68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0643 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_0643  single-stranded DNA-binding protein  100 
 
 		 149 aa  306  5e-83  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.462725  normal  0.0721764 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0991  single-stranded DNA-binding protein  89.34 
 
 		 127 aa  234  2e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.187271  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2341  single-stranded DNA-binding protein  89.34 
 
 		 127 aa  234  2e-61  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2234  single-stranded DNA-binding protein  89.34 
 
 		 127 aa  234  3e-61  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.518521  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2820  single-stranded DNA-binding protein  86.07 
 
 		 132 aa  227  4e-59  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.129154  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3000  single-stranded DNA-binding protein  68.46 
 
 		 146 aa  210  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0539656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3384  single-stranded DNA-binding protein  66.22 
 
 		 146 aa  207  4e-53  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.822794  normal  0.066334 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1224  single-stranded DNA-binding protein  66.22 
 
 		 146 aa  207  4e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.235304 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2297  single-stranded DNA-binding protein  66.22 
 
 		 146 aa  207  4e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000851295  hitchhiker  0.000107938 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1446  single-stranded DNA-binding protein  65.1 
 
 		 150 aa  204  4e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  decreased coverage  0.00973819  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1312  single-stranded DNA-binding protein  65.1 
 
 		 150 aa  204  4e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.314977 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4149  single-stranded DNA-binding protein  65.07 
 
 		 146 aa  200  6e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0290175  hitchhiker  0.00842229 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2920  single-stranded DNA-binding protein  64.14 
 
 		 142 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0972724  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3292  single-stranded DNA-binding protein  64.14 
 
 		 142 aa  197  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1659  single-stranded DNA-binding protein  64.12 
 
 		 133 aa  182  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.403292  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0559  single-stranded DNA-binding protein  64.23 
 
 		 128 aa  178  2e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0473  single-stranded DNA-binding protein  62.3 
 
 		 133 aa  175  2e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.223313  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1522  single-stranded DNA-binding protein  60.33 
 
 		 154 aa  157  5e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0429088 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4462  single-stranded DNA-binding protein  54.84 
 
 		 162 aa  140  5e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_59150  single-stranded DNA-binding protein  55.83 
 
 		 156 aa  139  9.999999999999999e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000296817  hitchhiker  0.00187587 
 
 
-
 
NC_009036  Sbal_4427  single-strand DNA-binding protein  37.88 
 
 		 149 aa  77.8  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.36853  normal  0.0713617 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2684  single-stranded DNA-binding protein  30.88 
 
 		 132 aa  62  0.000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.103821 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1124  single-strand binding protein  26.92 
 
 		 156 aa  52.4  0.000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.228328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0746  single-strand binding protein  34.29 
 
 		 161 aa  52.4  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000549741  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2286  single-strand binding protein  31.53 
 
 		 137 aa  52  0.000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.306746 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2146  single-strand binding protein  31.53 
 
 		 137 aa  52  0.000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.172996  normal  0.155515 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1521  single-strand binding protein  29.32 
 
 		 165 aa  50.1  0.000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.232258  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0165  single-strand binding protein  34.31 
 
 		 301 aa  49.3  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.0000779972  normal  0.680564 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4439  single-strand binding protein  30.39 
 
 		 170 aa  48.5  0.00003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0455  single-strand binding protein  30.39 
 
 		 174 aa  46.2  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00934995  n/a   
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_10587  predicted protein  29.59 
 
 		 120 aa  45.8  0.0002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0851904  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9356  single-stranded DNA-binding protein  27.72 
 
 		 191 aa  45.4  0.0002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.819513 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4663  single-strand binding protein  30.86 
 
 		 188 aa  45.8  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5984  single-strand binding protein  29.41 
 
 		 171 aa  45.4  0.0002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.933717 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1595  single-strand binding protein  29.41 
 
 		 184 aa  45.4  0.0002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3117  single-strand binding protein  31.37 
 
 		 146 aa  45.8  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4397  single-strand binding protein  31.37 
 
 		 149 aa  45.4  0.0003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000143406  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0301  single-stranded DNA-binding protein  28.95 
 
 		 120 aa  43.9  0.0007  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3411  single-strand binding protein  29.13 
 
 		 146 aa  43.9  0.0008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3560  single-strand binding protein  26.17 
 
 		 171 aa  43.9  0.0008  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.861693 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4843  single-strand binding protein  30.3 
 
 		 195 aa  43.5  0.001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1357  single-strand binding protein  31.65 
 
 		 144 aa  43.5  0.001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0813  single-strand binding protein  29.52 
 
 		 180 aa  43.5  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.307719 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0362  single-strand binding protein  29.41 
 
 		 147 aa  43.5  0.001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000141012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2020  single-strand binding protein  28.41 
 
 		 126 aa  43.1  0.001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00175419  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1863  single-strand binding protein  30.19 
 
 		 166 aa  42.7  0.002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  0.621974 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0928  single-strand binding protein  27.91 
 
 		 167 aa  42.7  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3808  single-strand binding protein  28.57 
 
 		 163 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.39281  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3926  single-strand binding protein  29.46 
 
 		 156 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1019  single-strand binding protein  28.44 
 
 		 176 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0415033  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_9002  single-strand binding protein  22.83 
 
 		 148 aa  42.4  0.002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.850142  normal  0.715469 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3865  single-strand binding protein  28.57 
 
 		 161 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.672811  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2132  single-strand binding protein  25.6 
 
 		 153 aa  42.4  0.002  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3975  single-strand binding protein  25.21 
 
 		 146 aa  42.4  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.00000000156614  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3951  single-strand binding protein  28.57 
 
 		 161 aa  42.4  0.002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.290115  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1218  single-stranded DNA-binding protein  28.57 
 
 		 218 aa  42  0.003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0309  single-strand binding family protein  24 
 
 		 193 aa  41.6  0.004  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0940185 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4948  single-strand binding protein  27.27 
 
 		 170 aa  41.6  0.004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5067  single-strand binding protein  25.74 
 
 		 167 aa  41.2  0.005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000148425 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_916  single-stranded DNA-binding protein  26.98 
 
 		 135 aa  40.8  0.006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000232202  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4062  single-strand binding protein  26.67 
 
 		 148 aa  40.8  0.006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23250  single stranded DNA-binding protein  28.4 
 
 		 200 aa  40.4  0.008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0128  single-strand binding protein  25.74 
 
 		 163 aa  40.4  0.008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0299723 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01895  Single-strand binding protein  21.36 
 
 		 110 aa  40  0.01  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.326894  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4521  single-stranded DNA-binding protein  26.02 
 
 		 186 aa  40  0.01  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.229293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4555  single-strand binding protein  25.74 
 
 		 169 aa  40  0.01  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.184905  normal  0.802331 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0928  single-strand binding protein  26.98 
 
 		 135 aa  40  0.01  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.000000199282  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1045  single-strand binding protein  26.98 
 
 		 135 aa  40  0.01  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.000000383918  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>