More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_3744 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_0634  UvrD/REP helicase  52.14 
 
 		 1001 aa  976    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3266  DNA helicase II, putative  42.64 
 
 		 1078 aa  679    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1930  UvrD/REP helicase  38.3 
 
 		 1082 aa  637    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00120508  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5049  UvrD/REP helicase  52.27 
 
 		 1062 aa  965    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0107382 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2878  DNA and RNA helicase  55.71 
 
 		 1050 aa  1088    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.015904  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0317  UvrD/REP helicase  50.96 
 
 		 1032 aa  950    Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.907606  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3223  UvrD/REP helicase  41.67 
 
 		 1075 aa  662    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.124845 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0254  UvrD/REP helicase  39.9 
 
 		 1232 aa  695    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.764036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3744  UvrD/REP helicase  100 
 
 		 1124 aa  2204    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.183659  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1171  UvrD/REP helicase  41.29 
 
 		 1132 aa  750    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1422  UvrD/REP helicase  54.67 
 
 		 1089 aa  1059    Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0992  UvrD/REP helicase  86.05 
 
 		 1156 aa  757    Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.175331  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0167  UvrD/REP helicase  48 
 
 		 1161 aa  909    Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4539  UvrD/REP helicase  50.57 
 
 		 1067 aa  922    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3499  ATP-dependent DNA helicase UvrD  40.55 
 
 		 1089 aa  619  1e-175  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2483  UvrD/REP helicase  38.78 
 
 		 1127 aa  592  1e-167  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2402  UvrD/REP helicase  39.04 
 
 		 1027 aa  584  1.0000000000000001e-165  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3121  UvrD/REP helicase  36.65 
 
 		 1033 aa  570  1e-161  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7469  ATP-dependent DNA helicase  65.78 
 
 		 428 aa  554  1e-156  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.747593 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0022  UvrD/REP helicase  40.77 
 
 		 1174 aa  520  1e-146  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1758  UvrD/REP helicase  55.84 
 
 		 1244 aa  458  1e-127  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3587  UvrD/REP helicase  57.11 
 
 		 446 aa  449  1.0000000000000001e-124  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000249291  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2545  hypothetical protein  52.44 
 
 		 408 aa  445  1e-123  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000698733  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0632  hypothetical protein  49.88 
 
 		 414 aa  431  1e-119  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1328  hypothetical protein  50.49 
 
 		 411 aa  397  1e-109  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000106195  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2955  hypothetical protein  50.25 
 
 		 411 aa  394  1e-108  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1268  PHP domain protein  41.5 
 
 		 414 aa  351  4e-95  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.128961  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02290  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.99 
 
 		 715 aa  293  2e-77  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000712312  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0959  UvrD/REP helicase  33.09 
 
 		 705 aa  281  4e-74  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1092  UvrD/REP helicase  31.59 
 
 		 707 aa  276  2.0000000000000002e-72  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.0037216  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1937  UvrD/REP helicase  34.37 
 
 		 726 aa  271  7e-71  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2542  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.88 
 
 		 751 aa  269  2e-70  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3411  ATP-dependent DNA helicase PcrA, putative  33.1 
 
 		 739 aa  267  1e-69  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1619  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.09 
 
 		 718 aa  262  2e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1236  ATP-dependent DNA helicase  30.94 
 
 		 762 aa  262  2e-68  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000243154 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_979  UvrD/REP helicase  30.92 
 
 		 738 aa  262  2e-68  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1007  UvrD/REP helicase  30.45 
 
 		 738 aa  261  5.0000000000000005e-68  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1219  UvrD/REP helicase  32.95 
 
 		 706 aa  260  1e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.868419  normal  0.377243 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0868  UvrD/REP helicase  32.99 
 
 		 741 aa  259  1e-67  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0982  UvrD/REP helicase  28.29 
 
 		 731 aa  259  2e-67  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.158215  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1196  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.56 
 
 		 738 aa  258  4e-67  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2537  UvrD/REP helicase  30.3 
 
 		 672 aa  256  1.0000000000000001e-66  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.423083  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4326  UvrD/REP helicase  30.92 
 
 		 744 aa  256  1.0000000000000001e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0144266  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1142  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.74 
 
 		 759 aa  256  2.0000000000000002e-66  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00645373  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0249  UvrD/REP helicase  29.77 
 
 		 663 aa  255  3e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.000268408  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4430  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.29 
 
 		 765 aa  255  3e-66  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1202  ATP-dependent DNA helicase Rep  29.42 
 
 		 690 aa  254  7e-66  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0964  UvrD/REP helicase  26.84 
 
 		 735 aa  254  8.000000000000001e-66  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1146  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.09 
 
 		 725 aa  253  1e-65  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2539  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.43 
 
