30 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_4259 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_4562  exopolygalacturonate lyase  96.37 
 
 		 744 aa  1479    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4134  Pectate disaccharide-lyase  63.28 
 
 		 700 aa  895    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.275523  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4259  exopolygalacturonate lyase  100 
 
 		 744 aa  1527    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4196  exopolygalacturonate lyase  74.62 
 
 		 734 aa  1124    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3996  exopolygalacturonate lyase  74.49 
 
 		 734 aa  1145    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000914  putative exopolygalacturonate lyase  46.65 
 
 		 742 aa  634  1e-180  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0079  cell wall/surface repeat protein  37.92 
 
 		 750 aa  216  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1855  Pectate disaccharide-lyase  36.39 
 
 		 653 aa  202  1.9999999999999998e-50  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3869  fibronectin type III domain-containing protein  27.94 
 
 		 1431 aa  199  1.0000000000000001e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.849627  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1008  Pectate disaccharide-lyase  36.75 
 
 		 540 aa  195  3e-48  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4828  Ricin B lectin  36.14 
 
 		 576 aa  189  1e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26480  hypothetical protein  26.85 
 
 		 907 aa  187  9e-46  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.178741  normal  0.268207 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1888  hypothetical protein  33.33 
 
 		 616 aa  177  9e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1612  Pectate lyase/Amb allergen  36.33 
 
 		 1409 aa  162  3e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2179  Pectate lyase/Amb allergen  35.88 
 
 		 922 aa  142  1.9999999999999998e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2390  hypothetical protein  33.73 
 
 		 489 aa  129  2.0000000000000002e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.520688  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_02537  pectate lyase (Eurofung)  33.12 
 
 		 410 aa  125  4e-27  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1887  hypothetical protein  31.12 
 
 		 426 aa  120  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.164459  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1528  Parallel beta-helix repeat protein  31.79 
 
 		 425 aa  119  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2919  hypothetical protein  30.65 
 
 		 338 aa  114  6e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000462284  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2946  hypothetical protein  29.38 
 
 		 733 aa  110  1e-22  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  unclonable  0.0000000153655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0852  pectate lyase  30.18 
 
 		 415 aa  101  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0125727 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1773  pectate lyase  29.51 
 
 		 437 aa  99.4  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3576  hemolysin-type calcium-binding region  31.06 
 
 		 547 aa  98.6  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.996068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2045  pectate lyase  29.23 
 
 		 437 aa  95.9  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2305  pectate lyase  29.11 
 
 		 439 aa  94  1e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.708632  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1931  Pectate lyase  28.12 
 
 		 458 aa  85.9  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.24321  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2204  pectate lyase  29.87 
 
 		 439 aa  85.1  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.748809  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3056  RNA polymerase, sigma-24 subunit, ECF subfamily  26.96 
 
 		 694 aa  80.1  0.0000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.630514  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3575  pectate lyase L precursor  25.88 
 
 		 491 aa  60.5  0.0000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>