More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3426 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_3426  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 313 aa  622  1e-177  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.525736  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0916  periplasmic solute binding protein  84.56 
 
 		 307 aa  473  1e-132  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.357489  normal  0.451592 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4557  periplasmic solute binding protein  68.91 
 
 		 304 aa  419  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.667309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0928  periplasmic solute binding protein  67.22 
 
 		 305 aa  404  1e-111  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.664518  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4830  periplasmic solute binding protein  67 
 
 		 294 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0845  periplasmic solute binding protein  68.79 
 
 		 289 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0688938 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1341  ABC transporter substrate-binding protein  62.38 
 
 		 291 aa  343  2.9999999999999997e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.328207 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2656  periplasmic solute binding protein  56.99 
 
 		 301 aa  327  1.0000000000000001e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.149358 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2898  periplasmic solute binding protein  57.4 
 
 		 301 aa  323  3e-87  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.910422  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4709  periplasmic solute binding protein  56.81 
 
 		 321 aa  322  4e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.150845 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5737  periplasmic solute binding protein  52.51 
 
 		 302 aa  317  2e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3101  periplasmic solute binding protein  52.15 
 
 		 309 aa  308  6.999999999999999e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624143  normal  0.191751 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  53.12 
 
 		 316 aa  306  3e-82  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2875  periplasmic solute binding protein  51.82 
 
 		 309 aa  306  3e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.279263  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2998  periplasmic solute binding protein  53.51 
 
 		 311 aa  296  2e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0528665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5591  periplasmic solute binding protein  56.07 
 
 		 339 aa  295  6e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.462365  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2784  periplasmic solute binding protein  48.2 
 
 		 301 aa  275  8e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.199172  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2472  periplasmic solute binding protein  45.63 
 
 		 311 aa  275  1.0000000000000001e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1972  periplasmic solute binding protein  45.91 
 
 		 303 aa  272  6e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1597  periplasmic solute binding protein  50.51 
 
 		 309 aa  265  7e-70  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0467055 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3176  periplasmic solute binding protein  44.71 
 
 		 292 aa  263  3e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5661  periplasmic solute binding protein  45.88 
 
 		 291 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1142  periplasmic solute binding protein  49.1 
 
 		 307 aa  262  6e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.987303  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0220  periplasmic solute binding protein  45.66 
 
 		 333 aa  260  3e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.732372  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2368  periplasmic solute binding protein  47.27 
 
 		 298 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000358992  normal  0.572392 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  42.16 
 
 		 315 aa  259  5.0000000000000005e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3681  periplasmic solute binding protein  43.46 
 
 		 292 aa  259  6e-68  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3532  periplasmic solute binding protein  42.48 
 
 		 292 aa  256  3e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2227  periplasmic solute binding protein  45.17 
 
 		 327 aa  254  2.0000000000000002e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.82387 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0703  periplasmic solute binding protein  44.73 
 
 		 292 aa  253  4.0000000000000004e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.326839  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0653  periplasmic solute binding protein  43.27 
 
 		 292 aa  250  2e-65  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3500  periplasmic solute binding protein  50.72 
 
 		 312 aa  248  8e-65  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.639001  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2635  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  45.09 
 
 		 298 aa  247  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0828517  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2051  periplasmic solute binding protein  39.54 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0478383  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1062  ABC transporter substrate binding protein  43.68 
 
 		 298 aa  243  1.9999999999999999e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.861783  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1123  periplasmic solute binding protein  44.73 
 
 		 292 aa  243  3e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000000244311  unclonable  0.0000000116493 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0180  periplasmic solute binding protein  40.8 
 
 		 301 aa  236  4e-61  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.946938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3392  periplasmic solute binding protein  46.6 
 
 		 320 aa  234  1.0000000000000001e-60  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00563427  normal  0.0658085 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0623  periplasmic solute binding protein  43.58 
 
 		 299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.917925 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0678  periplasmic solute binding protein  43.19 
 
 		 299 aa  232  7.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0630556 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3560  periplasmic solute binding protein  41.98 
 
 		 307 aa  229  6e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.24573 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1312  periplasmic solute binding protein  41.09 
 
 		 306 aa  204  2e-51  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3262  periplasmic solute binding protein  34.19 
 
 		 341 aa  195  1e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.0000710757  normal  0.410992 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_0037  ABC transporter substrate-binding protein  36.15 
 
 		 321 aa  192  8e-48  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_06571  ABC transporter substrate-binding protein  34.8 
 
 		 321 aa  189  4e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.140221  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1919  periplasmic solute binding protein  33 
 
 		 304 aa  188  9e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00461225  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2064  periplasmic solute binding protein  34.38 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3553  periplasmic solute binding protein  38.11 
 
 		 306 aa  186  3e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.00157548  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7253  periplasmic solute binding protein  38.11 
 
