More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcal_1657 on replicon NC_009073
Organism: Pyrobaculum calidifontis JCM 11548



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009073  Pcal_1657  succinyl-CoA synthetase subunit beta  100 
 
 
382 aa  764    Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.231909 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1529  succinyl-CoA synthetase subunit beta  84.51 
 
 
382 aa  661    Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  0.36808  normal 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1463  succinyl-CoA synthetase subunit beta  83.68 
 
 
379 aa  650    Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1026  succinyl-CoA synthetase subunit beta  85.08 
 
 
382 aa  677    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  decreased coverage  0.0000227763  unclonable  8.1657e-23 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3930  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.03 
 
 
379 aa  356  2.9999999999999997e-97  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.742963  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3203  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.29 
 
 
379 aa  355  5e-97  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.399837 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1220  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.27 
 
 
377 aa  353  2e-96  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.23479  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2086  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.26 
 
 
382 aa  342  9e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2178  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  48.02 
 
 
387 aa  339  5.9999999999999996e-92  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.84529  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4569  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.35 
 
 
378 aa  337  1.9999999999999998e-91  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0102197  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0620  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.25 
 
 
389 aa  331  1e-89  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000105579  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1367  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.91 
 
 
378 aa  329  6e-89  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.913427 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0289  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  45.31 
 
 
382 aa  328  1.0000000000000001e-88  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1276  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  47.53 
 
 
383 aa  325  8.000000000000001e-88  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.295759  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1088  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.61 
 
 
385 aa  324  2e-87  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.226622 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0245  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.78 
 
 
386 aa  323  4e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000419135 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0260  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.78 
 
 
386 aa  323  4e-87  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.02 
 
 
386 aa  322  7e-87  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0651  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.03 
 
 
388 aa  320  3.9999999999999996e-86  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.889445  normal  0.431206 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0671  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.67 
 
 
388 aa  319  5e-86  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal  0.131482 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  44.07 
 
 
384 aa  316  4e-85  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2717  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.46 
 
 
387 aa  316  5e-85  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5543  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  44.44 
 
 
384 aa  316  5e-85  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.59554 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0559  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.57 
 
 
397 aa  315  9e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2537  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  46.05 
 
 
393 aa  314  1.9999999999999998e-84  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.23 
 
 
410 aa  313  2.9999999999999996e-84  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43 
 
 
386 aa  312  4.999999999999999e-84  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0729  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.27 
 
 
385 aa  312  5.999999999999999e-84  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000827995  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  43.67 
 
 
388 aa  311  9e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1058  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.75 
 
 
385 aa  311  1e-83  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0161245  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  43.4 
 
 
389 aa  311  1e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4221  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  46.05 
 
 
396 aa  311  1e-83  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.687915  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2207  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.57 
 
 
381 aa  310  2e-83  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.499624 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0727  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  46.55 
 
 
400 aa  310  2.9999999999999997e-83  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.813583  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.04 
 
 
392 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3998  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.75 
 
 
387 aa  310  2.9999999999999997e-83  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0030268  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0957  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.89 
 
 
389 aa  309  5.9999999999999995e-83  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0654  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.58 
 
 
393 aa  308  9e-83  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.715889  normal  0.308517 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0925  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.99 
 
 
382 aa  308  1.0000000000000001e-82  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000100196  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1329  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.15 
 
 
388 aa  308  1.0000000000000001e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1304  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.15 
 
 
388 aa  308  1.0000000000000001e-82  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00442695  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0607  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.03 
 
 
390 aa  308  1.0000000000000001e-82  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.409556  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0674  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.64 
 
 
389 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0497  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.35 
 
 
391 aa  306  5.0000000000000004e-82  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.892207 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1243  Succinate--CoA ligase (ADP-forming)  44.19 
 
 
393 aa  306  5.0000000000000004e-82  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.766366  hitchhiker  0.00547287 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0815  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.87 
 
 
389 aa  306  5.0000000000000004e-82  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0869  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.92 
 
 
386 aa  305  7e-82  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7987  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.19 
 
