More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2498 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2498  lysine exporter protein LysE/YggA  100 
 
 		 199 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0255081  normal  0.604958 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2325  lysine exporter protein LysE/YggA  90.67 
 
 		 215 aa  308  5e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3438  lysine exporter protein LysE/YggA  88.6 
 
 		 193 aa  301  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.496079 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2435  lysine exporter protein LysE/YggA  80.83 
 
 		 193 aa  298  5e-80  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1731  lysine exporter protein LysE/YggA  59.07 
 
 		 195 aa  210  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4317  lysine exporter protein LysE/YggA  59.07 
 
 		 195 aa  209  3e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.381114  normal  0.394785 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2164  lysine exporter protein LysE/YggA  61.34 
 
 		 195 aa  209  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3236  lysine exporter protein LysE/YggA  58.03 
 
 		 195 aa  204  9e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.748057 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4085  lysine exporter protein LysE/YggA  58.03 
 
 		 195 aa  202  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4281  lysine exporter protein LysE/YggA  58.03 
 
 		 195 aa  202  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.690743 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0034  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  57.54 
 
 		 195 aa  193  2e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1690  LysE family protein, putative  54.79 
 
 		 204 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1384  lysine exporter protein LysE/YggA  56.42 
 
 		 197 aa  187  9e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4184  lysine exporter protein LysE/YggA  58 
 
 		 201 aa  184  7e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.161304  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3854  lysine exporter protein LysE/YggA  50.77 
 
 		 197 aa  183  1.0000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3706  lysine exporter protein LysE/YggA  57.5 
 
 		 201 aa  183  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2504  efflux protein, LysE family  54.26 
 
 		 188 aa  179  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3087  amino acid transporter LysE  39.9 
 
 		 197 aa  145  5e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0525749  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0944  amino acid transporter LysE  40.93 
 
 		 203 aa  141  7e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2677  lysine exporter protein LysE/YggA  40.74 
 
 		 203 aa  139  3e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10300  putative efflux protein  39.9 
 
 		 203 aa  137  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0350881  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1213  transporter, LysE family  39.49 
 
 		 200 aa  130  1.0000000000000001e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1354  lysine exporter protein LysE/YggA  30.5 
 
 		 201 aa  124  8.000000000000001e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1365  lysine exporter protein LysE/YggA  36.79 
 
 		 207 aa  123  2e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1429  lysine exporter protein LysE/YggA  31.79 
 
 		 197 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2451  lysine exporter protein LysE/YggA  35.32 
 
 		 209 aa  120  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1493  lysine exporter protein (LysE/YggA)  31.28 
 
 		 197 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0246544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1560  lysine exporter protein LysE/YggA  31.79 
 
 		 197 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.505926  normal  0.722057 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2742  lysine exporter protein LysE/YggA  31.28 
 
 		 197 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.13725  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2567  lysine exporter protein LysE/YggA  31.28 
 
 		 197 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2634  lysine exporter protein LysE/YggA  31.28 
 
 		 197 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0643719  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1527  lysine exporter protein LysE/YggA  31.79 
 
 		 197 aa  119  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0050843  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1531  lysine exporter protein LysE/YggA  31.79 
 
 		 197 aa  119  3e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2824  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.79 
 
 		 197 aa  119  3e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00830664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3234  lysine exporter protein LysE/YggA  35.68 
 
 		 202 aa  119  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2541  lysine exporter protein LysE/YggA  36.27 
 
 		 209 aa  119  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00836946 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1716  amino acid transporter LysE  31.28 
 
 		 197 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0501  lysine exporter protein LysE/YggA  35 
 
 		 197 aa  118  7e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2232  lysine exporter protein LysE/YggA  31.79 
 
 		 197 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.888389  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34800  amino acid transporter LysE  35.05 
 
 		 205 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000662816  hitchhiker  0.00481563 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2949  lysine exporter protein LysE/YggA  40 
 
 		 208 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3162  lysine exporter protein LysE/YggA  36.27 
 
 		 201 aa  116  1.9999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2947  hypothetical protein  34.74 
 
 		 205 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2357  lysine exporter protein LysE/YggA  37.06 
 
 		 209 aa  115  3e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1684  lysine exporter protein LysE/YggA  31.79 
 
 		 198 aa  114  6.9999999999999995e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  unclonable  0.0000017661 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1451  lysine exporter protein LysE/YggA  36.18 
 
 		 202 aa  114  7.999999999999999e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00096233  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3405  lysine exporter protein LysE/YggA  36.55 
 
 		 209 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.361786 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3913  lysine exporter protein LysE/YggA  35.87 
 
 		 204 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2508  amino acid transporter LysE  30.69 
 
 		 204 aa  113  2.0000000000000002e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.315866  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3627  lysine exporter protein LysE/YggA  37.5 
 
