More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ndas_2436 on replicon NC_014210
Organism: Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014210  Ndas_2436  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  100 
 
 
319 aa  605  9.999999999999999e-173  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.014581  normal  0.339712 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0405  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  55.28 
 
 
315 aa  287  2e-76  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0956264  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10990  threonine dehydratase  57.01 
 
 
330 aa  286  4e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2084  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  47.53 
 
 
332 aa  273  3e-72  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.432383  normal  0.0544348 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2761  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.75 
 
 
311 aa  269  4e-71  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0379414  normal  0.53534 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2731  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.75 
 
 
311 aa  269  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.437553  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2775  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  53.75 
 
 
311 aa  269  5.9999999999999995e-71  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.256575  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3022  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  51.68 
 
 
319 aa  268  1e-70  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.380289  normal  0.480541 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4527  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  58.13 
 
 
314 aa  265  8.999999999999999e-70  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00201756 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4423  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  54.18 
 
 
343 aa  261  8.999999999999999e-69  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4106  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  56.43 
 
 
316 aa  261  1e-68  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.14297  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3301  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  51.56 
 
 
317 aa  259  5.0000000000000005e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0872906  normal  0.454353 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5038  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  51.89 
 
 
316 aa  248  7e-65  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09310  threonine dehydratase  41.05 
 
 
403 aa  233  3e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000321864  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3597  threonine dehydratase  45.82 
 
 
403 aa  228  8e-59  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.35441  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3556  threonine dehydratase  47.37 
 
 
403 aa  222  7e-57  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.597428  normal  0.136455 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3448  L-threonine ammonia-lyase  47.06 
 
 
403 aa  219  7e-56  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2749  serine/threonine dehydratase  42.41 
 
 
329 aa  216  2.9999999999999998e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.976068  normal  0.188122 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3529  threonine dehydratase  46.13 
 
 
403 aa  214  9.999999999999999e-55  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.10963  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0097  threonine dehydratase  40.92 
 
 
405 aa  212  7.999999999999999e-54  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0175  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  43.03 
 
 
320 aa  210  2e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.165744  normal  0.392847 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4000  serine/threonine dehydratase  43.48 
 
 
325 aa  209  6e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4113  serine/threonine dehydratase  43.48 
 
 
325 aa  209  6e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.559381  normal  0.528842 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1062  threonine dehydratase  37.74 
 
 
402 aa  208  1e-52  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0280706  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4359  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  44.58 
 
 
321 aa  207  2e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1474  threonine dehydratase  41.8 
 
 
403 aa  204  2e-51  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0996  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.86 
 
 
338 aa  202  7e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.100397  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6209  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.71 
 
 
319 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0577806 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3920  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.24 
 
 
315 aa  201  9.999999999999999e-51  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.903955  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2700  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.29 
 
 
321 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.420698 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4366  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  39.43 
 
 
315 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1722  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.26 
 
 
320 aa  197  2.0000000000000003e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4119  threonine dehydratase catabolic  46.6 
 
 
319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.270071  normal  0.0644551 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3309  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  38.46 
 
 
319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0279719  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6145  threonine dehydratase  44.31 
 
 
323 aa  197  3e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1143  threonine dehydratase  37.65 
 
 
400 aa  196  5.000000000000001e-49  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0103  threonine dehydratase  39.05 
 
 
401 aa  196  6e-49  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0145026  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2979  threonine dehydratase  43.21 
 
 
415 aa  196  6e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1494  threonine dehydratase  35.19 
 
 
404 aa  196  6e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4417  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.13 
 
 
323 aa  196  6e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.936913  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS04793  serine/threonine dehydratase  42.55 
 
 
323 aa  195  7e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.0296686 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1057  threonine dehydratase  44.92 
 
 
402 aa  195  7e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0305  serine/threonine dehydratase  39.87 
 
 
322 aa  195  9e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.333559 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1014  threonine dehydratase  35.91 
 
 
403 aa  194  1e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2122  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.43 
 
 
332 aa  194  1e-48  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.113848  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0944  threonine dehydratase  38.68 
 
 
395 aa  194  1e-48  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.463198  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1181  threonine dehydratase  36.05 
 
 
402 aa  194  2e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000071198  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3519  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.18 
 
 
339 aa  194  2e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  hitchhiker  0.00283546  normal  0.133146 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1368  threonine dehydratase  35.02 
 
 
402 aa  193  4e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0833542  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0945  threonine dehydratase  40.13 
 
