65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_3000 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_3000  single-stranded DNA-binding protein  100 
 
 		 146 aa  301  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0539656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2920  single-stranded DNA-binding protein  82.03 
 
 		 142 aa  226  5e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0972724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3292  single-stranded DNA-binding protein  82.03 
 
 		 142 aa  225  1e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0991  single-stranded DNA-binding protein  76.15 
 
 		 127 aa  211  1.9999999999999998e-54  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187271  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2341  single-stranded DNA-binding protein  76.15 
 
 		 127 aa  211  1.9999999999999998e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0643  single-stranded DNA-binding protein  68.46 
 
 		 149 aa  210  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.462725  normal  0.0721764 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2234  single-stranded DNA-binding protein  74.62 
 
 		 127 aa  207  3e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.518521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2820  single-stranded DNA-binding protein  80.67 
 
 		 132 aa  205  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.129154  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1312  single-stranded DNA-binding protein  62.67 
 
 		 150 aa  186  5.999999999999999e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.314977 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1446  single-stranded DNA-binding protein  62.67 
 
 		 150 aa  186  5.999999999999999e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00973819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1224  single-stranded DNA-binding protein  60.27 
 
 		 146 aa  185  1e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.235304 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2297  single-stranded DNA-binding protein  58.9 
 
 		 146 aa  181  4.0000000000000006e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000851295  hitchhiker  0.000107938 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3384  single-stranded DNA-binding protein  58.9 
 
 		 146 aa  181  4.0000000000000006e-45  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.822794  normal  0.066334 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4149  single-stranded DNA-binding protein  58.22 
 
 		 146 aa  179  9.000000000000001e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0290175  hitchhiker  0.00842229 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0559  single-stranded DNA-binding protein  62.1 
 
 		 128 aa  174  5e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1659  single-stranded DNA-binding protein  59.26 
 
 		 133 aa  171  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.403292  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0473  single-stranded DNA-binding protein  58.82 
 
 		 133 aa  160  8.000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.223313  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1522  single-stranded DNA-binding protein  50.7 
 
 		 154 aa  142  2e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0429088 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4462  single-stranded DNA-binding protein  54.17 
 
 		 162 aa  136  1e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59150  single-stranded DNA-binding protein  54.17 
 
 		 156 aa  135  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000296817  hitchhiker  0.00187587 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4427  single-strand DNA-binding protein  36.43 
 
 		 149 aa  78.6  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.36853  normal  0.0713617 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2684  single-stranded DNA-binding protein  29.32 
 
 		 132 aa  50.4  0.000007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.103821 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0165  single-strand binding protein  34.65 
 
 		 301 aa  48.1  0.00004  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.0000779972  normal  0.680564 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0455  single-strand binding protein  33.33 
 
 		 174 aa  47.4  0.00006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00934995  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1545  single-strand binding protein  31.43 
 
 		 166 aa  47.4  0.00007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00898888  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0746  single-strand binding protein  32.33 
 
 		 161 aa  47  0.00008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000549741  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1019  single-strand binding protein  33.65 
 
 		 176 aa  46.2  0.0001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0415033  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3117  single-strand binding protein  31.68 
 
 		 146 aa  46.2  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2146  single-strand binding protein  27.62 
 
 		 137 aa  45.8  0.0002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.172996  normal  0.155515 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0362  single-strand binding protein  31.68 
 
 		 147 aa  45.4  0.0002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000141012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2286  single-strand binding protein  27.62 
 
 		 137 aa  45.8  0.0002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.306746 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9356  single-stranded DNA-binding protein  28.28 
 
 		 191 aa  46.2  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.819513 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1964  single-strand binding protein  26.47 
 
 		 166 aa  45.4  0.0002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0586806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3975  single-strand binding protein  27.05 
 
 		 146 aa  45.1  0.0003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000156614  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2020  single-strand binding protein  33.71 
 
 		 126 aa  45.1  0.0003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00175419  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1595  single-strand binding protein  30.39 
 
 		 184 aa  44.3  0.0006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4439  single-strand binding protein  30.39 
 
 		 170 aa  43.9  0.0007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4663  single-strand binding protein  30.84 
 
 		 188 aa  43.9  0.0007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4843  single-strand binding protein  30 
 
 		 195 aa  43.9  0.0008  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3560  single-strand binding protein  29.7 
 
 		 171 aa  43.9  0.0008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.861693 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1521  single-strand binding protein  30.51 
 
 		 165 aa  43.5  0.001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.232258  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_10587  predicted protein  29.9 
 
 		 120 aa  43.5  0.001  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0851904  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0930  single-strand binding protein  31.25 
 
 		 177 aa  43.1  0.001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0422  single-strand binding protein  27.59 
 
 		 140 aa  42.7  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.185373  normal  0.206127 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1863  single-strand binding protein  29.52 
 
 		 166 aa  42.7  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.621974 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1357  single-strand binding protein  36.71 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0813  single-strand binding protein  30.3 
 
 		 180 aa  42.4  0.002  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.307719 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2223  single-strand binding protein  28.57 
 
 		 164 aa  42.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000351539  normal  0.108037 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4397  single-strand binding protein  30.69 
 
 		 149 aa  42.7  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000143406  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3411  single-strand binding protein  31.68 
 
 		 146 aa  42.7  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2132  single-strand binding protein  27.56 
 
 		 153 aa  41.6  0.003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5071  single-strand binding protein  29.7 
 
 		 186 aa  42  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.836187 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0450  single-strand binding protein  28.85 
 
 		 188 aa  42  0.003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.544035  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4062  single-strand binding protein  27.88 
 
 		 148 aa  41.6  0.004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2190  single-strand binding protein  27.59 
 
 		 129 aa  41.2  0.004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5067  single-strand binding protein  26.42 
 
 		 167 aa  41.6  0.004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000148425 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4555  single-strand binding protein  27 
 
 		 169 aa  41.2  0.005  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.184905  normal  0.802331 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4669  single-strand binding protein  28.45 
 
 		 159 aa  41.2  0.005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.309237  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3832  single-strand binding protein  27.42 
 
 		 132 aa  40.8  0.006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381197  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1124  single-strand binding protein  33.9 
 
 		 156 aa  40.8  0.006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.228328  normal  1 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6544  single-strand binding protein  26.67 
 
 		 188 aa  40.4  0.007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0128  single-strand binding protein  27 
 
 		 163 aa  40.4  0.007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0299723 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01895  Single-strand binding protein  23.15 
 
 		 110 aa  40.4  0.008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.326894  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5984  single-strand binding protein  29.08 
 
 		 171 aa  40.4  0.009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.933717 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1129  single-stranded DNA-binding protein  26.67 
 
 		 154 aa  40.4  0.009  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0688352  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>