More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_0247 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_0247  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  100 
 
 
388 aa  782    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0260  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.92 
 
 
386 aa  455  1e-127  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0245  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.92 
 
 
386 aa  455  1e-127  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000419135 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1058  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.55 
 
 
385 aa  449  1e-125  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0161245  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0729  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.81 
 
 
385 aa  448  1e-125  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000827995  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2717  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.33 
 
 
387 aa  447  1.0000000000000001e-124  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3998  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.55 
 
 
387 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0030268  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1716  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.44 
 
 
394 aa  424  1e-117  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.65 
 
 
386 aa  400  9.999999999999999e-111  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  49.87 
 
 
389 aa  395  1e-109  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.13 
 
 
386 aa  392  1e-108  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  49.61 
 
 
384 aa  387  1e-106  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.21 
 
 
386 aa  383  1e-105  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000279608  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.21 
 
 
386 aa  383  1e-105  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000022371  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3595  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.21 
 
 
386 aa  383  1e-105  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000384481  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2488  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.95 
 
 
386 aa  384  1e-105  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000281864  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3934  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.48 
 
 
386 aa  384  1e-105  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000073061  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3883  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.21 
 
 
386 aa  383  1e-105  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000224565  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1309  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.48 
 
 
386 aa  383  1e-105  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000115042  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.95 
 
 
386 aa  381  1e-104  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000356944  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3659  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.69 
 
 
386 aa  380  1e-104  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000717596  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3974  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.95 
 
 
386 aa  381  1e-104  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000205327  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.69 
 
 
392 aa  377  1e-103  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0620  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.5 
 
 
389 aa  373  1e-102  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000105579  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  48.7 
 
 
388 aa  372  1e-102  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.52 
 
 
388 aa  371  1e-101  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0845354  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0967  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.07 
 
 
397 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0497  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.95 
 
 
391 aa  370  1e-101  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.892207 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0079  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.07 
 
 
397 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.07 
 
 
397 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426035  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0607  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.41 
 
 
390 aa  368  1e-100  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.409556  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1211  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  45.61 
 
 
399 aa  367  1e-100  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.773586  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1329  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.74 
 
 
388 aa  367  1e-100  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1304  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.74 
 
 
388 aa  367  1e-100  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00442695  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0623  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.68 
 
 
392 aa  365  1e-100  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.420642  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0559  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.07 
 
 
397 aa  368  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0667  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.92 
 
 
391 aa  364  1e-99  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0587  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.27 
 
 
387 aa  363  3e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0425  succinyl-CoA synthase, beta subunit  50.27 
 
 
387 aa  363  3e-99  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.752721  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0776  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.66 
 
 
392 aa  363  4e-99  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0490  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  46.62 
 
 
410 aa  362  8e-99  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4359  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50 
 
 
403 aa  361  9e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.129325 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0338  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.13 
 
 
390 aa  361  1e-98  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.210616  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0597  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.41 
 
 
390 aa  360  2e-98  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3170  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.58 
 
 
399 aa  359  3e-98  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2037  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.37 
 
 
387 aa  360  3e-98  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.325125  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1557  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.41 
 
 
390 aa  360  3e-98  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2117  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.55 
 
 
387 aa  359  4e-98  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0393  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.04 
 
 
398 aa  359  4e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268228  normal  0.21905 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3605  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  45.92 
 
 
410 aa  358  9.999999999999999e-98  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.194047  normal  0.127689 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2162  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  45.92 
 
 
398 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23107  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_002978  WD1210  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.94 
 
 
383 aa  356  3.9999999999999996e-97  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0176  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.52 
 
 
426 aa  356  3.9999999999999996e-97  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135845  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1926  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.94 
 
 
398 aa  356  5e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1855  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.94 
 
 
398 aa  356  5e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.965079  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1040  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  49.62 
 
 
389 aa  355  5.999999999999999e-97  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.401967 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0154  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  44.36 
 
