More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0103 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011894  Mnod_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
297 aa  575  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111803  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3945  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  85.67 
 
 
295 aa  489  1e-137  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4741  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  89.86 
 
 
298 aa  485  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.226499  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2891  ABC transporter permease  67.12 
 
 
300 aa  375  1e-103  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.183278  normal  0.0672791 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1008  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.7 
 
 
294 aa  370  1e-101  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.547475  hitchhiker  0.001025 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3536  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.78 
 
 
296 aa  358  5e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.279671  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0206  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.55 
 
 
294 aa  356  1.9999999999999998e-97  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0399533 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2470  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  65.17 
 
 
298 aa  348  5e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3372  ABC transporter permease protein  69.12 
 
 
295 aa  348  6e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.315041 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5259  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.13 
 
 
301 aa  347  1e-94  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1359  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  66.9 
 
 
301 aa  343  2e-93  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.818924  normal  0.0399312 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5900  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  64.81 
 
 
298 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3271  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.03 
 
 
294 aa  324  1e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.869934  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2917  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.3 
 
 
273 aa  311  7.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2656  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.62 
 
 
273 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.193296  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.44 
 
 
278 aa  294  1e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.137832  normal  0.901224 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3335  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  59.09 
 
 
278 aa  291  7e-78  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3634  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.39 
 
 
278 aa  287  1e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.189736  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6275  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  57.39 
 
 
272 aa  283  3.0000000000000004e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7131  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  46.28 
 
 
281 aa  248  1e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1907  ABC transporter permease  47.95 
 
 
296 aa  243  3.9999999999999997e-63  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5876  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  34.04 
 
 
281 aa  150  2e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.413281  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0995  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.97 
 
 
283 aa  147  2.0000000000000003e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8149  ABC transporter  30.12 
 
 
266 aa  100  4e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.828592  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.18 
 
 
267 aa  98.6  1e-19  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0237  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  29.71 
 
 
276 aa  97.1  4e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2138  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.14 
 
 
272 aa  95.5  9e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3854  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.08 
 
 
273 aa  94.7  1e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.181021  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0378  Ornithine carbamoyltransferase  30.71 
 
 
272 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0255644  hitchhiker  0.00261516 
 
 
-
 
NC_004310  BR1609  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein, putative  30.47 
 
 
273 aa  93.6  3e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0392744  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3925  ornithine carbamoyltransferase  29.35 
 
 
273 aa  92  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.13527  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4005  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.32 
 
 
266 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000178374 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1339  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.32 
 
 
266 aa  90.5  3e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1567  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.03 
 
 
261 aa  89.7  5e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.260601  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0313  ornithine carbamoyltransferase  29.35 
 
 
273 aa  89.7  5e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.516071  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0825  ABC transporter membrane spanning protein  29.64 
 
 
271 aa  88.2  1e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1400  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.32 
 
 
266 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1273  polyamine ABC transporter, permease protein  28.52 
 
 
271 aa  88.6  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1201  spermidine/putrescine ABC transporter permease  29.32 
 
 
266 aa  88.6  1e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.440242  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1179  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  29.32 
 
 
266 aa  88.6  1e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1181  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  29.32 
 
 
266 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0752832  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1009  ornithine carbamoyltransferase  27.5 
 
 
266 aa  88.6  1e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1299  spermidine/putrescine ABC transporter permease  29.32 
 
 
266 aa  88.6  1e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1119  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.02 
 
 
261 aa  88.2  1e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00123252  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1377  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.32 
 
 
266 aa  88.6  1e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000768374 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3039  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.57 
 
 
264 aa  87.4  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.645477  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3393  ABC opine/polyamine transporter, inner membrane subunit  32.57 
 
 
264 aa  87.4  2e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.381224  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1203  ornithine carbamoyltransferase  28.92 
 
 
266 aa  87.4  2e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6381  ornithine carbamoyltransferase  34.09 
 
 
258 aa  87.4  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.970819 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4294  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.74 
 
