More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_0991 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012918  GM21_0991  Prephenate dehydrogenase  100 
 
 
286 aa  576  1.0000000000000001e-163  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3259  Prephenate dehydrogenase  97.9 
 
 
286 aa  566  1e-160  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0863  prephenate dehydrogenase  72.03 
 
 
286 aa  429  1e-119  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1463  prephenate dehydrogenase  73.33 
 
 
286 aa  426  1e-118  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000154009  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2607  prephenate dehydrogenase  69.26 
 
 
290 aa  396  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.535811  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1346  prephenate dehydrogenase  61.27 
 
 
287 aa  355  5e-97  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2149  Prephenate dehydrogenase  58.45 
 
 
288 aa  338  5e-92  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1886  cyclohexadienyl/prephenate dehydrogenase  56.94 
 
 
288 aa  326  2.0000000000000001e-88  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000040742  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0175  prephenate dehydrogenase  50 
 
 
297 aa  278  1e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000165  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4033  cyclohexadienyl dehydrogenase  46.5 
 
 
311 aa  265  8e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3263  cyclohexadienyl dehydrogenase  47.02 
 
 
298 aa  263  2e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0992  cyclohexadienyl dehydrogenase  45.45 
 
 
312 aa  262  4e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3579  cyclohexadienyl dehydrogenase  46.15 
 
 
308 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0656619 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2549  cyclohexadienyl dehydrogenase  47.54 
 
 
308 aa  258  7e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.554787  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1209  Arogenate dehydrogenase  45.26 
 
 
318 aa  256  2e-67  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0362078 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1914  cyclohexadienyl dehydrogenase  44.41 
 
 
321 aa  256  2e-67  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1988  cyclohexadienyl dehydrogenase  44.76 
 
 
321 aa  256  3e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3872  cyclohexadienyl dehydrogenase  45.8 
 
 
307 aa  256  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.402966  normal  0.0868763 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1334  Prephenate dehydrogenase  47.2 
 
 
292 aa  255  5e-67  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.530233  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0566  prephenate dehydrogenase  47.39 
 
 
291 aa  252  6e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0582  cyclohexadienyl dehydrogenase  45.61 
 
 
311 aa  251  8.000000000000001e-66  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3085  cyclohexadienyl dehydrogenase  46.32 
 
 
319 aa  251  1e-65  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1209  Prephenate dehydrogenase  45.94 
 
 
293 aa  250  2e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0228431  normal  0.063909 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1035  cyclohexadienyl dehydrogenase  43.01 
 
 
310 aa  247  1e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.514504  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1408  cyclohexadienyl dehydrogenase  43.36 
 
 
311 aa  247  1e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.19218  normal  0.384152 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1182  cyclohexadienyl dehydrogenase  44.37 
 
 
311 aa  247  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0673  cyclohexadienyl dehydrogenase  44.91 
 
 
313 aa  247  2e-64  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1874  prephenate dehydrogenase  47.18 
 
 
313 aa  246  4e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0158043 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0928  prephenate dehydrogenase  47.75 
 
 
296 aa  246  4e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.582282  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6215  cyclohexadienyl dehydrogenase  43.55 
 
 
311 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.951807  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2195  prephenate dehydrogenase  43.49 
 
 
319 aa  244  9.999999999999999e-64  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.598463  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0960  cyclohexadienyl dehydrogenase  43.55 
 
 
311 aa  244  9.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0394985  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2212  cyclohexadienyl dehydrogenase  42.51 
 
 
311 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4255  cyclohexadienyl dehydrogenase  44.91 
 
 
313 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5258  prephenate dehydrogenase  45.77 
 
 
307 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.426217  normal  0.0448039 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4284  cyclohexadienyl dehydrogenase  44.41 
 
 
314 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0191786 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4928  cyclohexadienyl dehydrogenase  44.21 
 
 
313 aa  243  3.9999999999999997e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0440  prephenate dehydrogenase  41.96 
 
 
301 aa  240  2e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0393  arogenate dehydrogenase  44.68 
 
 
313 aa  239  2.9999999999999997e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0833829  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1540  Prephenate dehydrogenase  47.89 
 
 
285 aa  236  2e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3037  Prephenate dehydrogenase  46.15 
 
 
295 aa  236  3e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0470856  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1195  prephenate dehydrogenase  40.57 
 
 
286 aa  235  5.0000000000000005e-61  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0930  prephenate dehydrogenase  43.16 
 
 
293 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000476657  normal  0.448551 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1074  prephenate dehydrogenase  43.16 
 
 
293 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0222409  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4102  cyclohexadienyl dehydrogenase  45.3 
 
 
314 aa  234  2.0000000000000002e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.639306  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1592  prephenate dehydrogenase  46.64 
 
 
312 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.136189  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2100  cyclohexadienyl dehydrogenase  42.11 
 
 
310 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1234  prephenate dehydrogenase  44.72 
 
 
289 aa  233  3e-60  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.946096 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0308  arogenate dehydrogenase  41.75 
 
