More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_3292 on replicon NC_010681
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2570  succinyl-CoA synthetase subunit beta  90.46 
 
 
388 aa  674    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3292  succinyl-CoA synthetase subunit beta  100 
 
 
389 aa  778    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.251012  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0014  succinyl-CoA synthetase subunit beta  91.75 
 
 
388 aa  681    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0554  succinyl-CoA synthetase subunit beta  87.11 
 
 
388 aa  643    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0474  succinyl-CoA synthetase subunit beta  85.57 
 
 
388 aa  635    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0275  succinyl-CoA synthetase subunit beta  91.75 
 
 
388 aa  681    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0817  succinyl-CoA synthetase subunit beta  91.75 
 
 
388 aa  681    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.357003  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0530  succinyl-CoA synthetase subunit beta  85.82 
 
 
389 aa  634    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00340695  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0975  succinyl-CoA synthetase subunit beta  91.75 
 
 
388 aa  681    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  91.75 
 
 
388 aa  681    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5976  succinyl-CoA synthetase subunit beta  89.95 
 
 
388 aa  672    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0679423 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0646  succinyl-CoA synthetase subunit beta  92.27 
 
 
388 aa  684    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.017874  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2675  succinyl-CoA synthetase subunit beta  91.75 
 
 
388 aa  681    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0674  succinyl-CoA synthetase subunit beta  98.97 
 
 
389 aa  772    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0653  succinyl-CoA synthetase subunit beta  90.72 
 
 
388 aa  676    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2401  succinyl-CoA synthetase subunit beta  91.75 
 
 
388 aa  681    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2038  succinyl-CoA synthetase subunit beta  90.21 
 
 
388 aa  672    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2696  succinyl-CoA synthetase subunit beta  90.46 
 
 
388 aa  674    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2649  succinyl-CoA synthetase subunit beta  90.21 
 
 
388 aa  672    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2678  succinyl-CoA synthetase subunit beta  90.21 
 
 
388 aa  672    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.406945  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0443  succinyl-CoA synthetase subunit beta  94.15 
 
 
389 aa  693    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.881223 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0458  succinyl-CoA synthetase subunit beta  85.31 
 
 
388 aa  633  1e-180  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.539778  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0469  succinyl-CoA synthetase subunit beta  84.28 
 
 
388 aa  632  1e-180  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1831  succinyl-CoA synthetase subunit beta  78.61 
 
 
389 aa  588  1e-167  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.410462  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1547  succinyl-CoA synthetase subunit beta  77.93 
 
 
389 aa  587  1e-166  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00163339  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4682  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.82 
 
 
386 aa  573  1.0000000000000001e-162  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.21216  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0495  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  76.56 
 
 
386 aa  568  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000993882 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2699  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  76.56 
 
 
386 aa  568  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0793427 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0919  succinyl-CoA synthetase subunit beta  75.26 
 
 
386 aa  569  1e-161  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3364  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.3 
 
 
386 aa  564  1e-160  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3945  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.2 
 
 
388 aa  564  1e-160  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.385374  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0869  succinyl-CoA synthetase subunit beta  76.04 
 
 
386 aa  559  1e-158  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3953  succinyl-CoA synthetase subunit beta  75.52 
 
 
386 aa  558  1e-158  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4047  succinyl-CoA synthetase subunit beta  74.74 
 
 
386 aa  556  1e-157  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3392  succinyl-CoA synthetase subunit beta  74.74 
 
 
386 aa  556  1e-157  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5192  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  75.26 
 
 
388 aa  553  1e-156  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0072  succinyl-CoA synthetase subunit beta  77.27 
 
 
386 aa  553  1e-156  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.442706 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4684  succinyl-CoA synthetase subunit beta  75 
 
 
386 aa  553  1e-156  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.54 
 
 
386 aa  540  9.999999999999999e-153  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.28 
 
 
386 aa  538  9.999999999999999e-153  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.36 
 
 
386 aa  530  1e-149  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000279608  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.36 
 
 
386 aa  531  1e-149  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000356944  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.36 
 
 
386 aa  530  1e-149  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000022371  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3595  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.36 
 
 
386 aa  530  1e-149  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000384481  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3883  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.36 
 
