More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0962 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0962  prephenate dehydrogenase  100 
 
 
293 aa  597  1e-169  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2242  prephenate dehydrogenase  77.55 
 
 
294 aa  484  1e-136  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1568  prephenate dehydrogenase  68.42 
 
 
290 aa  413  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.513698  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1791  prephenate dehydrogenase  64.81 
 
 
292 aa  402  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00108335 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2794  prephenate dehydrogenase  64.81 
 
 
292 aa  402  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00146158 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3122  prephenate dehydrogenase  63.54 
 
 
300 aa  390  1e-107  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0305088 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1393  Prephenate dehydrogenase  63.07 
 
 
294 aa  382  1e-105  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0627077  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1616  Prephenate dehydrogenase  64.34 
 
 
293 aa  379  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2467  prephenate dehydrogenase  62.72 
 
 
294 aa  380  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.200219 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3283  prephenate dehydrogenase  62.15 
 
 
298 aa  352  5.9999999999999994e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0269718  normal  0.62503 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4722  prephenate dehydrogenase  61.19 
 
 
292 aa  344  1e-93  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3037  Prephenate dehydrogenase  43.93 
 
 
295 aa  233  4.0000000000000004e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0470856  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0930  prephenate dehydrogenase  41.13 
 
 
293 aa  232  5e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000476657  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1074  prephenate dehydrogenase  41.13 
 
 
293 aa  232  5e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0222409  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0566  prephenate dehydrogenase  41.34 
 
 
291 aa  231  2e-59  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1234  prephenate dehydrogenase  41.13 
 
 
289 aa  226  5.0000000000000005e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.946096 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2195  prephenate dehydrogenase  41.08 
 
 
319 aa  224  2e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598463  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1540  Prephenate dehydrogenase  42.14 
 
 
285 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1886  cyclohexadienyl/prephenate dehydrogenase  43.01 
 
 
288 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000040742  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0718  prephenate dehydrogenase  40.78 
 
 
302 aa  209  5e-53  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1311  Prephenate dehydrogenase  37.63 
 
 
293 aa  209  6e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000231 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0776  Prephenate dehydrogenase  40.62 
 
 
302 aa  205  7e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00454993 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1334  Prephenate dehydrogenase  40.43 
 
 
292 aa  205  7e-52  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.530233  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2607  prephenate dehydrogenase  41.64 
 
 
290 aa  202  4e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0906  putative prephenate dehydrogenase oxidoreductase protein  40.7 
 
 
298 aa  202  4e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1416  prephenate dehydrogenase  40.38 
 
 
290 aa  202  5e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0973759  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0743  prephenate dehydrogenase  38.44 
 
 
334 aa  202  5e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2573  prephenate dehydrogenase  40.14 
 
 
298 aa  202  6e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.256173  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1748  prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase family protein  38.57 
 
 
535 aa  202  7e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0692741  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1377  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  40.15 
 
 
746 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3944  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  39.78 
 
 
746 aa  202  7e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474784  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0847  Prephenate dehydrogenase  40.49 
 
 
292 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.052924 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3644  prephenate dehydrogenase  38.79 
 
 
534 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0309722  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0176  prephenate dehydrogenase  38.04 
 
 
286 aa  201  1.9999999999999998e-50  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.327955  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1361  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  39.41 
 
 
746 aa  200  3e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.290163  normal  0.0329548 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0953  prephenate dehydrogenase  40.85 
 
 
288 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.02487  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15850  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  40.6 
 
 
752 aa  199  5e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1770  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  39.78 
 
 
746 aa  199  6e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151149  normal  0.0620649 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0497  prephenate dehydrogenase  37.28 
 
 
293 aa  199  6e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0756332  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0991  Prephenate dehydrogenase  38.43 
 
 
286 aa  198  7.999999999999999e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4074  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  39.63 
 
 
735 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00116499  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3259  Prephenate dehydrogenase  38.08 
 
 
286 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1346  prephenate dehydrogenase  39.22 
 
 
287 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2149  Prephenate dehydrogenase  40.79 
 
 
288 aa  196  3e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1150  Prephenate dehydrogenase  38.41 
 
 
367 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1195  prephenate dehydrogenase  36.43 
 
 
286 aa  196  4.0000000000000005e-49  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3872  cyclohexadienyl dehydrogenase  36.5 
 
 
307 aa  195  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402966  normal  0.0868763 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1209  Prephenate dehydrogenase  37.86 
 
 
293 aa  193  4e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0228431  normal  0.063909 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0992  cyclohexadienyl dehydrogenase  35.4 
 
 
312 aa  192  4e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1988  cyclohexadienyl dehydrogenase  36.13 
 