 
320 aa  231  7.000000000000001e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.582436  normal  0.172957 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1647  Prephenate dehydrogenase  45.61 
 
 
312 aa  231  9e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.59901  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1873  Prephenate dehydrogenase  46.29 
 
 
312 aa  231  1e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.114366  normal  0.172447 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2945  cyclohexadienyl dehydrogenase  40.56 
 
 
313 aa  231  1e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0241407 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3229  cyclohexadienyl dehydrogenase  43.25 
 
 
312 aa  231  1e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.303966 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23310  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  43.82 
 
 
746 aa  228  6e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0308529 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0743  prephenate dehydrogenase  42.18 
 
 
334 aa  227  2e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1584  prephenate dehydrogenase  44.37 
 
 
317 aa  224  1e-57  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.406004 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1965  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  43.82 
 
 
746 aa  224  1e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3944  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  43.16 
 
 
746 aa  223  2e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.474784  normal  0.144967 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3644  prephenate dehydrogenase  43.31 
 
 
534 aa  223  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0309722  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1025  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  43.06 
 
 
742 aa  223  4e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1361  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  42.91 
 
 
746 aa  222  6e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.290163  normal  0.0329548 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4074  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  44.72 
 
 
735 aa  221  9e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00116499  normal  0.153995 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5818  Prephenate dehydrogenase  43.26 
 
 
309 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1770  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  43.16 
 
 
746 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.151149  normal  0.0620649 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2857  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  41.96 
 
 
748 aa  220  1.9999999999999999e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0613537  hitchhiker  0.0000000406549 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2146  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  41.81 
 
 
745 aa  219  3e-56  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.470632  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1150  Prephenate dehydrogenase  43.31 
 
 
367 aa  219  3.9999999999999997e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3007  cyclohexadienyl dehydrogenase  42.86 
 
 
301 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1852  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  42.65 
 
 
746 aa  218  7e-56  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0979  prephenate dehydrogenase  43.84 
 
 
310 aa  218  1e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1377  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  42.55 
 
 
746 aa  217  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1416  prephenate dehydrogenase  41.75 
 
 
290 aa  217  2e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0973759  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1003  prephenate dehydrogenase  43 
 
 
308 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3004  Prephenate dehydrogenase  43.15 
 
 
313 aa  216  4e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.548838  normal  0.0491743 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1791  prephenate dehydrogenase  39.86 
 
 
292 aa  212  5.999999999999999e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00108335 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2260  prephenate dehydrogenase  42.66 
 
 
322 aa  211  9e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.341011  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2242  prephenate dehydrogenase  39.86 
 
 
294 aa  210  2e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0565  prephenate dehydrogenase  43 
 
 
329 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1044  prephenate dehydrogenase  43 
 
 
329 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1748  prephenate dehydrogenase/3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase family protein  42.61 
 
 
535 aa  209  5e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0692741  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1832  Prephenate dehydrogenase  41.2 
 
 
302 aa  207  1e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1568  prephenate dehydrogenase  40.74 
 
 
290 aa  207  1e-52  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.513698  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1182  prephenate dehydrogenase  42.61 
 
 
364 aa  207  1e-52  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0176  prephenate dehydrogenase  40.49 
 
 
286 aa  206  3e-52  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.327955  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0920  prephenate dehydrogenase  42.66 
 
 
329 aa  206  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0948545  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2794  prephenate dehydrogenase  39.15 
 
 
292 aa  206  3e-52  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00146158 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3122  prephenate dehydrogenase  38.43 
 
 
300 aa  201  9e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0305088 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2136  prephenate dehydrogenase  36.92 
 
 
367 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.535624  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0953  prephenate dehydrogenase  44.56 
 
 
288 aa  200  1.9999999999999998e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.02487  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2573  prephenate dehydrogenase  41.07 
 
 
298 aa  200  3e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.256173  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0776  Prephenate dehydrogenase  41.7 
 
 
302 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00454993 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1009  Prephenate dehydrogenase  38.46 
 
 
364 aa  199  3.9999999999999996e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207637 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1150  prephenate dehydrogenase  38.87 
 
 
299 aa  199  6e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0141038  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0962  prephenate dehydrogenase  38.43 
 
 
293 aa  198  7.999999999999999e-50  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4157  prephenate dehydrogenase  43.45 
 
 
308 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.718044 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1248  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  37.02 
 
 
770 aa  197  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.757925  normal  0.0192474 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0906  putative prephenate dehydrogenase oxidoreductase protein  41.34 
 
 
298 aa  196  3e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15850  bifunctional cyclohexadienyl dehydrogenase/ 3-phosphoshikimate 1-carboxyvinyltransferase  40.14 
 
 
752 aa  196  4.0000000000000005e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0847  Prephenate dehydrogenase  41.58 
 
 
292 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.052924 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2467  prephenate dehydrogenase  38.43 
 
 
294 aa  194  9e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.200219 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>