38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2920 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2920  single-stranded DNA-binding protein  100 
 
 		 142 aa  291  2e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0972724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3292  single-stranded DNA-binding protein  99.3 
 
 		 142 aa  290  4e-78  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3000  single-stranded DNA-binding protein  82.03 
 
 		 146 aa  226  6e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0539656  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0643  single-stranded DNA-binding protein  64.14 
 
 		 149 aa  198  1.9999999999999998e-50  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.462725  normal  0.0721764 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2341  single-stranded DNA-binding protein  74.19 
 
 		 127 aa  196  7.999999999999999e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0991  single-stranded DNA-binding protein  74.19 
 
 		 127 aa  196  7.999999999999999e-50  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187271  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2234  single-stranded DNA-binding protein  72.58 
 
 		 127 aa  192  9e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.518521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2820  single-stranded DNA-binding protein  71.77 
 
 		 132 aa  192  2e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.129154  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4149  single-stranded DNA-binding protein  60.28 
 
 		 146 aa  174  3e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0290175  hitchhiker  0.00842229 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1312  single-stranded DNA-binding protein  63.36 
 
 		 150 aa  174  4e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.314977 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1446  single-stranded DNA-binding protein  63.36 
 
 		 150 aa  174  4e-43  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00973819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1224  single-stranded DNA-binding protein  58.45 
 
 		 146 aa  171  2.9999999999999996e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.235304 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3384  single-stranded DNA-binding protein  57.04 
 
 		 146 aa  169  1e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.822794  normal  0.066334 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2297  single-stranded DNA-binding protein  57.04 
 
 		 146 aa  169  1e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000851295  hitchhiker  0.000107938 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0559  single-stranded DNA-binding protein  59.68 
 
 		 128 aa  161  4.0000000000000004e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1659  single-stranded DNA-binding protein  53.79 
 
 		 133 aa  154  6e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.403292  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0473  single-stranded DNA-binding protein  54.1 
 
 		 133 aa  149  1e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.223313  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1522  single-stranded DNA-binding protein  49.25 
 
 		 154 aa  136  8.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0429088 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4462  single-stranded DNA-binding protein  50 
 
 		 162 aa  134  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59150  single-stranded DNA-binding protein  55 
 
 		 156 aa  132  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000296817  hitchhiker  0.00187587 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4427  single-strand DNA-binding protein  41.67 
 
 		 149 aa  86.3  1e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.36853  normal  0.0713617 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2684  single-stranded DNA-binding protein  28.46 
 
 		 132 aa  46.2  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.103821 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2146  single-strand binding protein  29.55 
 
 		 137 aa  45.1  0.0004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.172996  normal  0.155515 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2286  single-strand binding protein  29.55 
 
 		 137 aa  45.1  0.0004  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.306746 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1357  single-strand binding protein  39.24 
 
 		 144 aa  43.1  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0165  single-strand binding protein  42.03 
 
 		 301 aa  43.5  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.0000779972  normal  0.680564 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1019  single-strand binding protein  34.72 
 
 		 176 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0415033  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2020  single-strand binding protein  32.58 
 
 		 126 aa  42.4  0.002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00175419  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1124  single-strand binding protein  25.77 
 
 		 156 aa  42.7  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.228328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9356  single-stranded DNA-binding protein  32.79 
 
 		 191 aa  42  0.003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.819513 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0455  single-strand binding protein  33.33 
 
 		 174 aa  41.6  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00934995  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0746  single-strand binding protein  31.82 
 
 		 161 aa  41.2  0.004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000549741  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5984  single-strand binding protein  30.69 
 
 		 171 aa  41.2  0.005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.933717 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4669  single-strand binding protein  28.57 
 
 		 159 aa  40.8  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.309237  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3975  single-strand binding protein  26.04 
 
 		 146 aa  40.8  0.006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000156614  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4663  single-strand binding protein  31.94 
 
 		 188 aa  40.8  0.006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1545  single-strand binding protein  28.43 
 
 		 166 aa  40.4  0.007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00898888  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3832  single-strand binding protein  30.17 
 
 		 132 aa  40.4  0.009  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381197  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>