 
321 aa  192  7e-48  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1003  prephenate dehydrogenase  38.26 
 
 
308 aa  192  7e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3263  cyclohexadienyl dehydrogenase  36.86 
 
 
298 aa  191  9e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0673  cyclohexadienyl dehydrogenase  38.08 
 
 
313 aa  191  9e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1914  cyclohexadienyl dehydrogenase  35.77 
 
 
321 aa  191  9e-48  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1965  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  39.7 
 
 
746 aa  189  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2260  prephenate dehydrogenase  38.97 
 
 
322 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.341011  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4928  cyclohexadienyl dehydrogenase  38.49 
 
 
313 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4284  cyclohexadienyl dehydrogenase  38.63 
 
 
314 aa  189  4e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0191786 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0979  prephenate dehydrogenase  41.42 
 
 
310 aa  189  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0565  prephenate dehydrogenase  37.92 
 
 
329 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1044  prephenate dehydrogenase  37.92 
 
 
329 aa  189  5e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1463  prephenate dehydrogenase  37.37 
 
 
286 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000154009  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3004  Prephenate dehydrogenase  40.3 
 
 
313 aa  188  8e-47  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.548838  normal  0.0491743 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0928  prephenate dehydrogenase  38.57 
 
 
296 aa  188  8e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.582282  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2549  cyclohexadienyl dehydrogenase  38.32 
 
 
308 aa  187  1e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.554787  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3579  cyclohexadienyl dehydrogenase  35.77 
 
 
308 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1647  Prephenate dehydrogenase  38.91 
 
 
312 aa  186  3e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.59901  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1025  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  37.69 
 
 
742 aa  187  3e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1408  cyclohexadienyl dehydrogenase  36.63 
 
 
311 aa  186  5e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.19218  normal  0.384152 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1206  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  35.09 
 
 
780 aa  185  8e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.610993 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0582  cyclohexadienyl dehydrogenase  38.35 
 
 
311 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3085  cyclohexadienyl dehydrogenase  36 
 
 
319 aa  185  1.0000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0308  arogenate dehydrogenase  36.36 
 
 
320 aa  183  2.0000000000000003e-45  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.582436  normal  0.172957 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0863  prephenate dehydrogenase  36.3 
 
 
286 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1874  prephenate dehydrogenase  37.04 
 
 
313 aa  183  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0158043 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1182  cyclohexadienyl dehydrogenase  37.45 
 
 
311 aa  183  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3007  cyclohexadienyl dehydrogenase  36.86 
 
 
301 aa  183  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1184  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  35.44 
 
 
778 aa  182  4.0000000000000006e-45  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.372461 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4255  cyclohexadienyl dehydrogenase  37.36 
 
 
313 aa  183  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2165  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  41.67 
 
 
750 aa  182  4.0000000000000006e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.166945  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4157  prephenate dehydrogenase  38.28 
 
 
308 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.718044 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1852  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  37.22 
 
 
746 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4102  cyclohexadienyl dehydrogenase  38.43 
 
 
314 aa  182  6e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.639306  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2100  cyclohexadienyl dehydrogenase  35 
 
 
310 aa  181  9.000000000000001e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4033  cyclohexadienyl dehydrogenase  36.13 
 
 
311 aa  181  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1248  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  33.33 
 
 
770 aa  180  2e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.757925  normal  0.0192474 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2945  cyclohexadienyl dehydrogenase  35.16 
 
 
313 aa  181  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0241407 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23310  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  38.35 
 
 
746 aa  181  2e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0308529 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5258  prephenate dehydrogenase  36.4 
 
 
307 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426217  normal  0.0448039 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2857  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  37.45 
 
 
748 aa  179  4.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0613537  hitchhiker  0.0000000406549 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1035  cyclohexadienyl dehydrogenase  34.93 
 
 
310 aa  179  4.999999999999999e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0440  prephenate dehydrogenase  36.59 
 
 
301 aa  178  1e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1592  prephenate dehydrogenase  38.46 
 
 
312 aa  177  2e-43  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0920  prephenate dehydrogenase  37.63 
 
 
329 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0948545  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1873  Prephenate dehydrogenase  38.46 
 
 
312 aa  176  3e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.114366  normal  0.172447 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1584  prephenate dehydrogenase  38.28 
 
 
317 aa  176  5e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.406004 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0175  prephenate dehydrogenase  34.63 
 
 
297 aa  175  9e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000165  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1209  Arogenate dehydrogenase  34.18 
 
 
318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0362078 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1150  prephenate dehydrogenase  32.87 
 
 
299 aa  172  7.999999999999999e-42  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0141038  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1832  Prephenate dehydrogenase  34.42 
 
 
302 aa  171  1e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>