255 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3629 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_3629  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 140 aa  283  5e-76  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.445652  normal  0.0497582 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3046  ribosome-binding factor A  54.55 
 
 		 141 aa  137  6e-32  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2924  ribosome-binding factor A  48.15 
 
 		 165 aa  125  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.332986  normal  0.135151 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2078  ribosome-binding factor A  50.37 
 
 		 197 aa  124  4.0000000000000003e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0263191  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2166  ribosome-binding factor A  50.76 
 
 		 150 aa  123  1e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2799  ribosome-binding factor A  49.28 
 
 		 138 aa  122  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285538  normal  0.747306 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2768  ribosome-binding factor A  48.44 
 
 		 137 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2071  ribosome-binding factor A  48.36 
 
 		 145 aa  122  2e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.573719 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1106  ribosome-binding factor A  48.44 
 
 		 140 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.811236  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2818  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 145 aa  121  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.259467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2922  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 145 aa  120  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0301917  normal  0.0601013 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2696  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 145 aa  120  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.674256 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2610  ribosome-binding factor A  48.03 
 
 		 139 aa  119  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.191354 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0746  ribosome-binding factor A  45.8 
 
 		 150 aa  119  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.321784  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3782  ribosome-binding factor A  47.93 
 
 		 164 aa  118  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0911878  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3726  ribosome-binding factor A  50.39 
 
 		 142 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.879451  normal  0.0692072 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4619  ribosome-binding factor A  48.39 
 
 		 135 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.302767  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3442  ribosome-binding factor A  47.24 
 
 		 134 aa  118  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.728771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0058  ribosome-binding factor A  44 
 
 		 138 aa  118  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.649534  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3041  ribosome-binding factor A  51.2 
 
 		 135 aa  118  3e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.603703  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4066  ribosome-binding factor A  47.66 
 
 		 134 aa  117  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0170  ribosome-binding factor A  46.88 
 
 		 137 aa  117  7e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0610976  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0032  ribosome-binding factor A  43.75 
 
 		 137 aa  115  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0038  ribosome-binding factor A  41.06 
 
 		 164 aa  115  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.623045  normal  0.446494 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2294  ribosome-binding factor A  44.62 
 
 		 155 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.121706 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0025  ribosome-binding factor A  44.8 
 
 		 146 aa  114  3e-25  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.129398 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0292  ribosome-binding factor A  48.74 
 
 		 151 aa  114  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.887654  normal  0.0167928 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3931  ribosome-binding factor A  51.69 
 
 		 133 aa  112  2.0000000000000002e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.627477  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1046  ribosome-binding factor A  42.97 
 
 		 141 aa  111  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12886  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0601  ribosome-binding factor A  43.44 
 
 		 135 aa  111  3e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0439  ribosome-binding factor A  43.65 
 
 		 137 aa  111  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0226  ribosome-binding factor A  40.29 
 
 		 140 aa  111  4.0000000000000004e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.435446  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0613  ribosome-binding factor A  48.03 
 
 		 136 aa  110  5e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.440259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0230  ribosome-binding factor A  41.94 
 
 		 136 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00202036  normal  0.436051 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4386  ribosome-binding factor A  44.88 
 
 		 134 aa  110  9e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.4784 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0481  ribosome-binding factor A  41.04 
 
 		 137 aa  108  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.214856  normal  0.376721 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3815  ribosome-binding factor A  45.97 
 
 		 132 aa  107  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.104911  normal  0.0213018 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0086  ribosome-binding factor A  46.22 
 
 		 131 aa  105  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.744834  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1255  ribosome-binding factor A  44.53 
 
 		 148 aa  102  2e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4036  ribosome-binding factor A  44.09 
 
 		 143 aa  99.4  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2488  ribosome-binding factor A  39.67 
 
 		 135 aa  85.5  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.266682  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3725  ribosome-binding factor A  36.07 
 
 		 123 aa  79  0.00000000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  37.9 
 
 		 130 aa  70.9  0.000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07850  ribosome-binding factor A  34.82 
 
 		 122 aa  67  0.00000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1445  ribosome-binding factor A  30.08 
 
 		 131 aa  65.5  0.0000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.0000145103  normal  0.2265 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1939  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 		 116 aa  65.9  0.0000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1657  ribosome-binding factor A  35.78 
 
 		 116 aa  65.9  0.0000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  31.19 
 
 		 123 aa  65.1  0.0000000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0909  ribosome-binding factor A  37.84 
 
 		 121 aa  65.1  0.0000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  32.08 
 
 		 117 aa  65.1  0.0000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  28.26 
 
 		 130 aa  63.9  0.0000000007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1599  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 119 aa  63.9  0.0000000007  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00660683  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0564  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 119 aa  63.9  0.0000000007  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1052  ribosome-binding factor A  28.21 
 
