More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4495 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4495  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 350 aa  694    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0059  periplasmic solute binding protein  60.85 
 
 		 309 aa  414  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0275  periplasmic solute binding protein  61.13 
 
 		 313 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72550  putative adhesin  58.84 
 
 		 307 aa  386  1e-106  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6299  putative adhesin  58.55 
 
 		 307 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00830  ABC transporter, periplasmic binding protein  60.52 
 
 		 297 aa  370  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5268  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  54.93 
 
 		 311 aa  326  4.0000000000000003e-88  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1697  periplasmic solute binding protein  36 
 
 		 347 aa  227  3e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.668207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2142  high-affinity zinc transporter periplasmic component  37.88 
 
 		 340 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000717331  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2718  periplasmic solute binding protein  34.86 
 
 		 344 aa  209  7e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11219  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3183  periplasmic solute binding protein  35.04 
 
 		 371 aa  206  5e-52  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0392805  normal  0.124808 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1827  high-affinity zinc transporter periplasmic component  36.31 
 
 		 339 aa  202  6e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0735941  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2593  high-affinity zinc transporter periplasmic component  34.73 
 
 		 310 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00016843  normal  0.856449 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1122  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  34.45 
 
 		 334 aa  196  4.0000000000000005e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.124728  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1027  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  34.45 
 
 		 334 aa  196  4.0000000000000005e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01828  high-affinity zinc transporter periplasmic component  35.61 
 
 		 310 aa  195  1e-48  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0190601  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1783  periplasmic solute binding protein  35.61 
 
 		 328 aa  195  1e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000935054  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2111  high-affinity zinc transporter periplasmic component  35.65 
 
 		 339 aa  194  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0209857  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2050  high-affinity zinc transporter periplasmic component  35 
 
 		 314 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153419  normal  0.0811015 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1951  high-affinity zinc transporter periplasmic component  35.61 
 
 		 310 aa  195  1e-48  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00866903  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1775  high-affinity zinc transporter periplasmic component  35.61 
 
 		 310 aa  195  1e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000650264  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01816  hypothetical protein  35.61 
 
 		 310 aa  195  1e-48  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0117492  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1233  high-affinity zinc transporter periplasmic component  35 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00176582  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2105  high-affinity zinc transporter periplasmic component  35 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.060713  normal  0.639588 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2045  high-affinity zinc transporter periplasmic component  35 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.279295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1357  high-affinity zinc transporter periplasmic component  35 
 
 		 314 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00461561 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2184  ABC transporter substrate binding protein (zinc)  34.4 
 
 		 308 aa  194  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.2291  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1329  high-affinity zinc transporter periplasmic component  34.73 
 
 		 352 aa  192  7e-48  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00390701  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1730  periplasmic solute binding protein  38.07 
 
 		 313 aa  192  7e-48  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0953  high-affinity zinc transporter periplasmic component  33.43 
 
 		 310 aa  192  1e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0035869  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2251  high-affinity zinc transporter periplasmic component  34.86 
 
 		 340 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000558415  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2087  high-affinity zinc transporter periplasmic component  35.03 
 
 		 310 aa  191  2e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000165105  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2027  high-affinity zinc transporter periplasmic component  37.05 
 
 		 318 aa  189  8e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000130529  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2140  high-affinity zinc transporter periplasmic component  36.97 
 
 		 318 aa  189  9e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000251275  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4176  periplasmic solute binding protein  35.98 
 
 		 346 aa  186  4e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2773  high-affinity zinc transporter periplasmic component  34.53 
 
 		 321 aa  185  1.0000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000694266  hitchhiker  0.00715956 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2384  periplasmic solute binding protein  34.24 
 
 		 351 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691591  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004106  zinc ABC transporter-binding protein ZnuA  34.35 
 
 		 295 aa  181  2e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0852  high-affinity zinc uptake system protein ZnuA precursor  32.85 
 
 		 297 aa  180  2.9999999999999997e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0338292  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5108  periplasmic solute binding protein  78.07 
 
 		 302 aa  178  1e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0137  periplasmic solute binding protein  77.06 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0135  periplasmic solute binding protein  75.23 
 
 		 318 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.972392 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4006  periplasmic solute binding protein  31.82 
 
 		 303 aa  168  2e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129807  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0120  periplasmic solute binding protein  75.23 
 
 		 302 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.463624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2426  high-affinity zinc transporter periplasmic component  32.73 
 
 		 314 aa  162  7e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000208109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0312  periplasmic solute binding protein  32.79 
 
 		 362 aa  157  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1704  putative high-affinity zinc uptake system protein  33.79 
 
 		 356 aa  157  3e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0200273  normal  0.0153509 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1122  periplasmic solute binding protein  44.97 
 
 		 328 aa  148  1.0000000000000001e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2751  periplasmic solute binding protein  46.71 
 
