More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0633 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0633  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 323 aa  669    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1369  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 302 aa  275  9e-73  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  29.9 
 
 		 301 aa  115  7.999999999999999e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 292 aa  113  6e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  27.95 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  27.95 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6562  transcriptional regulator, LysR family  30.4 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  27.95 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 299 aa  110  5e-23  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  27.95 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 299 aa  110  5e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  27.95 
 
 		 301 aa  109  5e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4972  transcriptional regulator, LysR family  30.4 
 
 		 296 aa  109  8.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5919  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7050  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5722  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.437697  normal  0.903757 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7065  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000862794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2803  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.765199 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6244  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.235646  normal  0.352956 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4970  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 296 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0640  LysR family transcriptional regulator  26.07 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.404969  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2876  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.692087 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4467  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0400691 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 296 aa  103  5e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3010  LysR family transcriptional regulator  25.8 
 
 		 309 aa  103  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.450342  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 303 aa  103  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 295 aa  103  6e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 299 aa  103  6e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7124  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 288 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.281926  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 299 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0037  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.279269  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3285  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840822 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0038  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.744574 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2220  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 317 aa  100  2e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.24118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  24.64 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 297 aa  101  2e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 289 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2053  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 323 aa  100  3e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.79519  normal  0.0937075 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0989  transcriptional regulator, LysR family  27.67 
 
 		 321 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3633  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 328 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 307 aa  100  4e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  30.12 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1491  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 308 aa  100  4e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00327558 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  26.96 
 
 		 298 aa  99.8  5e-20  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0927  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 302 aa  100  5e-20  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5792  LysR family transcriptional regulator  26.37 
 
 		 304 aa  99.4  8e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.316053 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  29.65 
 
 		 305 aa  99.4  8e-20  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08550  Transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 307 aa  98.6  1e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.763554  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0186  transcriptional regulator, LysR family  25.42 
 
 		 302 aa  98.6  1e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925738  normal  0.858916 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  24.64 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 296 aa  98.2  2e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2215  transcriptional regulator, LysR family  25.32 
 
 		 314 aa  97.8  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6430  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00632877  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1388  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.813724 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2909  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 299 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0304015  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4632  LysR family transcriptional regulator  25.35 
 
 		 301 aa  97.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 305 aa  97.4  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1850  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 328 aa  97.1  4e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2461  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 328 aa  97.1  4e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2411  transcription regulator protein  26.3 
 
 		 311 aa  96.7  5e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 300 aa  96.7  5e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4367  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 300 aa  96.7  5e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2713  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.03 
 
 		 299 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.565858  normal  0.203644 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0242  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 312 aa  96.3  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 323 aa  96.3  6e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 300 aa  95.9  8e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 300 aa  95.9  8e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2466  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 304 aa  95.9  9e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.708031  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 300 aa  95.9  9e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1342  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318091  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 296 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 301 aa  95.1  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  29.69 
 
 		 319 aa  95.1  2e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5585  LysR family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 298 aa  94  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.462735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 306 aa  94.4  3e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  24.64 
 
 		 300 aa  94  3e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 300 aa  93.6  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1334  LysR substrate-binding  25.69 
 
 		 307 aa  93.6  4e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.622556  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2782  LysR family regulatory protein  29.72 
 
 		 300 aa  93.6  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.105762  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 300 aa  93.6  4e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 300 aa  93.6  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3053  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 300 aa  93.6  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2649  transcriptional regulator  29.72 
 
 		 300 aa  93.2  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2333  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  25.08 
 
 		 315 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0128681  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0678  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  25.08 
 
 		 315 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0828  isoleucine biosynthesis transcriptional activator  25 
 
 		 320 aa  93.2  5e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.767447  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1646  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  25.08 
 
 		 315 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.636647  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2510  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 305 aa  93.2  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2953  isoleucine biosynthesis transcriptional activator IlvR  25.08 
 
 		 329 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0041469  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2704  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 300 aa  92.8  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.995424  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 297 aa  93.2  6e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2378  LysR family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 305 aa  93.2  6e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>