More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2113 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_2113  riboflavin synthase subunit alpha  100 
 
 
235 aa  476  1e-133  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.187169 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4731  riboflavin synthase subunit alpha  64.1 
 
 
235 aa  295  5e-79  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3144  riboflavin synthase subunit alpha  57.94 
 
 
236 aa  294  9e-79  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.212447  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5723  riboflavin synthase subunit alpha  60.78 
 
 
234 aa  286  2e-76  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.01775  normal  0.65514 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4077  riboflavin synthase subunit alpha  63.68 
 
 
238 aa  283  2.0000000000000002e-75  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.578538 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3429  riboflavin synthase subunit alpha  63.23 
 
 
238 aa  282  4.0000000000000003e-75  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399055  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3686  riboflavin synthase subunit alpha  58.85 
 
 
237 aa  270  1e-71  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0704066  normal  0.536312 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5522  riboflavin synthase subunit alpha  58.85 
 
 
237 aa  270  1e-71  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.189133  normal  0.556999 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2300  riboflavin synthase subunit alpha  57.96 
 
 
237 aa  268  5.9999999999999995e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.745499  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4568  riboflavin synthase subunit alpha  57.96 
 
 
237 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3729  riboflavin synthase subunit alpha  57.96 
 
 
237 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.794278  normal  0.402908 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3795  riboflavin synthase subunit alpha  57.96 
 
 
237 aa  266  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.488761  normal  0.214246 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4434  riboflavin synthase subunit alpha  57.47 
 
 
237 aa  238  9e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.563917  normal  0.0752647 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1940  riboflavin synthase subunit alpha  52.13 
 
 
205 aa  202  5e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1713  riboflavin synthase subunit alpha  48.99 
 
 
217 aa  182  5.0000000000000004e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2020  riboflavin synthase subunit alpha  47.09 
 
 
209 aa  178  4.999999999999999e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.025182  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2099  riboflavin synthase subunit alpha  48.04 
 
 
204 aa  177  9e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1952  riboflavin synthase subunit alpha  45.85 
 
 
206 aa  177  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000576135  normal  0.348603 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2040  riboflavin synthase subunit alpha  45.85 
 
 
206 aa  177  1e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000661862  normal  0.015006 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1681  riboflavin synthase subunit alpha  48.78 
 
 
216 aa  176  2e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.665855  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2024  riboflavin synthase subunit alpha  45.85 
 
 
206 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0115302  normal  0.138776 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2674  riboflavin synthase subunit alpha  47.57 
 
 
211 aa  176  3e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02237  riboflavin synthase subunit alpha  47.26 
 
 
203 aa  176  3e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2145  riboflavin synthase subunit alpha  44.55 
 
 
207 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0110513  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2333  riboflavin synthase subunit alpha  45.15 
 
 
207 aa  175  6e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0365218  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2181  riboflavin synthase subunit alpha  45.15 
 
 
207 aa  175  6e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000128558  normal  0.0219696 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2225  riboflavin synthase subunit alpha  45.15 
 
 
207 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00109556  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2118  riboflavin synthase subunit alpha  44.44 
 
 
210 aa  173  1.9999999999999998e-42  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00247576  normal  0.0673441 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003523  lumazine protein  46.27 
 
 
203 aa  172  3.9999999999999995e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.942929  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2390  riboflavin synthase subunit alpha  47.57 
 
 
211 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.203472  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2375  riboflavin synthase subunit alpha  47.32 
 
 
213 aa  172  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00364593  normal  0.0367503 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2115  riboflavin synthase subunit alpha  43.2 
 
 
205 aa  172  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.757101  normal  0.881264 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2036  riboflavin synthase subunit alpha  46.6 
 
 
203 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0357361  hitchhiker  0.00120392 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2495  riboflavin synthase subunit alpha  45.1 
 
 
204 aa  172  3.9999999999999995e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.634088  hitchhiker  0.00287874 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01633  riboflavin synthase subunit alpha  47.32 
 
 
213 aa  172  5e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1978  riboflavin synthase, alpha subunit  47.32 
 
 
213 aa  172  5e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000209039  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1860  riboflavin synthase subunit alpha  47.32 
 
 
213 aa  172  5e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000205404  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1967  riboflavin synthase subunit alpha  47.32 
 
 
213 aa  172  5e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.756733  hitchhiker  0.00000222488 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1535  riboflavin synthase subunit alpha  47.32 
 
 
213 aa  172  5e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0455024  hitchhiker  0.00124186 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01623  hypothetical protein  47.32 
 
 
213 aa  172  5e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1876  riboflavin synthase subunit alpha  47.32 
 
 
213 aa  172  5e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000224926  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1742  riboflavin synthase subunit alpha  47.32 
 
 
213 aa  172  5e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000343227  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2267  riboflavin synthase subunit alpha  45.37 
 
 
205 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00496217  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1559  riboflavin synthase subunit alpha  46.34 
 
 
213 aa  171  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.403477  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1522  riboflavin synthase subunit alpha  46.34 
 
 
213 aa  171  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.301438  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1917  riboflavin synthase subunit alpha  46.34 
 
 
213 aa  171  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0729931  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1748  riboflavin synthase subunit alpha  46.34 
 
 
213 aa  171  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000886899  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1536  riboflavin synthase subunit alpha  46.34 
 
 
213 aa  171  6.999999999999999e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.354258  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2296  riboflavin synthase subunit alpha  44.23 
 
 
206 aa  170  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1784  riboflavin synthase subunit alpha  46.04 
 
 
212 aa  170  2e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00999549 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1857  riboflavin synthase subunit alpha  45.85 
 