 
279 aa  86.7  4e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.144254  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02287  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.41 
 
 
256 aa  86.7  5e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2171  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.9 
 
 
268 aa  86.3  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.0038105  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2915  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.08 
 
 
271 aa  86.3  6e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.024318  normal  0.589307 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3094  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.08 
 
 
271 aa  86.3  6e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.051909  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0166  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.92 
 
 
272 aa  85.9  7e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8156  ABC transporter  27.02 
 
 
264 aa  85.9  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1063  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  27.37 
 
 
258 aa  85.9  8e-16  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000694719  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0410  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.64 
 
 
272 aa  85.5  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00439076  hitchhiker  0.00000318128 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0387  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  25.79 
 
 
260 aa  85.1  0.000000000000001  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003483  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotC  28.1 
 
 
256 aa  85.1  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000553951  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0016  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  28.26 
 
 
268 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3028  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.36 
 
 
269 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.458756  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1645  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.26 
 
 
268 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.858414  normal  0.553019 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1134  ornithine carbamoyltransferase  28.26 
 
 
275 aa  84  0.000000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0103  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.08 
 
 
275 aa  84  0.000000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3073  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.25 
 
 
284 aa  84  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.446798  normal  0.0908777 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3949  ornithine carbamoyltransferase  26.15 
 
 
287 aa  84  0.000000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.551991  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2997  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.74 
 
 
271 aa  84  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0208351  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1451  ornithine carbamoyltransferase  24.6 
 
 
256 aa  83.2  0.000000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.17 
 
 
279 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.576146  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4153  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.48 
 
 
263 aa  82.8  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.829399  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1549  ornithine carbamoyltransferase  27.84 
 
 
284 aa  82.8  0.000000000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.899373  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1644  ornithine carbamoyltransferase  28.47 
 
 
285 aa  82.4  0.000000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.574087 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2045  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.96 
 
 
275 aa  81.6  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.586316  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4417  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.9 
 
 
268 aa  81.6  0.00000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.303148  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0949  ornithine carbamoyltransferase  27.84 
 
 
271 aa  82  0.00000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.32 
 
 
279 aa  81.3  0.00000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.623194  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.47 
 
 
271 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0724945  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2919  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.69 
 
 
261 aa  81.3  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.591991 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0084  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.04 
 
 
272 aa  81.3  0.00000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395984  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3006  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  27.64 
 
 
271 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.3 
 
 
266 aa  80.9  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.361864  normal  0.102972 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.44 
 
 
268 aa  81.3  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.319859  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1061  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  26.55 
 
 
266 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.115095  normal  0.340586 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1928  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.45 
 
 
259 aa  80.5  0.00000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.420428  hitchhiker  0.000000201518 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2098  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.94 
 
 
292 aa  80.5  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.26536  normal  0.0890799 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2347  Ornithine carbamoyltransferase  28.88 
 
 
288 aa  80.9  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00485927 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2943  ornithine carbamoyltransferase  31.3 
 
 
272 aa  80.1  0.00000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2398  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit  26.55 
 
 
266 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1441  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.32 
 
 
266 aa  80.1  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0782345  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1364  TonB-dependent receptor  28.21 
 
 
270 aa  80.1  0.00000000000004  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1543  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.89 
 
 
275 aa  80.1  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.414706 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1405  ornithine carbamoyltransferase  23.79 
 
 
256 aa  80.1  0.00000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.386311  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1261  Ornithine carbamoyltransferase  28.52 
 
 
273 aa  80.1  0.00000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1111  ornithine carbamoyltransferase  27.94 
 
 
271 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00240175  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1169  ornithine carbamoyltransferase  27.94 
 
 
271 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.017225  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1202  ornithine carbamoyltransferase  27.94 
 
 
271 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0144626  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3189  Ornithine carbamoyltransferase  27.94 
 
 
271 aa  79.7  0.00000000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.72371  normal  0.0258065 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2866  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  29.84 
 
 
257 aa  79  0.00000000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1884  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.37 
 
 
277 aa  79  0.00000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>