More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mkms_1268 on replicon NC_008705
Organism: Mycobacterium sp. KMS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008146  Mmcs_1251  pseudouridine synthase  100 
 
 		 287 aa  559  1e-158  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.375028  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1268  pseudouridine synthase  100 
 
 		 287 aa  559  1e-158  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1278  pseudouridine synthase  95.82 
 
 		 287 aa  514  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.175088 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1621  pseudouridine synthase  74.2 
 
 		 285 aa  410  1e-113  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0153149 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4820  pseudouridine synthase  68.55 
 
 		 286 aa  386  1e-106  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.0140866 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13329  hypothetical protein  69.64 
 
 		 305 aa  355  5e-97  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0554  pseudouridine synthase  55.12 
 
 		 299 aa  276  3e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  53.2 
 
 		 303 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.727795 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5332  pseudouridine synthase  53.04 
 
 		 302 aa  261  6.999999999999999e-69  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.776192  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0431  pseudouridine synthase  51.2 
 
 		 317 aa  249  3e-65  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.344664  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4011  pseudouridine synthase  50.17 
 
 		 305 aa  241  1e-62  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0672  pseudouridine synthase  48.84 
 
 		 309 aa  237  2e-61  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.526087  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0639  pseudouridine synthase  50.94 
 
 		 362 aa  236  3e-61  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.898355 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0745  pseudouridine synthase  43.73 
 
 		 326 aa  230  2e-59  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0617  pseudouridine synthase  44.19 
 
 		 314 aa  226  3e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2674  pseudouridine synthase  45.73 
 
 		 307 aa  219  5e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0930515 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3559  pseudouridine synthase  51.57 
 
 		 304 aa  216  2e-55  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4251  pseudouridine synthase  43 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00270285  normal  0.0267319 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03250  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  41.07 
 
 		 348 aa  206  4e-52  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.243016  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1777  pseudouridine synthase  43.9 
 
 		 304 aa  206  5e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4309  pseudouridine synthase  43.27 
 
 		 310 aa  206  5e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2605  pseudouridine synthase  43.69 
 
 		 314 aa  199  5e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.602447 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1895  pseudouridine synthase  40.14 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4738  pseudouridine synthase  41.78 
 
 		 303 aa  196  3e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3712  pseudouridine synthase  40.37 
 
 		 305 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0932  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  45.45 
 
 		 254 aa  194  2e-48  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0418  pseudouridine synthase  40.74 
 
 		 308 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2937  pseudouridine synthase  41.55 
 
 		 302 aa  192  6e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.519419  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2906  pseudouridine synthase  42.16 
 
 		 303 aa  189  2.9999999999999997e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.932753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3537  pseudouridine synthase  40.74 
 
 		 308 aa  188  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.966501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0519  pseudouridine synthase  39.69 
 
 		 305 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20160  RNA pseudouridine synthase family protein  42.06 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38090  putative pseudouridylate synthase  40 
 
 		 300 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0112741 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2349  RNA pseudouridine synthase family protein  40.16 
 
 		 296 aa  183  3e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.189292  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0572  pseudouridine synthase  39.85 
 
 		 306 aa  181  1e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0459  pseudouridine synthase  39.63 
 
 		 305 aa  179  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0445  pseudouridine synthase  39.26 
 
 		 303 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1453  pseudouridine synthase  40.73 
 
 		 293 aa  179  7e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0433  pseudouridine synthase  39.26 
 
 		 305 aa  178  9e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3881  pseudouridine synthase  39.26 
 
 		 305 aa  177  2e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.792189  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0549  pseudouridine synthase  39.03 
 
 		 312 aa  176  5e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1531  pseudouridine synthase  36.36 
 
 		 303 aa  175  6e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.585813  normal  0.216028 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3244  RNA pseudouridine synthase family protein  38.96 
 
 		 275 aa  175  8e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1629  pseudouridine synthase  39.34 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal  0.456368 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_08910  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  41.1 
 
 		 316 aa  173  1.9999999999999998e-42  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.267328  normal  0.027473 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2133  pseudouridine synthase  38.62 
 
 		 313 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.112549  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3964  pseudouridine synthase  41.85 
 
 		 297 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0257  pseudouridine synthase  37.27 
 
 		 293 aa  173  3.9999999999999995e-42  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0319588  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1330  pseudouridine synthase  37.65 
 
 		 293 aa  172  5e-42  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0166738  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2953  pseudouridine synthase  37.05 
 
 		 293 aa  171  1e-41  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3629  pseudouridine synthase  39.62 
 