 
218 aa  170  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.462262  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2577  riboflavin synthase subunit alpha  45.85 
 
 
218 aa  170  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1751  riboflavin synthase subunit alpha  45.85 
 
 
218 aa  169  3e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000311618  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2190  riboflavin synthase subunit alpha  46.53 
 
 
216 aa  169  4e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00893234  hitchhiker  0.00000497991 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2775  riboflavin synthase subunit alpha  41.51 
 
 
209 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.499359  normal 
 
 
-
 
NC_009361  OSTLU_8148  predicted protein  48.68 
 
 
188 aa  167  1e-40  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.564807  normal  0.0620362 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2030  riboflavin synthase subunit alpha  43.63 
 
 
204 aa  167  1e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.698686  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1762  riboflavin synthase subunit alpha  46.57 
 
 
202 aa  167  1e-40  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.117708  normal  0.0239338 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2916  riboflavin synthase subunit alpha  41.51 
 
 
209 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.619819  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1865  riboflavin synthase subunit alpha  45.15 
 
 
218 aa  167  2e-40  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.470997  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2867  riboflavin synthase subunit alpha  41.26 
 
 
209 aa  164  8e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.999273 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1703  riboflavin synthase subunit alpha  42.16 
 
 
204 aa  163  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.043412  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0812  riboflavin synthase subunit alpha  45.37 
 
 
202 aa  161  6e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1243  riboflavin synthase, alpha subunit  44.39 
 
 
210 aa  160  2e-38  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1383  riboflavin synthase subunit alpha  42.79 
 
 
203 aa  155  4e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.850296  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0087  riboflavin synthase subunit alpha  39.41 
 
 
207 aa  152  5.9999999999999996e-36  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.0316788  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2562  riboflavin synthase, alpha subunit  40.41 
 
 
207 aa  129  5.0000000000000004e-29  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.503864  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2911  riboflavin synthase, alpha subunit  41.62 
 
 
208 aa  129  5.0000000000000004e-29  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00128806  hitchhiker  0.000806135 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00070  riboflavin synthase, alpha subunit  38.43 
 
 
204 aa  128  9.000000000000001e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.189885  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1670  riboflavin synthase subunit alpha  41.67 
 
 
226 aa  127  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.57182e-16 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1675  riboflavin synthase subunit alpha  41.45 
 
 
222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.420891  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3417  riboflavin synthase subunit alpha  42.02 
 
 
196 aa  126  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.544383  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0021  riboflavin synthase, alpha subunit  34.84 
 
 
207 aa  126  3e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0105  riboflavin synthase subunit alpha  35.84 
 
 
218 aa  124  1e-27  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2389  riboflavin synthase subunit alpha  40.74 
 
 
203 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.160272  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2430  riboflavin synthase subunit alpha  40.74 
 
 
203 aa  123  2e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2436  riboflavin synthase subunit alpha  40.74 
 
 
203 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.399629 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1180  riboflavin synthase subunit alpha  39.38 
 
 
203 aa  122  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.278464 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0581  riboflavin synthase subunit alpha  40.64 
 
 
208 aa  122  5e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.323672  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2730  riboflavin synthase subunit alpha  40.64 
 
 
215 aa  122  5e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.964623 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1522  riboflavin synthase, alpha subunit  37.3 
 
 
217 aa  122  5e-27  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2996  riboflavin synthase, alpha subunit  40.64 
 
 
202 aa  120  9.999999999999999e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.427798  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1824  riboflavin synthase subunit alpha  42.55 
 
 
196 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.326708  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2354  riboflavin synthase, alpha subunit  37.56 
 
 
215 aa  120  9.999999999999999e-27  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0725923  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1372  riboflavin synthase subunit alpha  42.02 
 
 
199 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.336061  normal  0.17313 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3112  riboflavin synthase, alpha subunit  39.39 
 
 
208 aa  120  1.9999999999999998e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1269  riboflavin synthase subunit alpha  37.31 
 
 
203 aa  119  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00443387  normal  0.143541 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3721  riboflavin synthase subunit alpha  38.5 
 
 
203 aa  119  6e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0647678 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1073  riboflavin synthase subunit alpha  35.14 
 
 
215 aa  118  6e-26  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1595  riboflavin synthase subunit alpha  39 
 
 
213 aa  118  6e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.0000438085  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2693  riboflavin synthase subunit alpha  37.68 
 
 
205 aa  118  7e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_07100  riboflavin synthase, alpha subunit  39.19 
 
 
223 aa  118  7.999999999999999e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.283211 
 
 
-
 
NC_002620  TC0685  riboflavin synthase subunit alpha  37.68 
 
 
198 aa  117  9.999999999999999e-26  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.187161  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1625  riboflavin synthase subunit alpha  39.15 
 
 
216 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00676611  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0624  riboflavin synthase subunit alpha  40.54 
 
 
215 aa  117  9.999999999999999e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  decreased coverage  0.00110444  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1557  riboflavin synthase subunit alpha  38.02 
 
 
197 aa  117  9.999999999999999e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.0426247 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3478  riboflavin synthase, alpha subunit  39.06 
 
 
200 aa  117  1.9999999999999998e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0244211  normal  0.131699 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0937  riboflavin synthase, alpha subunit  40.64 
 
 
217 aa  117  1.9999999999999998e-25  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0899  riboflavin synthase subunit alpha  42.33 
 
 
219 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.484781  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1723  riboflavin synthase subunit alpha  38.39 
 
 
227 aa  116  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.516188  hitchhiker  0.00196087 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>