More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_1040 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009483  Gura_0155  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  86.82 
 
 
388 aa  674    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.573103  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3486  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  86.82 
 
 
388 aa  674    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.333849  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3223  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  98.46 
 
 
389 aa  782    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.835206  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1040  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  100 
 
 
389 aa  790    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.401967 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2069  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  86.05 
 
 
387 aa  673    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000114412  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2261  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  86.79 
 
 
386 aa  669    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139479  hitchhiker  0.0000000854981 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2789  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  88.37 
 
 
392 aa  686    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.799374 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4349  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  86.56 
 
 
387 aa  665    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.741807  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1464  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  88.11 
 
 
392 aa  686    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.31 
 
 
386 aa  536  1e-151  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000279608  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3687  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.05 
 
 
386 aa  535  1e-151  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000356944  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3577  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.31 
 
 
386 aa  536  1e-151  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000022371  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3595  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.31 
 
 
386 aa  536  1e-151  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000384481  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1309  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.31 
 
 
386 aa  536  1e-151  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000115042  unclonable  2.19314e-25 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3974  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.05 
 
 
386 aa  535  1e-151  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000205327  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3934  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.31 
 
 
386 aa  537  1e-151  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.000073061  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3883  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.31 
 
 
386 aa  536  1e-151  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000224565  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3659  succinyl-CoA synthetase subunit beta  67.53 
 
 
386 aa  531  1e-150  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000717596  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2488  succinyl-CoA synthetase subunit beta  68.05 
 
 
386 aa  533  1e-150  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00000281864  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1099  succinyl-CoA synthetase subunit beta  66.49 
 
 
386 aa  532  1e-150  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.367484  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1992  succinyl-CoA synthetase subunit beta  65.45 
 
 
386 aa  521  1e-146  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1329  succinyl-CoA synthetase subunit beta  62.89 
 
 
388 aa  516  1.0000000000000001e-145  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1304  succinyl-CoA synthetase subunit beta  62.89 
 
 
388 aa  516  1.0000000000000001e-145  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00442695  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0813  succinyl-CoA synthetase subunit beta  63.14 
 
 
388 aa  511  1e-144  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0845354  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1747  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  65.45 
 
 
388 aa  513  1e-144  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.655584  normal  0.0712805 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1375  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  64.94 
 
 
384 aa  508  1e-143  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1452  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  62.72 
 
 
389 aa  503  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567076  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1211  succinyl-CoA synthetase (ADP-forming) beta subunit  63.41 
 
 
399 aa  501  1e-141  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.773586  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3514  succinyl-CoA synthetase subunit beta  62.12 
 
 
397 aa  491  1e-137  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.764048  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0967  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60.51 
 
 
397 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60.51 
 
 
397 aa  485  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.426035  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0079  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60.76 
 
 
397 aa  486  1e-136  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0559  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.87 
 
 
397 aa  487  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.335681 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2878  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.11 
 
 
397 aa  484  1e-135  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1625  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  61.31 
 
 
398 aa  479  1e-134  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.357974  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4684  succinyl-CoA synthetase subunit beta  63.9 
 
 
386 aa  477  1e-133  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3392  succinyl-CoA synthetase subunit beta  63.9 
 
 
386 aa  474  1e-132  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0821  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.6 
 
 
397 aa  473  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.97511 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4359  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60.96 
 
 
403 aa  472  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.129325 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4047  succinyl-CoA synthetase subunit beta  63.9 
 
 
386 aa  474  1e-132  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0490  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  60.65 
 
 
410 aa  470  1.0000000000000001e-131  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.08 
 
 
392 aa  467  9.999999999999999e-131  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0919  succinyl-CoA synthetase subunit beta  63.38 
 
 
386 aa  465  9.999999999999999e-131  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0420  succinyl-CoA synthetase subunit beta  60.9 
 
 
399 aa  467  9.999999999999999e-131  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.63284  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0280  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.54 
 
 
398 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0625888 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0920  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  60.55 
 
 
398 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.492661  normal  0.231916 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0193  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.15 
 
 
399 aa  466  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0393  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.99 
 
 
398 aa  466  9.999999999999999e-131  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.268228  normal  0.21905 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0154  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  59.4 
 
 
400 aa  463  1e-129  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.306338  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2321  succinyl-CoA synthetase subunit beta  62.11 
 