 		 858 aa  253  2e-65  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.676904  normal  0.762866 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1337  UvrD/REP helicase  30.43 
 
 		 678 aa  252  3e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2355  UvrD/REP helicase  29.5 
 
 		 724 aa  252  4e-65  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.0000000607129  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0971  UvrD/REP helicase  29.53 
 
 		 668 aa  249  1e-64  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0211694  normal  0.301959 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0903  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.84 
 
 		 662 aa  249  2e-64  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.000149159  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0270  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.68 
 
 		 732 aa  249  2e-64  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2724  UvrD/REP helicase  30.51 
 
 		 678 aa  249  3e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4207  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.49 
 
 		 794 aa  248  3e-64  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00114882 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0757  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.81 
 
 		 773 aa  248  4e-64  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.476102  hitchhiker  0.0068011 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0375  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.17 
 
 		 763 aa  248  4e-64  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0723  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.37 
 
 		 896 aa  247  8e-64  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.363449  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3026  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.52 
 
 		 829 aa  247  9e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.499575  hitchhiker  0.000248027 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2014  ATP-dependent DNA helicase PcrA  31.9 
 
 		 729 aa  246  9.999999999999999e-64  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2246  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.64 
 
 		 751 aa  245  3.9999999999999997e-63  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.453558  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2947  UvrD/REP helicase  29.02 
 
 		 678 aa  243  1e-62  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0566  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.02 
 
 		 766 aa  242  2e-62  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2876  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.45 
 
 		 741 aa  242  2e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0849  UvrD/REP helicase  31.13 
 
 		 845 aa  241  5e-62  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.462782  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3374  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.51 
 
 		 671 aa  240  1e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.654782  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0813  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.36 
 
 		 830 aa  240  1e-61  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  decreased coverage  0.00156939  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1397  UvrD/REP helicase  27.57 
 
 		 625 aa  239  2e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.477297  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0825  ATP-dependent DNA helicase PcrA  32.02 
 
 		 694 aa  239  2e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0285  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.29 
 
 		 741 aa  239  2e-61  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3456  UvrD/REP helicase  32.18 
 
 		 671 aa  238  3e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3520  UvrD/REP helicase  32.18 
 
 		 671 aa  238  5.0000000000000005e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2961  ATP-dependent DNA helicase  30.68 
 
 		 678 aa  238  6e-61  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.26035  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3817  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.72 
 
 		 795 aa  237  7e-61  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.558809  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0368  superfamily I DNA/RNA helicase  27.9 
 
 		 696 aa  237  1.0000000000000001e-60  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1514  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.51 
 
 		 755 aa  236  1.0000000000000001e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2348  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.47 
 
 		 730 aa  236  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0164573  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0930  ATP-dependent DNA helicase PcrA  29.62 
 
 		 837 aa  236  2.0000000000000002e-60  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0076  UvrD/REP helicase  31.3 
 
 		 732 aa  236  2.0000000000000002e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.00111848  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0059  UvrD/REP helicase  31.73 
 
 		 731 aa  235  3e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.5097000000000001e-19 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0419  DNA-dependent helicase II  28.72 
 
 		 721 aa  235  4.0000000000000004e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.590239  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_28230  ATP-dependent DNA helicase PcrA  30.84 
 
 		 857 aa  234  5e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0166  ATP-dependent DNA helicase Rep  32.99 
 
 		 660 aa  234  6e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.119958 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2563  UvrD/REP helicase  30.93 
 
 		 825 aa  234  9e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.309285  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2069  UvrD/REP helicase  30.68 
 
 		 665 aa  233  1e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000529489  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2092  ATP-dependent DNA helicase Rep  31.24 
 
 		 783 aa  233  1e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0227682  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0241  UvrD/REP helicase  27.26 
 
 		 706 aa  233  1e-59  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0766  UvrD/REP helicase  31.24 
 
 		 786 aa  233  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.423643  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0373  ATP-dependent DNA helicase PcrA  28.91 
 
 		 785 aa  233  2e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0595  UvrD/REP helicase  30.56 
 
 		 790 aa  233  2e-59  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.77908 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6513  ATP-dependent DNA helicase PcrA  37.82 
 
 		 781 aa  232  2e-59  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0064  UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase  26.22 
 
 		 689 aa  233  2e-59  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0377  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.94 
 
 		 751 aa  233  2e-59  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0334  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.94 
 
 		 747 aa  232  3e-59  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0278  ATP-dependent DNA helicase  27.94 
 
 		 751 aa  232  3e-59  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2822  UvrD/REP helicase  30.63 
 
 		 826 aa  232  3e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.467404 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1445  ATP-dependent DNA helicase PcrA  33.17 
 
 		 757 aa  232  3e-59  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.715662  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0336  ATP-dependent DNA helicase PcrA  27.94 
 
 		 751 aa  232  4e-59  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>