34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_1158 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_1158  hypothetical protein  100 
 
 		 454 aa  923    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.815616  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3539  hypothetical protein  39.46 
 
 		 449 aa  286  4e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0501  hypothetical protein  35.53 
 
 		 457 aa  262  8e-69  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2425  hypothetical protein  26.12 
 
 		 556 aa  91.3  3e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00000103631  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1023  hypothetical protein  24.28 
 
 		 534 aa  84  0.000000000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.452518  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1661  hypothetical protein  26.65 
 
 		 885 aa  73.6  0.000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.247038  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3707  hypothetical protein  24.42 
 
 		 425 aa  56.2  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4155  transcriptional regulatory protein-like  23.38 
 
 		 717 aa  53.5  0.000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.297616 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2104  WD-40 repeat-containing protein  21.02 
 
 		 1552 aa  53.5  0.000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.581911  normal  0.024962 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4412  WD-40 repeat protein  22.97 
 
 		 1161 aa  53.5  0.000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2557  hypothetical protein  24.72 
 
 		 451 aa  53.1  0.000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2712  hypothetical protein  24.16 
 
 		 418 aa  51.2  0.00004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.689762 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1167  WD-40 repeat protein  23.73 
 
 		 1163 aa  50.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4475  WD-40 repeat protein  23.33 
 
 		 1161 aa  50.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.416267 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3594  WD-40 repeat protein  22.49 
 
 		 1164 aa  50.1  0.00009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0139951 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3869  WD-40 repeat-containing protein  23.52 
 
 		 1553 aa  48.9  0.0002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.113625  normal  0.0582417 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3923  WD-40 repeat-containing protein  23 
 
 		 1789 aa  48.1  0.0003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.161753 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0564  hypothetical protein  28.77 
 
 		 420 aa  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.242049  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0304  hypothetical protein  23.83 
 
 		 422 aa  47  0.0006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0717  WD-40 repeat protein  23.94 
 
 		 1348 aa  46.6  0.0009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.635775 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0892  WD-40 repeat-containing protein  24.94 
 
 		 696 aa  45.8  0.001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.000103056  unclonable  0.0000205441 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6431  WD-40 repeat protein  25.41 
 
 		 1766 aa  46.2  0.001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.903065  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1432  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.12 
 
 		 1609 aa  46.6  0.001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1030  hypothetical protein  22.55 
 
 		 419 aa  45.4  0.002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.417426  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4625  WD-40 repeat-containing protein  24.06 
 
 		 1510 aa  45.4  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2471  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  22.49 
 
 		 1481 aa  45.8  0.002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.420848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0590  peptidase S9B dipeptidylpeptidase IV subunit  27.72 
 
 		 590 aa  45.1  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4789  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  24.21 
 
 		 1623 aa  45.1  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.702991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2862  WD-40 repeat-containing protein  22.74 
 
 		 1229 aa  44.3  0.004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.411367  normal  0.0157624 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0039  peptidase C14, caspase catalytic subunit p20  21.08 
 
 		 1686 aa  44.7  0.004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0781722  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2731  translocation protein TolB  31.73 
 
 		 442 aa  43.9  0.006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00144802  decreased coverage  0.0000043993 
 
 
-
 
NC_002978  WD0038  translocation protein TolB  25.59 
 
 		 420 aa  43.9  0.007  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0823662  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3042  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  27.27 
 
 		 1004 aa  43.5  0.008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00005148 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3023  serine/threonine protein kinase with WD40 repeats  25.41 
 
 		 1267 aa  43.5  0.008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.164436 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>