 		 346 aa  186  4e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0518447  normal  0.0520295 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2211  periplasmic solute binding protein  33.69 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00443052  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0534  periplasmic solute binding protein  36.69 
 
 		 293 aa  185  8e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3170  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  33.01 
 
 		 304 aa  183  3e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.857236  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3171  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.91 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.866924 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3014  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.91 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0700149 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3066  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.91 
 
 		 305 aa  183  4.0000000000000006e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal  0.0719754 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1207  periplasmic solute binding protein  35.89 
 
 		 324 aa  182  5.0000000000000004e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.773922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3050  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.59 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0195762 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2983  periplasmic chelated iron-binding protein YfeA  32.59 
 
 		 305 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1010  ABC transporter substrate-binding protein  36.49 
 
 		 310 aa  181  1e-44  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.172647  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2141  periplasmic solute binding protein  34.58 
 
 		 315 aa  181  1e-44  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2914  periplasmic solute binding protein  34.47 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0084  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  32.68 
 
 		 304 aa  180  2e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.224306  hitchhiker  0.0000000789185 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3452  periplasmic solute binding protein  33.66 
 
 		 310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.593558  normal  0.669669 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1612  iron/manganese transport system periplasmic binding protein SitA  33.45 
 
 		 294 aa  178  9e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0432091  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3402  periplasmic solute binding protein  35.42 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.832439 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  33.23 
 
 		 328 aa  177  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1815  periplasmic solute binding protein  34.56 
 
 		 322 aa  176  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.566125  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1705  chelated iron ABC transporter, periplasmic iron binding protein YfeA  34.06 
 
 		 311 aa  176  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2630  periplasmic-binding protein  34.06 
 
 		 322 aa  176  6e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00574815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0328  chelated iron ABC transporter, periplasmic-binding protein  32.37 
 
 		 286 aa  176  6e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.00000000651268  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3624  periplasmic solute binding protein  37.66 
 
 		 303 aa  176  6e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2176  periplasmic solute binding protein  37.41 
 
 		 320 aa  175  9.999999999999999e-43  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3280  periplasmic solute binding protein  32.25 
 
 		 326 aa  173  2.9999999999999996e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.956978  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1141  periplasmic solute binding protein  40.07 
 
 		 310 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1591  periplasmic solute binding protein  47.54 
 
 		 497 aa  172  5e-42  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1111  periplasmic solute binding protein  31.77 
 
 		 303 aa  172  5e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1258  periplasmic solute binding protein  44.98 
 
 		 494 aa  172  6.999999999999999e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00438687  decreased coverage  0.000164305 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3728  periplasmic solute binding protein  37.89 
 
 		 303 aa  172  9e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  35.87 
 
 		 309 aa  172  9e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_18691  ABC transporter substrate-binding protein  33.1 
 
 		 287 aa  170  2e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.349553 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1488  ABC transporter substrate-binding protein  36.21 
 
 		 337 aa  170  3e-41  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.520647  normal  0.191838 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1601  periplasmic solute binding protein  33.75 
 
 		 325 aa  169  4e-41  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3625  periplasmic solute binding protein  32.03 
 
 		 326 aa  169  4e-41  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13190  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  34.7 
 
 		 320 aa  167  1e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0992578  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0843  periplasmic solute-binding protein  32.13 
 
 		 344 aa  168  1e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.620273  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1259  periplasmic solute binding protein  34.03 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3698  periplasmic solute binding protein  32.37 
 
 		 300 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3634  periplasmic solute binding protein  30.85 
 
 		 311 aa  167  2e-40  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2600  periplasmic solute binding protein  32.01 
 
 		 316 aa  167  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1311  iron chelate ABC transporter, periplasmic iron chelate-binding protein  31.33 
 
 		 302 aa  167  2e-40  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2133  periplasmic solute binding protein  33.93 
 
 		 314 aa  166  2.9999999999999998e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.501771 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1663  putative ABC transporter substrate-binding protein  33.55 
 
 		 311 aa  166  5e-40  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.315809  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1724  periplasmic solute binding protein  36.97 
 
 		 309 aa  166  5e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.147475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2067  manganese ABC transporter substrate-binding lipoprotein  29.74 
 
 		 311 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3218  periplasmic solute binding protein  31.02 
 
 		 371 aa  165  6.9999999999999995e-40  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0863891  normal  0.580114 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2043  periplasmic solute binding protein  35.19 
 
 		 353 aa  165  8e-40  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.0000010108  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0297  periplasmic solute binding protein  33.68 
 
 		 316 aa  165  9e-40  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0234277  normal  0.0497295 
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0036  adhesion lipoprotein  28.9 
 
 		 311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0129637  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3189  adhesion lipoprotein  31.21 
 
 		 311 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0953  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  32.17 
 
 		 313 aa  164  1.0000000000000001e-39  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>