE family  42.86 
 
 		 94 aa  71.6  0.000000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1558  hypothetical protein  40.96 
 
 		 95 aa  65.5  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00101581 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1358  helix-turn-helix domain-containing protein  44.32 
 
 		 94 aa  64.3  0.0000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5524  helix-turn-helix domain-containing protein  43.42 
 
 		 92 aa  62  0.000000002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.280888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1130  transcriptional regulator, XRE family  39.47 
 
 		 109 aa  57.8  0.00000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2999  XRE family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 111 aa  56.2  0.0000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.749674 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0402  hypothetical protein  36.96 
 
 		 93 aa  52.8  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.782427  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1141  hypothetical protein  36.96 
 
 		 93 aa  52.8  0.000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.328884  n/a   
 
 
-
 
NC_007615  Nmul_B2804  XRE family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 117 aa  50.8  0.000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0276  Cro/CI family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 107 aa  50.4  0.000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000123998 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0293  hypothetical protein  37.33 
 
 		 107 aa  50.4  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.000404115  normal  0.251611 
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6394  XRE family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 112 aa  49.7  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4303  XRE family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 106 aa  47.4  0.00007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.958774 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1887  hypothetical protein  50 
 
 		 95 aa  47  0.00008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2770  transcriptional regulator, XRE family  33.8 
 
 		 115 aa  47  0.00008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2814  XRE family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 113 aa  47  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.500947  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2858  XRE family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 111 aa  45.8  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.699702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0766  transcriptional regulator, XRE family  36.36 
 
 		 111 aa  42.7  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.135908  normal  0.0218259 
 
 
-
 
NC_002978  WD1304  hypothetical protein  38 
 
 		 98 aa  43.5  0.001  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0120517  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3745  XRE family transcriptional regulator  32 
 
 		 106 aa  43.5  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0603031  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3587  XRE family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 105 aa  42.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.400871  normal  0.443277 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4385  hypothetical protein  29.67 
 
 		 112 aa  42.4  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4450  XRE family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 119 aa  42  0.003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0483  transcriptional regulator, XRE family  34.55 
 
 		 105 aa  40  0.01  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>