More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0544 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010511  M446_2162  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  79.55 
 
 
398 aa  635    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23107  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0420  succinyl-CoA synthetase subunit beta  92.93 
 
 
399 aa  735    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0186  succinyl-CoA synthetase subunit beta  84.38 
 
 
398 aa  673    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.984943  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0280  succinyl-CoA synthetase subunit beta  83.63 
 
 
398 aa  690    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0625888 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0193  succinyl-CoA synthetase subunit beta  84.6 
 
 
399 aa  695    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0536  succinyl-CoA synthetase subunit beta  83.08 
 
 
399 aa  667    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0544  succinyl-CoA synthetase subunit beta  100 
 
 
397 aa  796    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0393  succinyl-CoA synthetase subunit beta  86.9 
 
 
398 aa  708    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268228  normal  0.21905 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0154  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  79.04 
 
 
400 aa  648    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306338  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1124  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  78.54 
 
 
398 aa  631  1e-180  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.101156  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0920  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  78.09 
 
 
398 aa  630  1e-179  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492661  normal  0.231916 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1926  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  78.28 
 
 
398 aa  619  1e-176  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15774  normal  0.826279 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1644  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  78.28 
 
 
398 aa  620  1e-176  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.443341  normal  0.47315 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1586  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  78.28 
 
 
398 aa  620  1e-176  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991981  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0490  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  77.53 
 
 
410 aa  617  1e-175  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3605  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  73.92 
 
 
410 aa  604  9.999999999999999e-173  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.194047  normal  0.127689 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0967  succinyl-CoA synthetase subunit beta  74.06 
 
 
397 aa  598  1e-170  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0079  succinyl-CoA synthetase subunit beta  74.06 
 
 
397 aa  600  1e-170  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  74.06 
 
 
397 aa  598  1e-170  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426035  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0559  succinyl-CoA synthetase subunit beta  73.05 
 
 
397 aa  592  1e-168  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3514  succinyl-CoA synthetase subunit beta  73.05 
 
 
397 aa  587  1e-166  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.764048  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0229  succinyl-CoA synthetase subunit beta  74.81 
 
 
399 aa  577  1e-164  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.370858 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4127  succinyl-CoA synthetase subunit beta  73.74 
 
 
398 aa  577  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0821  succinyl-CoA synthetase subunit beta  70.78 
 
 
397 aa  575  1.0000000000000001e-163  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.97511 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  70.53 
 
 
397 aa  576  1.0000000000000001e-163  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  72.8 
 
 
398 aa  568  1e-161  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.349199  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3396  succinyl-CoA synthetase subunit beta  71.72 
 
 
397 aa  565  1e-160  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0931  succinyl-CoA synthetase subunit beta  71.79 
 
 
398 aa  563  1.0000000000000001e-159  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1911  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1926  succinyl-CoA synthetase subunit beta  71.28 
 
 
398 aa  560  1e-158  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1855  succinyl-CoA synthetase subunit beta  71.28 
 
 
398 aa  560  1e-158  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.965079  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3170  succinyl-CoA synthetase subunit beta  69.44 
 
 
399 aa  556  1e-157  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0023  succinyl-CoA synthetase subunit beta  70.03 
 
 
398 aa  555  1e-157  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  67.68 
 
 
389 aa  544  1e-153  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3197  succinyl-CoA synthetase subunit beta  70.45 
 
 
399 aa  544  1e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3973  succinyl-CoA synthetase subunit beta  71.28 
 
 
397 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3684  succinyl-CoA synthetase subunit beta  71.03 
 
 
397 aa  530  1e-149  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0176  succinyl-CoA synthetase subunit beta  66.33 
 
 
426 aa  526  1e-148  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.135845  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2819  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  70.2 
 
 
399 aa  520  1e-146  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.867832  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1211  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  65.66 
 
 
399 aa  514  1e-144  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.773586  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1625  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  65.15 
 
 
398 aa  492  9.999999999999999e-139  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.357974  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4359  succinyl-CoA synthetase subunit beta  63.64 
 
 
403 aa  486  1e-136  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.129325 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60.86 
 
 
386 aa  478  1e-134  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60.35 
 
 
386 aa  476  1e-133  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4693  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  62.12 
 