 
418 aa  192  5e-48  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5805  threonine dehydratase  45.59 
 
 
323 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6169  threonine dehydratase  45.59 
 
 
323 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0794807  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3081  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  38.22 
 
 
320 aa  191  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.0664641 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3217  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  44.1 
 
 
324 aa  191  1e-47  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.555071  normal  0.861719 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5562  L-threonine ammonia-lyase  42.9 
 
 
329 aa  191  2e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.653465 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0647  L-threonine ammonia-lyase  45.23 
 
 
330 aa  191  2e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2603  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  37.03 
 
 
320 aa  191  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.000516286  normal  0.900765 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3215  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  40.18 
 
 
324 aa  191  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.338181  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0888  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  37.18 
 
 
324 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.520177 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0722  threonine ammonia-lyase, biosynthetic  43.56 
 
 
506 aa  189  4e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.130399  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0870  threonine dehydratase, biosynthetic  43.56 
 
 
506 aa  189  4e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5774  threonine dehydratase  43.25 
 
 
323 aa  188  8e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.154998  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1524  serine/threonine dehydratase  39.32 
 
 
327 aa  188  9e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00616628  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3470  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.18 
 
 
318 aa  188  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.380484  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6018  threonine dehydratase  43.33 
 
 
323 aa  188  1e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0349  threonine dehydratase  44.94 
 
 
403 aa  187  3e-46  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.626504  normal  0.139043 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3469  threonine dehydratase  42.63 
 
 
324 aa  187  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0755  serine/threonine dehydratase  39.25 
 
 
327 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.284278  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2154  serine/threonine dehydratase  39.25 
 
 
327 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.160639  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3078  serine/threonine dehydratase  39.25 
 
 
327 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.642158  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3108  serine/threonine dehydratase  39.25 
 
 
327 aa  186  4e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2024  serine/threonine dehydratase  39.25 
 
 
327 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2589  serine/threonine dehydratase  39.25 
 
 
327 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3024  serine/threonine dehydratase  39.25 
 
 
327 aa  186  5e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.657455  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2353  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.41 
 
 
304 aa  186  6e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2929  threonine dehydratase  42.3 
 
 
520 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.333132 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0056  threonine dehydratase  42.68 
 
 
344 aa  186  6e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.595  hitchhiker  0.00751641 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3492  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  45.37 
 
 
338 aa  186  7e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.948459  normal  0.510498 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4110  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  42.46 
 
 
333 aa  184  1.0000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.579842  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5857  serine/threonine dehydratase  40.74 
 
 
324 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3918  serine/threonine dehydratase  40.74 
 
 
324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4450  serine/threonine dehydratase  40.74 
 
 
324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1493  serine/threonine dehydratase  40.12 
 
 
324 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.144238  normal  0.317282 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0125  threonine dehydratase  34.06 
 
 
408 aa  182  4.0000000000000006e-45  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0656  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.95 
 
 
325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.360995  normal  0.512739 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8547  threonine dehydratase  44.04 
 
 
402 aa  183  4.0000000000000006e-45  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1389  putative threonine dehydratase  37.03 
 
 
326 aa  182  5.0000000000000004e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0965  threonine dehydratase  33.23 
 
 
403 aa  182  6e-45  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3864  threonine dehydratase  41.28 
 
 
330 aa  182  7e-45  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1506  pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  41.64 
 
 
340 aa  182  9.000000000000001e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.88993  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1852  threonine dehydratase  36.22 
 
 
402 aa  182  9.000000000000001e-45  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000042395  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4343  serine/threonine dehydratase  40.43 
 
 
324 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.675522  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3882  serine/threonine dehydratase  40.43 
 
 
324 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0375891 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0980  pyridoxal-5'-phosphate-dependent enzyme, beta subunit  36.08 
 
 
326 aa  181  1e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.393122 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0309  L-threonine ammonia-lyase  41.8 
 
 
324 aa  180  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0152  Pyridoxal-5'-phosphate-dependent protein beta subunit  40.25 
 
 
318 aa  181  2e-44  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6650  threonine dehydratase  46.15 
 
 
323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.987033  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1187  threonine dehydratase  32.82 
 
 
403 aa  180  2.9999999999999997e-44  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.296768  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0743  threonine dehydratase  34.06 
 
 
403 aa  180  2.9999999999999997e-44  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  decreased coverage  0.00847234  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4430  threonine dehydratase  42.42 
 
 
330 aa  179  4e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000773933 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>