More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0488 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0488  putative oligopeptide ABC transporter, permease protein OppC  100 
 
 
330 aa  665    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.359431 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0256  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC transporter permease  78.91 
 
 
303 aa  469  1.0000000000000001e-131  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0738977  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26150  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  57.88 
 
 
331 aa  362  3e-99  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.286946  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2820  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.05 
 
 
330 aa  357  1.9999999999999998e-97  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.403444  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2538  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.4 
 
 
314 aa  356  2.9999999999999997e-97  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000570196 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_11070  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  52.92 
 
 
318 aa  344  1e-93  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.682818  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1127  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.74 
 
 
326 aa  322  7e-87  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.205092 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3913  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.68 
 
 
316 aa  312  3.9999999999999997e-84  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12590  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  51.21 
 
 
347 aa  292  7e-78  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.219021 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0954  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.95 
 
 
341 aa  275  7e-73  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.671843  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13694  dipeptide-transport integral membrane protein ABC transporter dppC  52.42 
 
 
266 aa  274  1.0000000000000001e-72  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.0652275 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3821  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.24 
 
 
313 aa  257  2e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0857155  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8932  dipeptide ABC transporter (permease)  48.24 
 
 
308 aa  257  2e-67  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4211  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.09 
 
 
312 aa  256  3e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.736196  hitchhiker  0.00675709 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4178  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.9 
 
 
322 aa  255  9e-67  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.848155  hitchhiker  0.0018252 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5514  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.39 
 
 
309 aa  252  7e-66  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.647677 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3309  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  43.71 
 
 
314 aa  247  2e-64  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1081  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43.1 
 
 
316 aa  246  4e-64  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3798  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.39 
 
 
322 aa  244  9.999999999999999e-64  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0678  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.26 
 
 
307 aa  233  3e-60  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3152  oligopeptide ABC transporter (permease)  37.37 
 
 
296 aa  229  3e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0279701  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.91 
 
 
309 aa  222  7e-57  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.505775  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0481  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.37 
 
 
299 aa  206  5e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00209608  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.18 
 
 
280 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1592  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.46 
 
 
280 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.961775 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.21 
 
 
299 aa  196  3e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1005  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.96 
 
 
356 aa  194  2e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.724279  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0986  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.96 
 
 
356 aa  194  2e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0482  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.94 
 
 
313 aa  194  2e-48  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4391  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  36.21 
 
 
299 aa  193  3e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4232  oligopeptide transport system, permease  36.21 
 
 
299 aa  193  3e-48  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4609  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  36.21 
 
 
299 aa  193  3e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4731  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  36.21 
 
 
299 aa  193  3e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1137  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.26 
 
 
293 aa  193  3e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000296229  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2052  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.59 
 
 
280 aa  193  4e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2452  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.37 
 
 
296 aa  192  5e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0368392  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4244  oligopeptide ABC transporter, permease  36.21 
 
 
299 aa  192  5e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0420  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
313 aa  192  9e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.85 
 
 
303 aa  189  4e-47  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2509  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.85 
 
 
303 aa  189  4e-47  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0011  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.59 
 
 
307 aa  189  7e-47  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2788  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.92 
 
 
310 aa  188  8e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2030  oligopeptide ABC transporter permease protein  35.4 
 
 
293 aa  188  1e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0128641  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1543  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.53 
 
 
496 aa  188  1e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1676  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.73 
 
 
494 aa  188  1e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0571  oligopeptide ABC transporter, permease protein  32.8 
 
 
313 aa  187  2e-46  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0003  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  36.33 
 
 
313 aa  186  3e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.158402  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0132  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.55 
 
 
300 aa  186  5e-46  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.765267  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4597  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
344 aa  186  7e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1343  peptide ABC transporter, permease protein, putative  40.43 
 
 
479 aa  185  9e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.736839  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0385  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.13 
 
 
343 aa  185  1.0000000000000001e-45  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.519425 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2796  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.87 
 
 
299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2013  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.98 
 
 
285 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0548  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.81 
 
 
310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1644  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.63 
 
 
485 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.431647  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2587  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.18 
 
 
341 aa  183  3e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.969826  hitchhiker  0.0068543 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1734  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.67 
 
 
304 aa  184  3e-45  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.580513  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.22 
 
 
310 aa  183  4.0000000000000006e-45  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.373009  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0621  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.47 
 
 
310 aa  182  7e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0465132  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1412  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.67 
 
 
342 aa  182  8.000000000000001e-45  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0660  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.77 
 
 
311 aa  182  9.000000000000001e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1822  oligopeptide transport integral membrane protein  35.46 
 
 
341 aa  182  9.000000000000001e-45  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.661927  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.05 
 
 
313 aa  181  1e-44  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.71 
 
 
305 aa  181  1e-44  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.95778  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4142  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.12 
 
 
311 aa  181  1e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.910518  normal  0.0436133 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24260  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  38.41 
 
 
313 aa  181  1e-44  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1157  peptide ABC transporter, permease protein, putative  41.36 
 
 
473 aa  181  1e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1395  ABC peptide transporter, inner membrane subunit  35.9 
 
 
288 aa  182  1e-44  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.064701  decreased coverage  0.00784209 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0370  nickel ABC transporter, permease subunit NikC  33.45 
 
 
284 aa  182  1e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1851  binding-protein-dependent transporter inner membrane component  34.74 
 
 
331 aa  182  1e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.737422 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1435  peptide ABC transporter, permease protein  33.95 
 
 
282 aa  181  2e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.557175  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36510  ABC-type dipeptide/oligopeptide/nickel transport system, permease component  33.79 
 
 
322 aa  181  2e-44  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.118572  normal  0.969549 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2756  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33 
 
 
303 aa  181  2e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0983  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.73 
 
 
495 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.99676  normal  0.0550466 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1222  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.45 
 
 
310 aa  180  2.9999999999999997e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.0299978 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1236  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.31 
 
 
284 aa  180  4e-44  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.143707  normal  0.209567 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2032  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.04 
 
 
285 aa  179  4e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0194  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.3 
 
 
310 aa  179  4.999999999999999e-44  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0958  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.19 
 
 
318 aa  179  5.999999999999999e-44  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.643704  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1382  transmembrane ABC transporter protein  34.42 
 
 
299 aa  179  7e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.131281  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5914  ABC transporter, permease protein  35.14 
 
 
331 aa  178  9e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0959358  normal  0.0354831 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0763  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.44 
 
 
312 aa  178  1e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1494  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.82 
 
 
497 aa  178  1e-43  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.826633 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1255  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.7 
 
 
299 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.356305  normal  0.757644 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.29 
 
 
304 aa  177  2e-43  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1321  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.06 
 
 
299 aa  177  3e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.213083  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0391  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.82 
 
 
295 aa  177  3e-43  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.32 
 
 
309 aa  176  3e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3674  oligopeptide ABC transporter, permease  34.32 
 
 
279 aa  176  4e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0467802 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1867  ABC-type transport system protein  34.07 
 
 
288 aa  176  4e-43  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1485  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.34 
 
 
274 aa  176  5e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0146821  normal  0.125484 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2972  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.7 
 
 
301 aa  175  9e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5351  ABC transporter membrane spanning protein (dipeptide)  33.68 
 
 
317 aa  174  9.999999999999999e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
301 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0718  hypothetical protein  34.92 
 
 
282 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal  0.661918 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2810  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.78 
 
 
303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.482593  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00816  hypothetical protein  32.78 
 
 
303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2812  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.78 
 
 
303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0590  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  34.88 
 
 
302 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.305304  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4223  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.96 
 
 
301 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>