 
407 aa  472  1e-132  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0453308 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3398  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  59.85 
 
 
404 aa  467  9.999999999999999e-131  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.694638 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  61.27 
 
 
384 aa  467  9.999999999999999e-131  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60 
 
 
386 aa  463  1e-129  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000279608  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3934  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.75 
 
 
386 aa  463  1e-129  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000073061  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60 
 
 
386 aa  464  1e-129  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000356944  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60 
 
 
386 aa  463  1e-129  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000022371  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3595  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60 
 
 
386 aa  463  1e-129  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000384481  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3974  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60 
 
 
386 aa  464  1e-129  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000205327  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3883  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60 
 
 
386 aa  463  1e-129  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000224565  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1309  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.75 
 
 
386 aa  463  1e-129  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000115042  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3659  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.24 
 
 
386 aa  459  9.999999999999999e-129  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000717596  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1210  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.07 
 
 
383 aa  461  9.999999999999999e-129  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2488  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.49 
 
 
386 aa  459  9.999999999999999e-129  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000281864  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  59.09 
 
 
388 aa  459  9.999999999999999e-129  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.08 
 
 
388 aa  455  1e-127  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0845354  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4684  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.08 
 
 
386 aa  456  1e-127  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3392  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.83 
 
 
386 aa  454  1.0000000000000001e-126  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4047  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.83 
 
 
386 aa  454  1.0000000000000001e-126  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1304  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.07 
 
 
388 aa  448  1e-125  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00442695  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2699  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.07 
 
 
386 aa  449  1e-125  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0793427 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1329  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.07 
 
 
388 aa  448  1e-125  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0495  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.07 
 
 
386 aa  449  1e-125  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000993882 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0869  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.32 
 
 
386 aa  449  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3945  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.55 
 
 
388 aa  449  1e-125  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.385374  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4682  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.82 
 
 
386 aa  451  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.21216  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1040  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  59.75 
 
 
389 aa  449  1e-125  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.401967 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5192  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  56.31 
 
 
388 aa  447  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2233  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.33 
 
 
388 aa  445  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.159588  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4233  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.72 
 
 
393 aa  447  1.0000000000000001e-124  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.510138  normal  0.149486 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3223  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  59.75 
 
 
389 aa  448  1.0000000000000001e-124  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.835206  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3724  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.33 
 
 
392 aa  446  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.637154  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2321  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.33 
 
 
388 aa  445  1.0000000000000001e-124  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0456316  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2069  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  58.48 
 
 
387 aa  441  1e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000114412  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2261  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  58.48 
 
 
386 aa  443  1e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139479  hitchhiker  0.0000000854981 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.08 
 
 
388 aa  444  1e-123  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3953  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.57 
 
 
386 aa  443  1e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0554  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.77 
 
 
388 aa  438  9.999999999999999e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3486  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.73 
 
 
388 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.333849  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0155  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.73 
 
 
388 aa  440  9.999999999999999e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.573103  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0530  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.48 
 
 
389 aa  435  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00340695  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1464  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.23 
 
 
392 aa  435  1e-121  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2789  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.23 
 
 
392 aa  435  1e-121  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.799374 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0251  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  55.64 
 
 
392 aa  437  1e-121  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2730  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  55.78 
 
 
388 aa  434  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.150685 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  54.39 
 
 
392 aa  432  1e-120  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0497  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.14 
 
 
391 aa  434  1e-120  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.892207 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0674  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.42 
 
 
389 aa  434  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.508619 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2500  succinyl-CoA synthetase subunit beta  53.15 
 
 
388 aa  432  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.680576  normal  0.0920336 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3364  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.56 
 
 
386 aa  429  1e-119  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0919  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.67 
 
 
386 aa  431  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0469  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.48 
 
 
388 aa  431  1e-119  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4482  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  56.57 
 
 
389 aa  429  1e-119  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0957  succinyl-CoA synthetase subunit beta  51.01 
 
 
389 aa  429  1e-119  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0458  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.03 
 
 
388 aa  430  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.539778  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4349  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.23 
 
 
387 aa  429  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.741807  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0474  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.03 
 
 
388 aa  430  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>