 
388 aa  464  1e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0456316  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2162  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  60.25 
 
 
398 aa  463  1e-129  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.23107  normal  0.201717 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0497  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.82 
 
 
391 aa  463  1e-129  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.892207 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0338  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.95 
 
 
390 aa  461  1e-129  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.210616  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1627  succinyl-CoA synthetase subunit beta  62.11 
 
 
388 aa  463  1e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0023  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.55 
 
 
398 aa  462  1e-129  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0544  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.01 
 
 
397 aa  463  1e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0776  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.65 
 
 
392 aa  462  1e-129  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0607  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.97 
 
 
390 aa  464  1e-129  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.409556  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2233  succinyl-CoA synthetase subunit beta  62.11 
 
 
388 aa  464  1e-129  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.159588  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1124  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  60 
 
 
398 aa  459  9.999999999999999e-129  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.101156  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1210  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.18 
 
 
383 aa  461  9.999999999999999e-129  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0931  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.73 
 
 
398 aa  459  9.999999999999999e-129  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.1911  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0495  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  62.34 
 
 
386 aa  459  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000993882 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0536  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.15 
 
 
399 aa  461  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2699  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  62.34 
 
 
386 aa  459  9.999999999999999e-129  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0793427 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0667  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.49 
 
 
391 aa  460  9.999999999999999e-129  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3953  succinyl-CoA synthetase subunit beta  63.38 
 
 
386 aa  459  9.999999999999999e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4693  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  60.41 
 
 
407 aa  457  1e-127  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.298599  normal  0.0453308 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3605  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.73 
 
 
410 aa  457  1e-127  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.194047  normal  0.127689 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1996  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  61.44 
 
 
398 aa  454  1e-127  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5192  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  61.86 
 
 
388 aa  456  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0186  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.79 
 
 
398 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.984943  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0623  succinyl-CoA synthetase subunit beta  57.91 
 
 
392 aa  455  1e-127  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.420642  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1926  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.23 
 
 
398 aa  453  1.0000000000000001e-126  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1855  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.23 
 
 
398 aa  453  1.0000000000000001e-126  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.965079  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3197  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.65 
 
 
399 aa  452  1.0000000000000001e-126  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3666  malate--CoA ligase subunit beta  58.51 
 
 
392 aa  450  1e-125  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.127325  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2943  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.29 
 
 
398 aa  450  1e-125  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.349199  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3398  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  56.85 
 
 
404 aa  449  1e-125  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.694638 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1557  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.98 
 
 
390 aa  451  1e-125  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0229  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.65 
 
 
399 aa  450  1e-125  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.370858 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1586  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  59.24 
 
 
398 aa  450  1e-125  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991981  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0530  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.97 
 
 
389 aa  448  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00340695  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4682  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.04 
 
 
386 aa  448  1e-125  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.21216  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2730  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  62.27 
 
 
388 aa  449  1e-125  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.150685 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2547  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.31 
 
 
391 aa  451  1e-125  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.130475 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0597  succinyl-CoA synthetase subunit beta  55.98 
 
 
390 aa  451  1e-125  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2184  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.44 
 
 
387 aa  449  1e-125  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0808  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  57.66 
 
 
386 aa  446  1.0000000000000001e-124  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0554  succinyl-CoA synthetase subunit beta  62.23 
 
 
388 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1644  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.99 
 
 
398 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.443341  normal  0.47315 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4127  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.29 
 
 
398 aa  445  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1926  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  58.99 
 
 
398 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.15774  normal  0.826279 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7116  malate--CoA ligase subunit beta  57.22 
 
 
392 aa  446  1.0000000000000001e-124  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.00456682  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4482  succinyl-CoA synthetase, beta subunit  59.9 
 
 
389 aa  446  1.0000000000000001e-124  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0245  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.99 
 
 
386 aa  445  1.0000000000000001e-124  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000419135 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0260  succinyl-CoA synthetase subunit beta  56.99 
 
 
386 aa  445  1.0000000000000001e-124  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3170  succinyl-CoA synthetase subunit beta  58.4 
 
 
399 aa  443  1e-123  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3945  succinyl-CoA synthetase subunit beta  61.76 
 
 
388 aa  444  1e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.385374  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0674  succinyl-CoA synthetase subunit beta  59.64 
 
 
389 aa  444  1e-123  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.508619 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>