 		 196 aa  112  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0538229  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3452  transporter, LysE family  33.7 
 
 		 202 aa  112  5e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1362  lysine exporter protein LysE/YggA  36.79 
 
 		 196 aa  111  9e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.400331  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2755  lysine exporter protein LysE/YggA  29.74 
 
 		 197 aa  111  9e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.541681  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1396  lysine exporter protein LysE/YggA  31.31 
 
 		 206 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.76085 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0672  amino acid efflux pump, RhtB family protein  34.25 
 
 		 207 aa  109  2.0000000000000002e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0976  lysine exporter protein LysE/YggA  32.82 
 
 		 225 aa  109  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.244507  normal  0.547173 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5281  lysine exporter protein LysE/YggA  36.26 
 
 		 205 aa  108  5e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.704689  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2478  hypothetical protein  39.47 
 
 		 198 aa  108  7.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.609748 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4342  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.7 
 
 		 207 aa  108  7.000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.701026 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4470  lysine exporter protein LysE/YggA  36.26 
 
 		 205 aa  107  9.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3122  lysine exporter protein LysE/YggA  35.33 
 
 		 204 aa  107  1e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3165  lysine exporter protein LysE/YggA  35.83 
 
 		 205 aa  106  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1806  lysine exporter protein LysE/YggA  31.41 
 
 		 199 aa  106  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2002  lysine exporter protein LysE/YggA  33.87 
 
 		 197 aa  105  3e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5024  lysine exporter protein LysE/YggA  35.29 
 
 		 205 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.884494  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5753  lysine exporter protein LysE/YggA  35.71 
 
 		 205 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.123143 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5106  lysine exporter protein LysE/YggA  35.71 
 
 		 205 aa  103  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3096  lysine exporter protein LysE/YggA  35.59 
 
 		 212 aa  102  4e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3667  lysine exporter protein LysE/YggA  36.26 
 
 		 211 aa  102  4e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.127666  normal  0.0314589 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4474  lysine exporter protein LysE/YggA  32.46 
 
 		 206 aa  100  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0053  LysE family protein  33.52 
 
 		 280 aa  100  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4107  lysine exporter protein LysE/YggA  33.67 
 
 		 207 aa  100  1e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.319328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0063  LysE family translocator protein  33.52 
 
 		 205 aa  99.8  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0235  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.33 
 
 		 216 aa  99.8  2e-20  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0472066 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0052  LysE family protein  33.52 
 
 		 205 aa  99.8  2e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1207  LysE family translocator protein  33.52 
 
 		 205 aa  99.8  2e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1490  LysE family translocator protein  33.52 
 
 		 205 aa  99.8  2e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0074  LysE family translocator protein  33.52 
 
 		 205 aa  99.8  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0636233  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0061  LysE family translocator protein  33.52 
 
 		 205 aa  99.8  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2529  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  35.14 
 
 		 197 aa  98.2  7e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2346  hypothetical protein  35.26 
 
 		 212 aa  97.4  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2775  lysine exporter protein LysE/YggA  35.42 
 
 		 200 aa  97.1  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.423256  normal  0.714667 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000909  putative threonine efflux protein  34.38 
 
 		 194 aa  96.7  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.850609  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1041  transmembrane transporter protein, LysE type translocator  32.98 
 
 		 195 aa  96.3  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1315  hypothetical protein  33.88 
 
 		 204 aa  96.3  3e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1490  lysine exporter protein LysE/YggA  37.36 
 
 		 198 aa  94.4  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2788  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  35.98 
 
 		 197 aa  93.6  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0595509  normal  0.424534 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1559  LysE family protein  33.52 
 
 		 640 aa  93.6  2e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06913  putative threonine efflux protein  34.38 
 
 		 199 aa  93.2  2e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6083  amino acid transporter LysE  31.44 
 
 		 201 aa  93.6  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3726  hypothetical protein  34.24 
 
 		 203 aa  89.4  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0720  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.52 
 
 		 196 aa  89  4e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0298  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.32 
 
 		 201 aa  87.4  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4757  lysine exporter protein LysE/YggA  33.51 
 
 		 203 aa  87.8  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0852741  normal  0.0209318 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04744  putative threonine efflux protein  28.04 
 
 		 199 aa  86.3  3e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1967  lysine exporter protein LysE/YggA  32.46 
 
 		 202 aa  85.5  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0110071  normal  0.0481447 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0594  lysine exporter protein LysE/YggA  33.88 
 
 		 200 aa  85.5  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2797  RhtB family transporter  35.36 
 
 		 197 aa  85.5  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.376861  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1102  lysine exporter protein LysE/YggA  30.37 
 
 		 199 aa  85.1  6e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2454  lysine exporter protein LysE/YggA  29.89 
 
 		 202 aa  85.1  6e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00000409233  normal  0.559989 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>