 
400 aa  354  2e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306338  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2250  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  48.04 
 
 
388 aa  354  2e-96  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.655045 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1124  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  45.66 
 
 
398 aa  353  2.9999999999999997e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.101156  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2699  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.39 
 
 
386 aa  353  2.9999999999999997e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0793427 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0495  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  50.39 
 
 
386 aa  353  2.9999999999999997e-96  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000993882 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0599  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.63 
 
 
387 aa  353  2.9999999999999997e-96  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.66 
 
 
397 aa  353  2.9999999999999997e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3223  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  49.62 
 
 
389 aa  353  2.9999999999999997e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.835206  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2789  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  49.23 
 
 
392 aa  352  5e-96  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.799374 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1464  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  49.23 
 
 
392 aa  352  5e-96  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0580  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.37 
 
 
387 aa  352  5.9999999999999994e-96  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2261  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  48.46 
 
 
386 aa  352  7e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139479  hitchhiker  0.0000000854981 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0155  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  48.84 
 
 
388 aa  352  8.999999999999999e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.573103  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7116  malate--CoA ligase subunit beta  47.52 
 
 
392 aa  352  8.999999999999999e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00456682  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3486  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  48.84 
 
 
388 aa  352  8.999999999999999e-96  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.333849  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0023  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.68 
 
 
398 aa  351  1e-95  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4233  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  46.67 
 
 
393 aa  351  1e-95  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.510138  normal  0.149486 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0821  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.29 
 
 
397 aa  351  1e-95  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.97511 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3398  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  48.49 
 
 
404 aa  350  2e-95  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.694638 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0957  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.91 
 
 
389 aa  350  2e-95  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3197  succinyl-CoA synthetase subunit beta  47.62 
 
 
399 aa  350  2e-95  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4693  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  47.83 
 
 
407 aa  350  3e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0453308 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0544  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.55 
 
 
397 aa  350  3e-95  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1801  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.21 
 
 
389 aa  350  3e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.198712  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1740  succinyl-CoA synthase, beta subunit  48.11 
 
 
389 aa  349  4e-95  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  hitchhiker  0.0062076  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6556  malate--CoA ligase subunit beta  47.52 
 
 
392 aa  349  5e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.493154  normal  0.0575552 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0229  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.87 
 
 
399 aa  348  6e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.370858 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1617  succinyl-CoA synthetase subunit beta  45.95 
 
 
388 aa  348  7e-95  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.133966  normal  0.227908 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1889  succinyl-CoA synthetase subunit beta  49.2 
 
 
387 aa  348  7e-95  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0269  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.19 
 
 
389 aa  348  8e-95  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0931  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.68 
 
 
398 aa  348  1e-94  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1911  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0920  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  45.15 
 
 
398 aa  348  1e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492661  normal  0.231916 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2202  succinyl-CoA synthase, beta subunit  46.21 
 
 
388 aa  348  1e-94  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00971799  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2012  succinyl-CoA synthetase subunit beta  46.21 
 
 
388 aa  348  1e-94  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.807548 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3514  succinyl-CoA synthetase subunit beta  44.78 
 
 
397 aa  348  1e-94  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.764048  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1703  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.04 
 
 
388 aa  348  1e-94  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.213189  normal  0.378528 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2069  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  48.21 
 
 
387 aa  347  2e-94  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000114412  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.13 
 
 
388 aa  347  2e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1586  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  46.17 
 
 
398 aa  347  2e-94  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991981  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4684  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.95 
 
 
386 aa  347  2e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4349  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  48.21 
 
 
387 aa  347  2e-94  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.741807  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1625  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  45.98 
 
 
398 aa  347  2e-94  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.357974  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2321  succinyl-CoA synthetase subunit beta  50.13 
 
 
388 aa  347  3e-94  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0456316  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4047  succinyl-CoA synthetase subunit beta  48.56 
 
 
386 aa  346  3e-94  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>