 		 301 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1652  pseudouridine synthase  39.26 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.192086  normal  0.562298 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4073  pseudouridine synthase  38.65 
 
 		 312 aa  166  5.9999999999999996e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3557  pseudouridine synthase  36.16 
 
 		 326 aa  165  9e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.656396  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0506  pseudouridine synthase  39.15 
 
 		 309 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_08660  23S RNA-specific pseudouridylate synthase  41.91 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1623  pseudouridine synthase  37.59 
 
 		 292 aa  157  2e-37  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.449518  normal  0.260522 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0482  pseudouridine synthase  34.4 
 
 		 312 aa  156  3e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1212  pseudouridine synthase  34.71 
 
 		 299 aa  155  6e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.415796  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3348  pseudouridine synthase  37.05 
 
 		 313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0242654 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02575  pseudouridylate synthase  42.33 
 
 		 206 aa  136  4e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2488  pseudouridylate synthase  34.42 
 
 		 223 aa  102  6e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.177305  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1430  pseudouridine synthase  33.33 
 
 		 223 aa  99  7e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041219 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0606  pseudouridylate synthase  32.13 
 
 		 225 aa  99  7e-20  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.134681 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2882  RluA family pseudouridine synthase  34.24 
 
 		 300 aa  98.6  1e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.51797 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2969  pseudouridine synthase, RluA family  37.62 
 
 		 623 aa  97.8  2e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0799  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.23 
 
 		 225 aa  97.1  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.603428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2811  pseudouridine synthase  32.56 
 
 		 223 aa  97.1  3e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0225697  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1377  pseudouridylate synthase  33.65 
 
 		 223 aa  96.7  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000802724 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3139  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.23 
 
 		 225 aa  96.7  4e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0827  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.23 
 
 		 225 aa  96.7  4e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000100067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0821  pseudouridylate synthase  32.41 
 
 		 225 aa  95.5  8e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0454843 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0155  pseudouridine synthase  35.92 
 
 		 215 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.62363 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1506  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.92 
 
 		 215 aa  95.1  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1442  pseudouridylate synthase  32.87 
 
 		 223 aa  95.1  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.81175  normal  0.0720615 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0783  pseudouridylate synthase  33.03 
 
 		 225 aa  94.4  2e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.202814  hitchhiker  0.00996609 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2886  pseudouridine synthase  32.56 
 
 		 223 aa  94.4  2e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.315212  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0072  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  35.26 
 
 		 217 aa  94.4  2e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4330  pseudouridine synthase, RluA family  30.4 
 
 		 323 aa  94  3e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0102  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  33.18 
 
 		 219 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.108549  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0105  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  33.18 
 
 		 219 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472444  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0107  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  33.18 
 
 		 219 aa  93.6  4e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000191196  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3048  pseudouridylate synthase  34.22 
 
 		 225 aa  92.8  5e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0101  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  33.18 
 
 		 219 aa  92.8  6e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00188355  normal  0.0335495 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1566  pseudouridine synthase  32.09 
 
 		 223 aa  92.4  7e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.232461  hitchhiker  0.00000912019 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0917  pseudouridine synthase  30.99 
 
 		 225 aa  92.4  7e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0605  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  33.8 
 
 		 217 aa  92.4  7e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000834833  normal  0.555438 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0738  pseudouridine synthase  32.51 
 
 		 225 aa  92.4  7e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0390511  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0100  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  33.18 
 
 		 219 aa  92.4  7e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal  0.810633 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2791  pseudouridine synthase  32.09 
 
 		 223 aa  92.4  8e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2087  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  33.82 
 
 		 245 aa  92  9e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000349962  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0515  pseudouridylate synthase  36.63 
 
 		 225 aa  92  9e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3541  pseudouridine synthase  35.14 
 
 		 219 aa  91.3  1e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000465216  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0834  pseudouridylate synthase  31.25 
 
 		 226 aa  91.7  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4308  pseudouridine synthase, RluA family  30.71 
 
 		 323 aa  91.7  1e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2195  ribosomal large subunit pseudouridine synthase A  34.43 
 
 		 213 aa  91.7  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.372254 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00060  pseudouridine synthase for 23S rRNA (position 746) and tRNAphe(position 32)  34.59 
 
 		 219 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00103207  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0060  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  34.59 
 
 		 219 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000246696  normal  0.920561 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0062  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  34.59 
 
 		 219 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000519589  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3599  23S rRNA/tRNA pseudouridine synthase A  34.59 
 
 		 219 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0199705  unclonable  0.0000000150238 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>