 
386 aa  530  1e-149  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000224565  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4482  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  69.35 
 
 
389 aa  530  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3974  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.36 
 
 
386 aa  531  1e-149  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000205327  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3934  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.1 
 
 
386 aa  529  1e-149  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000073061  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2488  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.1 
 
 
386 aa  529  1e-149  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000281864  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1309  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.1 
 
 
386 aa  528  1e-149  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000115042  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2730  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  71.5 
 
 
388 aa  526  1e-148  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.150685 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3659  succinyl-CoA synthetase subunit beta  66.58 
 
 
386 aa  523  1e-147  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000717596  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1996  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  65.43 
 
 
398 aa  511  1e-144  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  63.02 
 
 
389 aa  508  1e-143  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  63.35 
 
 
388 aa  499  1e-140  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0845354  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  63.45 
 
 
384 aa  495  1e-139  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  62.5 
 
 
388 aa  495  1e-139  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1211  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  60.66 
 
 
399 aa  486  1e-136  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.773586  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1304  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.78 
 
 
388 aa  486  1e-136  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00442695  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1329  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.78 
 
 
388 aa  486  1e-136  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4359  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60.66 
 
 
403 aa  479  1e-134  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.129325 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0559  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.94 
 
 
397 aa  477  1e-133  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0079  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.69 
 
 
397 aa  474  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0967  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.19 
 
 
397 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.19 
 
 
397 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426035  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0920  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.94 
 
 
398 aa  469  1.0000000000000001e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492661  normal  0.231916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0154  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.39 
 
 
400 aa  466  9.999999999999999e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306338  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.21 
 
 
392 aa  461  1e-129  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0620  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.7 
 
 
389 aa  462  1e-129  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000105579  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0497  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.18 
 
 
391 aa  463  1e-129  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.892207 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2261  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  60.88 
 
 
386 aa  462  1e-129  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139479  hitchhiker  0.0000000854981 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0176  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59 
 
 
426 aa  462  1e-129  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135845  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1926  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.04 
 
 
398 aa  459  9.999999999999999e-129  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1855  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.04 
 
 
398 aa  459  9.999999999999999e-129  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.965079  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0393  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.93 
 
 
398 aa  459  9.999999999999999e-129  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268228  normal  0.21905 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0607  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.18 
 
 
390 aa  458  9.999999999999999e-129  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.409556  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0023  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.43 
 
 
398 aa  460  9.999999999999999e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3486  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  61.2 
 
 
388 aa  457  1e-127  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.333849  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0229  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.9 
 
 
399 aa  457  1e-127  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.370858 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1644  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.38 
 
 
398 aa  455  1e-127  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.443341  normal  0.47315 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1625  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.27 
 
 
398 aa  456  1e-127  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.357974  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0931  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.19 
 
 
398 aa  457  1e-127  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1911  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2069  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  60.36 
 
 
387 aa  456  1e-127  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000114412  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0155  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  61.2 
 
 
388 aa  457  1e-127  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.573103  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1926  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.38 
 
 
398 aa  454  1e-127  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15774  normal  0.826279 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0280  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.67 
 
 
398 aa  454  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0625888 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0193  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.58 
 
 
399 aa  455  1e-127  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0490  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.38 
 
 
410 aa  457  1e-127  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5147  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  60.93 
 
 
390 aa  455  1e-127  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.710728  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2162  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.36 
 
 
398 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23107  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1464  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  60.31 
 
 
392 aa  453  1.0000000000000001e-126  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1586  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.12 
 
 
398 aa  453  1.0000000000000001e-126  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991981  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0338  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.44 
 
 
390 aa  453  1.0000000000000001e-126  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.210616  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0776  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.44 
 
 
392 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3170  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.49 
 
 
399 aa  451  1.0000000000000001e-126  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2789  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  60.31 
 
 
392 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.799374 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3514  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.68 
 
 
397 aa  453  1.0000000000000001e-126  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.764048  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0186  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.68 
 
 
398 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.984943  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4693  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.69 
 
 
407 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0453308 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3605  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.11 
 
 
410 aa  454  1.0000000000000001e-126  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.194047  normal  0.127689 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>