42 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_1722 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_1722  SMC domain-containing protein  100 
 
 		 580 aa  1178    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.198567  hitchhiker  0.0000514519 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2377  hypothetical protein  41.65 
 
 		 581 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.169203  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2374  hypothetical protein  35.59 
 
 		 579 aa  268  2.9999999999999995e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.16066  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1300  SMC domain-containing protein  48.53 
 
 		 852 aa  56.6  0.000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.975813  n/a   
 
 
-
 
NC_013206  Aaci_3009  SMC domain protein  28.03 
 
 		 514 aa  56.2  0.000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1155  SMC domain-containing protein  48.53 
 
 		 852 aa  56.6  0.000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0181  chromosome segregation protein  36.59 
 
 		 902 aa  55.1  0.000004  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3541  exonuclease SbcC  32.48 
 
 		 1003 aa  52.4  0.00002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.757761  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2437  SMC domain protein  33.75 
 
 		 924 aa  49.7  0.0001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1495  SMC domain protein  35 
 
 		 895 aa  49.7  0.0001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00040  DNA replication and repair protein RecF  40.74 
 
 		 390 aa  47.8  0.0005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03619  subunit of MRX complex (Eurofung)  35.42 
 
 		 1319 aa  47.8  0.0006  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.296767 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1081  SMC domain-containing protein  35.38 
 
 		 804 aa  47.8  0.0006  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  hitchhiker  0.000660429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2898  chromosome segregation protein  44 
 
 		 891 aa  47.4  0.0008  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0237  SMC domain-containing protein  37.29 
 
 		 993 aa  47.4  0.0008  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0769992  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0652  SMC domain-containing protein  26.83 
 
 		 1019 aa  46.2  0.001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.105285  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1484  SMC domain-containing protein  44 
 
 		 1061 aa  46.6  0.001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.0728646  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1501  SMC-like protein  29.55 
 
 		 888 aa  47  0.001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1332  SMC domain-containing protein  37.29 
 
 		 993 aa  47  0.001  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1709  exonuclease SbcC  32.2 
 
 		 1008 aa  47  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3716  DNA replication and repair protein RecF  30.88 
 
 		 359 aa  46.2  0.002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.362635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0586  SMC domain-containing protein  37.29 
 
 		 993 aa  45.4  0.002  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.594919  normal  0.0182683 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3877  exonuclease SbcC  30.43 
 
 		 1016 aa  45.8  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.371142  normal  0.0827458 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0371  chromosome segregation protein  38.89 
 
 		 890 aa  46.2  0.002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0003  DNA replication and repair protein RecF  32.29 
 
 		 370 aa  45.8  0.002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1600  ATPase  37.5 
 
 		 427 aa  45.8  0.002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0426773  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0426  DNA repair protein RecN  33.68 
 
 		 553 aa  46.2  0.002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00030  DNA replication and repair protein RecF  36.11 
 
 		 404 aa  45.4  0.003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1725  nuclease SbcCD, C subunit, putative  32 
 
 		 813 aa  45.4  0.003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.536729  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0004  recombination protein F  35.62 
 
 		 402 aa  45.1  0.003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000215476 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1800  ATP-dependent endonuclease  40.74 
 
 		 782 aa  45.1  0.003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.163523  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0004  DNA replication and repair protein RecF  35.29 
 
 		 353 aa  44.7  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000383314  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5483  DNA repair protein RecN  37.18 
 
 		 558 aa  44.7  0.004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.582199  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0003  recombination protein F  30.22 
 
 		 360 aa  45.1  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0384357  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1375  DNA repair ATPase  30.14 
 
 		 814 aa  45.1  0.004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.000000000366162  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0696  exonuclease SbcC  28.21 
 
 		 1007 aa  44.7  0.004  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0003  recombination protein F  28.68 
 
 		 365 aa  44.7  0.005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00186248  hitchhiker  0.000000180359 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01130  recombination and repair protein  37.14 
 
 		 554 aa  44.7  0.005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0004  recombination protein F  35 
 
 		 377 aa  44.7  0.005  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0533102  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2475  recombination and repair protein  36.11 
 
 		 565 aa  44.3  0.006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1922  SMC domain protein  30.38 
 
 		 987 aa  43.9  0.007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.664102 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0003  recombination protein F  27.94 
 
 		 360 aa  43.9  0.009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0188151  hitchhiker  0.0000523089 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>