 
392 aa  305  8.000000000000001e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1703  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.39 
 
 
388 aa  305  9.000000000000001e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.213189  normal  0.378528 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.15 
 
 
388 aa  305  1.0000000000000001e-81  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0845354  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.21 
 
 
392 aa  305  1.0000000000000001e-81  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0247  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  42.93 
 
 
388 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4203  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.41 
 
 
392 aa  304  2.0000000000000002e-81  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0101731 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0932  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.36 
 
 
389 aa  304  2.0000000000000002e-81  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0079  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.83 
 
 
397 aa  303  3.0000000000000004e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28160  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  44.78 
 
 
390 aa  303  4.0000000000000003e-81  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4707  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.25 
 
 
387 aa  303  4.0000000000000003e-81  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3999  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.94 
 
 
411 aa  303  4.0000000000000003e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00455857  normal  0.284515 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4359  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.82 
 
 
403 aa  303  4.0000000000000003e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.129325 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4327  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.25 
 
 
387 aa  303  4.0000000000000003e-81  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4413  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.25 
 
 
387 aa  303  4.0000000000000003e-81  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0284627  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4682  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.73 
 
 
386 aa  302  5.000000000000001e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.21216  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.82 
 
 
397 aa  302  6.000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5927  malate--CoA ligase subunit beta  44.16 
 
 
395 aa  302  7.000000000000001e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.298211 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4684  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.01 
 
 
386 aa  302  7.000000000000001e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4117  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  44.27 
 
 
395 aa  302  8.000000000000001e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5980  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.68 
 
 
388 aa  301  9e-81  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0440177  normal  0.150808 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0338  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.25 
 
 
390 aa  301  1e-80  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.210616  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0072  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.26 
 
 
386 aa  301  1e-80  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.442706 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0776  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.76 
 
 
392 aa  301  1e-80  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3292  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.41 
 
 
389 aa  300  2e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.251012  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.58 
 
 
397 aa  300  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426035  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0967  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.58 
 
 
397 aa  300  2e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6508  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.99 
 
 
389 aa  300  2e-80  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0623  succinyl-CoA synthetase subunit beta  40.76 
 
 
392 aa  300  2e-80  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.420642  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2488  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.35 
 
 
386 aa  299  4e-80  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000281864  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3953  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.01 
 
 
386 aa  300  4e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1265  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.39 
 
 
400 aa  299  6e-80  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0200943  normal  0.595801 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3392  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.33 
 
 
386 aa  299  6e-80  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4047  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.33 
 
 
386 aa  299  6e-80  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.93 
 
 
388 aa  298  8e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0275  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.93 
 
 
388 aa  298  8e-80  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0975  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.93 
 
 
388 aa  298  8e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2401  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.93 
 
 
388 aa  298  8e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2675  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.93 
 
 
388 aa  298  8e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0014  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.93 
 
 
388 aa  298  8e-80  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0817  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.93 
 
 
388 aa  298  8e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.357003  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04270  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.88 
 
 
389 aa  298  1e-79  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1211  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  40.9 
 
 
399 aa  298  1e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.773586  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4693  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  42.5 
 
 
407 aa  298  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0453308 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0319  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  43.49 
 
 
382 aa  298  2e-79  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09090  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.8 
 
 
389 aa  297  2e-79  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0194467  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1341  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  44.1 
 
 
387 aa  297  3e-79  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.171512  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1625  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  43.5 
 
 
398 aa  296  3e-79  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.357974  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4870  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43.85 
 
 
387 aa  297  3e-79  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.324541 
 
 
-
 
NC_002978  WD1210  succinyl-CoA synthetase subunit beta  43 
 
 
383 aa  296  4e-79  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3934  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.9 
 
 
386 aa  296  4e-79  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000073061  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0443  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.67 
 
 
389 aa  296  4e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.881223 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2037  succinyl-CoA synthetase subunit beta  41.6 
 
 
387 aa  296  4e-79  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.325125  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43950  succinyl-CoA synthetase subunit beta  42.46 
 
 
388 aa  296  5e-79  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0993593  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>