51 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_2234 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008782  Ajs_2234  single-stranded DNA-binding protein  100 
 
 
127 aa  261  2e-69  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.518521  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2341  single-stranded DNA-binding protein  98.43 
 
 
127 aa  258  1e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0991  single-stranded DNA-binding protein  98.43 
 
 
127 aa  258  1e-68  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187271  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0643  single-stranded DNA-binding protein  89.34 
 
 
149 aa  234  3e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.462725  normal  0.0721764 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2820  single-stranded DNA-binding protein  89.34 
 
 
132 aa  231  2.0000000000000002e-60  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.129154  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3000  single-stranded DNA-binding protein  74.62 
 
 
146 aa  207  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0539656  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1224  single-stranded DNA-binding protein  77.24 
 
 
146 aa  202  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.235304 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3384  single-stranded DNA-binding protein  75.61 
 
 
146 aa  198  1.9999999999999998e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.822794  normal  0.066334 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2297  single-stranded DNA-binding protein  75.61 
 
 
146 aa  198  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000851295  hitchhiker  0.000107938 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4149  single-stranded DNA-binding protein  73.98 
 
 
146 aa  195  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0290175  hitchhiker  0.00842229 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1446  single-stranded DNA-binding protein  73.77 
 
 
150 aa  195  2.0000000000000003e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00973819  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1312  single-stranded DNA-binding protein  73.77 
 
 
150 aa  195  2.0000000000000003e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.314977 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2920  single-stranded DNA-binding protein  72.58 
 
 
142 aa  192  9e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0972724  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3292  single-stranded DNA-binding protein  72.58 
 
 
142 aa  193  9e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0559  single-stranded DNA-binding protein  66.67 
 
 
128 aa  186  1e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1659  single-stranded DNA-binding protein  65.87 
 
 
133 aa  185  2e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.403292  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0473  single-stranded DNA-binding protein  65.32 
 
 
133 aa  179  9.000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.223313  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1522  single-stranded DNA-binding protein  58.59 
 
 
154 aa  154  3e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0429088 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4462  single-stranded DNA-binding protein  55.83 
 
 
162 aa  139  9e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59150  single-stranded DNA-binding protein  55.83 
 
 
156 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000296817  hitchhiker  0.00187587 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4427  single-strand DNA-binding protein  38.02 
 
 
149 aa  72  0.000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.36853  normal  0.0713617 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2684  single-stranded DNA-binding protein  31.45 
 
 
132 aa  55.8  0.0000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.103821 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0165  single-strand binding protein  35.29 
 
 
301 aa  48.5  0.00003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.0000779972  normal  0.680564 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2146  single-strand binding protein  33.33 
 
 
137 aa  47.4  0.00006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.172996  normal  0.155515 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2286  single-strand binding protein  33.33 
 
 
137 aa  47.4  0.00006  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.306746 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3117  single-strand binding protein  33.33 
 
 
146 aa  47.4  0.00007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1595  single-strand binding protein  29.41 
 
 
184 aa  46.2  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1124  single-strand binding protein  29.52 
 
 
156 aa  45.1  0.0003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.228328  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0362  single-strand binding protein  31.37 
 
 
147 aa  45.1  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000141012  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9356  single-stranded DNA-binding protein  28.71 
 
 
191 aa  44.3  0.0006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.819513 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0746  single-strand binding protein  32.73 
 
 
161 aa  43.9  0.0007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000549741  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0450  single-strand binding protein  27.12 
 
 
188 aa  43.9  0.0007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.544035  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1863  single-strand binding protein  31.13 
 
 
166 aa  43.5  0.001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal  0.621974 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0813  single-strand binding protein  27.97 
 
 
180 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.307719 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0455  single-strand binding protein  29.41 
 
 
174 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00934995  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4439  single-strand binding protein  27.45 
 
 
170 aa  43.1  0.001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4397  single-strand binding protein  30.39 
 
 
149 aa  42.7  0.002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000143406  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3560  single-strand binding protein  27.1 
 
 
171 aa  42.7  0.002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.861693 
 
 
-
 
NC_002936  DET1045  single-strand binding protein  29.41 
 
 
135 aa  42.4  0.002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000383918  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2223  single-strand binding protein  28.09 
 
 
164 aa  42.4  0.002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  decreased coverage  0.000000351539  normal  0.108037 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2020  single-strand binding protein  28.41 
 
 
126 aa  42  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00175419  normal 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_10587  predicted protein  28.24 
 
 
120 aa  42  0.003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0851904  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_916  single-stranded DNA-binding protein  27.19 
 
 
135 aa  42  0.003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000232202  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0928  single-strand binding protein  29.41 
 
 
135 aa  41.6  0.003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000199282  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2132  single-strand binding protein  25.41 
 
 
153 aa  41.6  0.004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3411  single-strand binding protein  28.43 
 
 
146 aa  41.6  0.004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4668  single-strand binding protein/Primosomal replication protein n  27.88 
 
 
118 aa  41.2  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0382232  normal  0.0214705 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0325  single-strand binding protein  26.09 
 
 
160 aa  40.8  0.006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3926  single-strand binding protein  30.36 
 
 
156 aa  40.4  0.007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4663  single-strand binding protein  26.73 
 
 
188 aa  40.4  0.009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4843  single-strand binding protein  26.17 
 
 
195 aa  40  0.01  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>