 		 132 aa  63.9  0.0000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164371  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3849  ribosome-binding factor A  31.48 
 
 		 118 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3858  ribosome-binding factor A  31.48 
 
 		 118 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000036841  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2463  ribosome-binding factor A  31.48 
 
 		 118 aa  63.2  0.000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0350107  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1335  ribosome-binding factor A  31.48 
 
 		 118 aa  62  0.000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0231832  hitchhiker  0.00144693 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3662  ribosome-binding factor A  32.11 
 
 		 118 aa  62  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.118279  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3552  ribosome-binding factor A  31.48 
 
 		 118 aa  62.4  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3570  ribosome-binding factor A  31.48 
 
 		 118 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3909  ribosome-binding factor A  31.48 
 
 		 118 aa  62  0.000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.391027  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3822  ribosome-binding factor A  31.48 
 
 		 118 aa  62.8  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.3299500000000005e-63 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3948  ribosome-binding factor A  32.11 
 
 		 118 aa  62  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3633  ribosome-binding factor A  31.48 
 
 		 118 aa  62  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0539851  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1304  ribosome-binding factor A  27.59 
 
 		 119 aa  62  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0293197  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2980  ribosome-binding factor A  27.59 
 
 		 119 aa  61.6  0.000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.06185e-26 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1210  ribosome-binding factor A  31.71 
 
 		 127 aa  61.2  0.000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00755575  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4927  ribosome-binding factor A  33.33 
 
 		 132 aa  60.8  0.000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.128531  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3223  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 121 aa  60.5  0.000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.275033 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  30 
 
 		 123 aa  60.5  0.000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01304  ribosome-binding factor A  39.47 
 
 		 115 aa  59.7  0.00000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.435847  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3329  ribosome-binding factor A  40.23 
 
 		 156 aa  59.7  0.00000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.414674  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1587  ribosome-binding factor A  30.56 
 
 		 118 aa  58.5  0.00000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00540002  normal  0.129345 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0458  ribosome-binding factor A  30.09 
 
 		 117 aa  58.5  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0319  ribosome-binding factor A  27.88 
 
 		 122 aa  58.5  0.00000003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  27.87 
 
 		 116 aa  58.5  0.00000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2049  ribosome-binding factor A  27.97 
 
 		 127 aa  57.8  0.00000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0838  ribosome-binding factor A  34.86 
 
 		 134 aa  57.8  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.102995 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2665  ribosome-binding factor A  33.64 
 
 		 133 aa  57.8  0.00000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0640591  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0818  ribosome-binding factor A  32.14 
 
 		 119 aa  57.8  0.00000005  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2895  ribosome-binding factor A  32.5 
 
 		 137 aa  57.4  0.00000006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.437558  normal  0.0229957 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1329  ribosome-binding factor A  37.5 
 
 		 156 aa  57.8  0.00000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00402989 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1956  ribosome-binding factor A  30.58 
 
 		 120 aa  57.4  0.00000007  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  34.62 
 
 		 127 aa  57  0.00000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1436  ribosome-binding factor A  28.83 
 
 		 118 aa  57  0.00000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.349731  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1157  ribosome-binding factor A  28.44 
 
 		 126 aa  57  0.00000008  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000826248  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1589  ribosome-binding factor A  29.63 
 
 		 118 aa  56.2  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00426148  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3680  ribosome-binding factor A  31.25 
 
 		 127 aa  56.6  0.0000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00259102  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3187  ribosome-binding factor A  31.3 
 
 		 119 aa  56.6  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.11601  normal  0.332882 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0564  ribosome-binding factor A  29.82 
 
 		 114 aa  56.2  0.0000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.203601  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1869  ribosome-binding factor A  32.77 
 
 		 131 aa  56.2  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0982  ribosome-binding factor A  30.51 
 
 		 118 aa  55.5  0.0000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.385895  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0927  ribosome-binding factor A  32.69 
 
 		 119 aa  55.5  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.100451  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1920  ribosome-binding factor A  30.51 
 
 		 130 aa  55.5  0.0000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0348034  normal  0.0643403 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  29.51 
 
 		 141 aa  55.5  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26151  ribosome-binding factor A  30.91 
 
 		 142 aa  56.2  0.0000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.549053 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2815  ribosome-binding factor A  32.11 
 
 		 122 aa  55.8  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.473664  hitchhiker  0.00211169 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  37.04 
 
 		 126 aa  55.8  0.0000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2488  ribosome-binding factor A  35.14 
 
 		 159 aa  55.5  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.180348  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>