More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3488 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_3488  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 292 aa  572  1.0000000000000001e-162  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0702962  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2250  LysR family transcriptional regulator  96.92 
 
 		 292 aa  555  1e-157  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.75776  normal  0.514799 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1881  LysR family transcriptional regulator  94.85 
 
 		 292 aa  544  1e-154  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.407477  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1724  LysR family transcriptional regulator  87.29 
 
 		 292 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.251879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28420  LysR family transcriptional regulator  65.98 
 
 		 295 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000459447 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2479  putative transcriptional regulator  66.32 
 
 		 295 aa  366  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1349  LysR family transcriptional regulator  59.25 
 
 		 297 aa  343  2e-93  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000462626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4338  LysR family transcriptional regulator  60 
 
 		 290 aa  342  4e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0169  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 309 aa  266  2.9999999999999995e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0195  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 323 aa  254  8e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0137  LysR family transcriptional regulator  48.31 
 
 		 307 aa  246  3e-64  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0155  transcriptional regulator, LysR family  48.31 
 
 		 307 aa  245  6e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0402  LysR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 295 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4291  transcriptional regulator, LysR family  50.9 
 
 		 295 aa  236  4e-61  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.70034 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0216  LysR family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 303 aa  235  8e-61  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3381  LysR family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 296 aa  223  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3018  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 296 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.402662  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5348  LysR family transcriptional regulator  42.36 
 
 		 296 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0816999  normal  0.420046 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0300  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 296 aa  216  4e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4922  LysR family transcriptional regulator  42.01 
 
 		 296 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4696  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 296 aa  216  5e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.580635  normal  0.281368 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5227  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 296 aa  215  9e-55  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3727  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.837668  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4156  LysR family transcriptional regulator  45.07 
 
 		 301 aa  210  2e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1712  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 301 aa  208  7e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2728  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 304 aa  135  8e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.159737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5842  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.328842  hitchhiker  0.000251126 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5095  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1164  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0161  putative transcriptional regulator  32.22 
 
 		 297 aa  118  9.999999999999999e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0599648  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0510  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.143381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1136  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 292 aa  116  6e-25  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003833  putative transcriptional regulator  31.71 
 
 		 292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1604  transcriptional regulator, LysR family  30.38 
 
 		 322 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.709865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1037  LysR substrate-binding  31.03 
 
 		 302 aa  112  6e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.170285 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0612  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.341398  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2058  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.154037  normal  0.839188 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01849  transcriptional regulator  29.31 
 
 		 290 aa  110  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1428  transcriptional regulator, LysR family  29.27 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.498428 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3742  putative transcriptional regulator  30.69 
 
 		 292 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0567  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 326 aa  109  6e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0421  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 291 aa  108  9.000000000000001e-23  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5724  putative transcriptional regulator  32.99 
 
 		 294 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0141  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 305 aa  107  2e-22  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4433  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 297 aa  106  5e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3204  transcriptional regulator, LysR family  31.42 
 
 		 307 aa  105  9e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.340375 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3588  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 292 aa  105  9e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65970  putative transcriptional regulator  32.53 
 
 		 294 aa  104  1e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.238647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4052  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4390  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.262876 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3184  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1185  transcriptional regulator, LysR family  27.93 
 
 		 295 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0489  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.013623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0716  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 294 aa  102  7e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1825  transcriptional regulator, LysR family protein  30.23 
 
 		 315 aa  102  9e-21  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.401328  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3327  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3183  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3141  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 296 aa  100  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4929  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 301 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.377271  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0537  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 296 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.84391  normal  0.0745135 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4801  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 296 aa  100  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0716178  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4978  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 297 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.403345  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1639  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 309 aa  97.1  3e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.286177  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3257  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 288 aa  95.9  6e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.000024832  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3489  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 291 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3337  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 301 aa  95.9  7e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0302  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 297 aa  95.5  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1769  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 299 aa  94.4  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1149  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 291 aa  94.4  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.229306  normal  0.0812943 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1136  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.890486  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5292  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 306 aa  93.6  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.469353  normal  0.585021 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2672  LysR family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 306 aa  93.6  3e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3742  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 301 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.927612  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1342  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 292 aa  92.8  5e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00332672  hitchhiker  0.00012242 
 
 
-
 
NC_003296  RS04791  putative transcription regulator protein  29.96 
 
 		 294 aa  92.4  7e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.781761  normal  0.0562945 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0355  transcriptional regulator, LysR family  23.71 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1996  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1677  LysR substrate-binding  29.15 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4116  transcriptional regulator, LysR family  28.27 
 
 		 294 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1734  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 341 aa  90.9  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.614615  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4003  transcriptional regulator, LysR family  28.27 
 
 		 294 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.684934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4563  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 303 aa  91.3  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.500086 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2378  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 294 aa  90.9  3e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5696  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 294 aa  90.5  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.542935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1422  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 295 aa  90.5  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.295916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1293  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 297 aa  90.5  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.585298  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2324  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 306 aa  90.1  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0504  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 302 aa  89.4  6e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1745  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 294 aa  89.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2357  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 294 aa  89.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0922  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 294 aa  89  8e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.534573  normal  0.0707168 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0943  LysR family transcriptional regulator  30.32 
 
 		 294 aa  89  9e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.167297  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4296  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 304 aa  89  9e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0279336 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1223  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 320 aa  89  9e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1222  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 297 aa  89  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.907683  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1907  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 298 aa  88.2  2e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2045  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.815295 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3172  transcriptional regulator, LysR family  26.22 
 
 		 287 aa  87.8  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2393  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 294 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1726  LysR substrate-binding  27.74 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.127689  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>