29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_0262 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_0262  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  100 
 
 		 356 aa  709    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.551599 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0460  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  59.64 
 
 		 330 aa  309  4e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.673068  normal  0.054153 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0298  AppA/PpaA family photosynthesis gene regulator  59.32 
 
 		 271 aa  300  3e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.752873  normal  0.0781845 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0261  cobalamin B12-binding  60.54 
 
 		 263 aa  294  2e-78  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.667816  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5363  cobalamin B12-binding domain protein  34.03 
 
 		 295 aa  119  9e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.222451 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5285  cobalamin B12-binding  35.32 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.109441  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4818  cobalamin B12-binding  33.98 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0282742 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3983  cobalamin B12-binding  33.96 
 
 		 297 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.110014 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1311  cobalamin B12-binding  31.65 
 
 		 289 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.650213 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3716  cobalamin B12-binding domain-containing protein  33.03 
 
 		 288 aa  97.4  3e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.103124  hitchhiker  0.00389814 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3738  cobalamin B12-binding  33.8 
 
 		 295 aa  96.3  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0514741  hitchhiker  0.000397426 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1850  cobalamin B12-binding  37 
 
 		 296 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.52494  decreased coverage  0.0003313 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2044  cobalamin B12-binding domain protein  31.5 
 
 		 322 aa  90.5  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.10014 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6022  cobalamin B12-binding domain-containing protein  35.02 
 
 		 277 aa  87  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0324177 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6420  regulatory protein  27.35 
 
 		 298 aa  75.1  0.000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1728  cobalamin B12-binding domain protein  26.7 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0216  BLUF domain-containing protein  31.37 
 
 		 450 aa  60.1  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.811903 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1565  AppA, antirepressor of ppsR, sensor of blue light  31.86 
 
 		 450 aa  60.1  0.00000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.935845  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0283  regulatory protein, PpaA  30.3 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1926  regulatory protein, PpaA  30.3 
 
 		 264 aa  57.8  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.120829  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1691  cobalamin B12-binding domain protein  26.82 
 
 		 339 aa  54.3  0.000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1012  hypothetical protein  29.86 
 
 		 264 aa  52.4  0.00001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.196358  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2473  cobalamin B12-binding domain-containing protein  25.6 
 
 		 398 aa  49.3  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000169304 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0678  hypothetical protein  21.55 
 
 		 281 aa  48.1  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3045  BLUF domain-containing protein  29.76 
 
 		 448 aa  47.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2387  B12-binding domain-containing protein  25.68 
 
 		 226 aa  47.8  0.0003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.543009  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0776  cobalamin B12-binding domain protein  28.32 
 
 		 261 aa  47  0.0006  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.184756 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3532  regulatory protein PpaA  28.22 
 
 		 286 aa  45.4  0.001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.359008 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1484  transcriptional regulator, MerR family  26.88 
 
 		 293 aa  43.5  0.006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0787562  hitchhiker  0.0000374152 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>