 		 332 aa  146  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3253  periplasmic solute binding protein  37.07 
 
 		 347 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0556768 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3151  hypothetical protein  39.23 
 
 		 336 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.506548 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3571  ABC zinc transporter, periplasmic binding protein ZnuA  37.1 
 
 		 345 aa  132  9e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01361  hypothetical protein  37.95 
 
 		 293 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4140  periplasmic solute binding protein  29.97 
 
 		 326 aa  122  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0624  periplasmic solute binding protein  28.53 
 
 		 310 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.17894  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1194  periplasmic solute binding protein  42.61 
 
 		 329 aa  119  6e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.170646 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1712  periplasmic solute binding protein  36.14 
 
 		 369 aa  119  7.999999999999999e-26  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.333525  normal  0.532025 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3437  periplasmic solute binding protein  30.62 
 
 		 358 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.18946 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1667  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  46.79 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2139  periplasmic solute binding protein  27.63 
 
 		 333 aa  109  7.000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000485962  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1892  periplasmic solute binding protein  32.77 
 
 		 321 aa  102  8e-21  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00897518  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2645  periplasmic solute binding protein  24.59 
 
 		 317 aa  93.6  4e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0842  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  28.65 
 
 		 282 aa  92.8  9e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.290902  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0139  adhesion protein, putative  26.06 
 
 		 294 aa  92.4  1e-17  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0377699  normal  0.42131 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0119  periplasmic solute binding protein  26.3 
 
 		 344 aa  92  1e-17  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.527461 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0195  periplasmic solute binding protein  24.76 
 
 		 292 aa  92.4  1e-17  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.591767  normal  0.474509 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1256  high-affinity zinc transporter periplasmic component  52 
 
 		 372 aa  91.7  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000280798  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13680  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  25.17 
 
 		 320 aa  91.7  2e-17  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.785587 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2986  adhesion lipoprotein  28.74 
 
 		 326 aa  91.3  3e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0993  zinc ABC transporter, zinc-binding protein  24.44 
 
 		 323 aa  90.9  3e-17  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.27598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0577  periplasmic solute binding protein  28.88 
 
 		 301 aa  90.9  3e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.289421  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  24.73 
 
 		 318 aa  89.7  7e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0046  periplasmic solute binding protein  25.85 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3227  periplasmic solute binding protein  31.61 
 
 		 312 aa  85.9  9e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0202963  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  26.02 
 
 		 305 aa  85.9  9e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7033  periplasmic solute binding protein  31.94 
 
 		 315 aa  85.5  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0937  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  25.73 
 
 		 293 aa  84.3  0.000000000000003  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.388709  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  23.88 
 
 		 353 aa  84.3  0.000000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0833  periplasmic solute binding protein  26.11 
 
 		 345 aa  83.6  0.000000000000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0248  periplasmic solute binding protein  28.07 
 
 		 287 aa  82.8  0.000000000000007  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2476  periplasmic solute binding protein  23.21 
 
 		 313 aa  82.8  0.000000000000007  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00202006  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0131  periplasmic solute binding protein  21.94 
 
 		 285 aa  83.2  0.000000000000007  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2226  ABC transporter, substrate-binding protein, putative  23.88 
 
 		 323 aa  82.8  0.000000000000009  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.118705  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1526  periplasmic solute binding protein  22.19 
 
 		 316 aa  81.3  0.00000000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2183  periplasmic solute binding protein  34.25 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.143573 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3888  periplasmic solute binding protein  31.78 
 
 		 310 aa  80.5  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  25.44 
 
 		 304 aa  80.5  0.00000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1938  adhesion lipoprotein  28.57 
 
 		 307 aa  80.1  0.00000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0224  periplasmic solute binding protein  24.06 
 
 		 368 aa  80.1  0.00000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4439  periplasmic solute binding protein  23.3 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.914781  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3616  periplasmic solute binding protein  48.19 
 
 		 378 aa  80.1  0.00000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0144381 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2136  putative adhesion lipoprotein  22.75 
 
 		 316 aa  79.7  0.00000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  23.53 
 
 		 309 aa  79.3  0.00000000000009  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1889  adhesion lipoprotein  22.19 
 
 		 316 aa  79  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.994637  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1851  high-affinity zinc uptake system periplasmic-binding protein  22.75 
 
 		 316 aa  79  0.0000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.623587  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2035  adhesion lipoprotein  22.19 
 
 		 316 aa  79  0.0000000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3938  periplasmic solute binding protein  31.01 
 
 		 310 aa  79  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.165215 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1015  solute binding protein  21.57 
 
 		 310 aa  79  0.0000000000001  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1725  periplasmic solute binding protein  24.43 
 
 		 335 aa  78.6  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.432414 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2208  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  28.15 
 
 		 345 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.353615  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>